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Topología del ADN y su Enzimología

Este documento trata sobre la topología del ADN. Explica que la topología estudia las estructuras de los objetos sin atender a su tamaño o forma, permitiendo doblar y estirar objetos sin romperlos. Luego describe cómo la teoría de nudos se aplica al estudio de la estructura del ADN, el cual puede enrollarse de diferentes formas topológicas. Finalmente, explica cómo la topología puede arrojar luz sobre la estructura y función de las enzimas a nivel molecular.

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David Montoya
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Temas abordados

  • estructura de proteínas,
  • proteínas,
  • biología molecular,
  • giro,
  • superenrollamiento,
  • bioinformática,
  • orientación en el espacio,
  • topología algebraica,
  • teoría de grafos,
  • química estructural
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Topología del ADN y su Enzimología

Este documento trata sobre la topología del ADN. Explica que la topología estudia las estructuras de los objetos sin atender a su tamaño o forma, permitiendo doblar y estirar objetos sin romperlos. Luego describe cómo la teoría de nudos se aplica al estudio de la estructura del ADN, el cual puede enrollarse de diferentes formas topológicas. Finalmente, explica cómo la topología puede arrojar luz sobre la estructura y función de las enzimas a nivel molecular.

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  • topología algebraica,
  • teoría de grafos,
  • química estructural

LA TOPOLOGIA DEL ADN

DAVID MONTOYA AMADOR


Introduccin
TOPOLOGA: Rama de las matemticas, la cual tiene como finalidad el
estudio la estructuras de los objetos, sin atender su tamao y su forma
inicial, a diferencia de la geometra.
Dos objetos son equivalentes en un sentido mucho ms amplio. Han de
tener el mismo nmero de trozos, huecos, intersecciones, etc. En topologa
est permitido doblar, estirar, encoger, retorcer, etc., los objetos, pero
siempre que se haga sin romper ni separar lo que estaba unido, ni pegar lo
que estaba separado.

Teoria de nudos.

La Teora de nudos es una rama de la topologa que nace al final del siglo
XVIII
Estudia el objeto matemtico que abstrae la nocin cotidiana de un nudo.
Nudos bsicos
Qu hacer con los nudos?
De la Suma a su clasificacion
Enzimologia topologica

Una de las cuestiones importantes en la biologa molecular es la estructura


tridimensional (forma) de las protenas y sus precursores ( (ADN)y (ARN)) en
la clula.
Normalmente, la estructura de protenas y ADN se determina mediante
cristalografa de rayos X, microscopa electrnica y de fuerza atmica, y
resonancia magntica nuclear (RMN).
Estos mtodos a menudo no proporcionan pruebas concluyentes de la
forma molecular en solucin.
Ademas algunas protenas (enzimas) funcionan como mquinas
moleculares, cambiando su forma a medida que ejecutan su funcin, por lo
que una instantnea espacial esttica puede no contar toda la historia. La
topologa puede arrojar luz sobre esta cuestin clave.
El enfoque topolgico de la enzimologa es un protocolo experimental en el
que se emplean de la topologa y la geometra en un esfuerzo indirecto para
determinar el mecanismo enzimtico y la estructura.
El ADN humano es una cadena de tres mil millones de
subunidades qumicas repetitivas empaquetadas dentro del
ncleo celular.
Para que el empaquetamiento sea posible, el ADN se asocia con
protenas con carga positiva, las histonas..

El complejo ADN-histonas se denomina cromatina.

Como es bien conocido el ADN es una doble hlice formada por 2


cadenas anti-paralelas complementarias.

Def:nmero de enlace (Lk, de Linking) definido como el


nmero de veces que una cadena rodea completamente a la otra.

Cuando la estructura se rompe y se vuelve a unir de una forma


diferente, el nmero de enlace pude variar, pero a costa de
otros dos parmetros topolgicos, la torsin(Wr) y el
giro(Tw)
[El giro (Tw) es una medida del grado de
enrollamiento helicoidal; y la torsin (Wr) es una
medida del enrollamiento de la doble hlice].

El giro se define como:

Con lo cual se obtiene la Siguiente Identidad:


En (a) se tiene un eje plano, por lo que
W r (R) = 0, y un giro completo de la
cinta de la izquierda Lk (C, W) = Tw
(R) = -1.
En (b) la torsin local de la cinta ha sido
convertida en un movimiento global del
eje de la cinta, y la cinta no tiene giro,
por lo que Tw (R) = 0 y Lk (C, W) = Wr (R)
= -1. La cinta en (a) se dice est
relajado, y la cinta den (b) se dice que
est superenrollada negativamente. La
mayora del ADN extrado de las clulas
vivas est supercoiled negativamente
Ligacin
NUDOS Y ENREDOS

la transformacin que superpone un nudo sobre otro debe conservar la


orientacin en el espacio.
Esto nos permite detectar una propiedad de gran significacin biolgica:
quiralidad. Si K denota un nudo (enlace), sea K * la imagen especular.
Se puede convertir un diagrama de K en un diagrama de K * invirtiendo
cada uno de los cruces en el diagrama Si K = K *, entonces decimos que K es
aquiral; Si K Es distinto de K * se dice que es quiral.

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