II.

TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Tinjauan Umum tentang Ayam Kampung

Suprijatna dkk. (2005) mengemukakan taksonomi ayam kampung adalah

sebagai berikut : Kingdom : Animalia, Phylum : Chordata, Subphylum :

Vertebrata, Class : Aves, Subclass : Neornithes, Ordo : Galliformes, Genus :

Gallus, Spesies : Gallus domesticus. Ayam kampung merupakan salah satu

rumpun ayam asli Indonesia (Permentan No.36/Permentan/OT.140/8/2006).

Ayam kampung dijumpai di semua propinsi dan di berbagai macam iklim atau

daerah. Umumnya ayam kampung dipelihara di daerah pedesaan yang dekat

dengan sawah atau hutan secara tradisional (Darwati, 2000). Ayam kampung

kemungkinan berasal dari pulau Jawa. Ayam-ayam yang diternakkan saat ini

(Gallus domesticus) berasal dari ayam hutan (Gallus varius) di Asia Tenggara.

Saat ini ayam hutan sudah tersebar sampai ke Pulau Nusa Tenggara (Rasyaf,

2006).

Ayam kampung memiliki karakteristik sifat kualitatif yang beragam pada

warna bulu, shank, bentuk jengger dan cuping telinga. Sulandari et al., (2007)

menyatakan sifat fenotip dan genotip ayam kampung masih sangat bervariasi.

Wibowo (1996) menambahkan ragam warna ayam kampung mulai dari hitam,

putih, kekuningan, kecoklatan, merah tua, dan kombinasi dari warna-warna.

Menurut Rasyaf (2006) warna bulu pada ayam kampung tidak dapat diandalkan

sebagai patokan yang baku, karena berubah terus-menerus. Misalnya induknya

berwarna coklat bintil-bintil hitam dan jagonya berwarna kemerahan campur

hitam, tetapi anaknya berbulu putih atau warna campuran pada anak yang lain.

1
 Badan ayam kampung berukuran kecil, baik ayam penghasil telur maupun

penghasil daging. Badannya tidak dapat dibedakan karena memang ayam

kampung tidak dibedakan atas penghasil telur atau daging (Rasyaf, 2006). Ukuran

badan dan kepala ayam kampung betina lebih kecil dibandingkan dengan ayam

kampung jantan (Rasyaf, 1990). Produktivitas ayam kampung masih rendah, rata-

rata per tahun 60 butir dengan berat telur rata-rata 30 gram/butir. Bobot badan

dewasa ayam kampung adalah 1,5-1,8 kg pada jantan dan 1,0-1,4 kg pada betina

(Sulandari et al., 2007). Induk betina mulai bertelur saat berumur sekitar 190 hari

atau 6 bulan. Induk betina ini mampu mengerami 8 sampai 15 butir telur. Setelah

telur menetas induk ayam akan mengasuh anaknya sampai lepas sapih. Aisjah dan

Rahmat (1989) menyatakan pertambahan bobot badan anak ayam kampung yang

dipelihara intensif antara umur 6 sampai 8 bulan rata rata 373,4 g dan yang

dipelihara secara ekstensif adalah 270,67 g. Ayam kampung mempunyai 3 periode

produksi sebagaimana ayam ras petelur yaitu periode stater (umur 1 – 8 minggu),

periode grower (umur 9 – 20 minggu), dan periode layer (umur lebih dari 20

minggu) (Mulyono, 2004).

2.2. Gen Mx

Maeda (2005) telah menemukan gen penciri ketahanan terhadap flu burung

pada ayam yaitu gen Mx. Gen Mx (myxovirus resistance) adalah kode gen untuk

protein dengan aktivitas antivirus. Gen Mx ditemukan di beberapa spesies

vertebrata (Haller et al., 2007). Secara khusus, protein MX1 telah menunjukkan

memberi perlawanan terhadap virus influenza (Salomon et al., 2007; Tumpey et

al., 2007).

2
 Gen Mx merupakan gen kandidat penciri flu burung yang terletak pada

kromosom 1, dengan panjang fragmen 20.767 pasang basa (pb), terdiri atas 13

exon, daerah yang mengkode protein (coding region) sebanyak 2.115 pb atau 705

asam amino. Resistensi flu burung ditemukan pada exon 13 nukleotida nomor

1.892 yaitu adanya mutasi basa transisi (single mutation). Substitusi asam amino

pada posisi 631 diidentifikasi dan digunakan untuk menentukan perbedaan antara

akitivitas antiviral pada ayam terkait dengan gen Mx. Mutasi basa yang terjadi

adalah pasangan basa AT menjadi GC (purin menjadi purin), sehingga

menyebabkan perubahan asam amino serin (Ser) menjadi asparagin (Asn).

Adanya asam amino asparagin pada nukleotida nomor 1.892 exon 13 menandakan

ayam tahan terhadap flu burung ditandai dengan gen Mx +. Apabila terjadi mutasi

asam amino asparagin menjadi asam amino serin maka ayam rentan terhadap flu

burung ditandai dengan Mx-. Asam amino asparagin (Asn) berkaitan dengan

aktivitas antiviral positif, yang dikenal dengan Mx+, sedangkan serin (Ser)

berkaitan dengan aktivitas antiviral negatif atau (Mx-) (Ko et al., 2002; Li et al.,

2006; Seyama et al., 2006; Watanabe, 2007).

Pada awalnya, efek gen Mx belum diketahui secara jelas. Dalam studi in

vitro gen Mx tidak memiliki aktivitas antivirus terhadap virus influenza pada itik

(Bazzigher et al., 1993) dan ayam (Bernasconi et al., 1995). Penelitian gen Mx

pada embrio ayam yang menemukan tidak identiknya polimorfisme G/A pada

posisi 2.032 cDNA Mx (Nomor Akses Z23168) yang mengakibatkan serin

disubstitusi menjadi asparagin pada posisi 631 protein Mx tampaknya

mempengaruhi aktivitas antivirus dari molekul (Ko et al., 2002). Namun, tidak

ditemukan hubungan antara genotipe Mx polimorfisme G/A dengan kelangsungan

3
hidup ayam percobaan yang diinfeksi secara in vitro dengan virus H7N1 flu

burung patogenik tinggi (Sironi et al., 2008). Hasil yang sama diperoleh oleh

Benfield et al., (2008) dimana alel Mx Asn631 tidak menghambat replikasi in

vitro 5 strain influenza. Tetapi kemudian penelitian Ko et al., (2002) menemukan

bahwa ayam varian Mx Asn631 memberikan aktivitas antivirus melawan

stomatitis vesikuler virus dan virus influenza H5N1 pada transfeksi ke sel-sel T3.

Penelitian Maeda (2005) menunjukkan bahwa pada ayam Asia terdapat

gen pembawa sifat resisten dan sifat rentan terhadap flu burung. Di Indonesia

ditemukan sebanyak 63% populasi ayam lokal tahan terhadap flu burung dan 37%

sisanya rentan terhadap flu burung. Dalam penelitian tersebut, jumlah sampel

yang dianalisa adalah 330. Hasil tersebut kemudian dikonfirmasi oleh Sulandari et

al., (2009) yang menggunakan metode PCR RFLP pada 492 sampel dari 15

rumpun ayam Indonesia yang berasal dari Jawa, Sumatera, Kalimantan, dan

Sulawesi. Hasilnya adalah bahwa frekuensi alel dalam populasi ayam yang

resisten terhadap flu burung lebih tinggi daripada frekuensi alel dalam populasi

ayam yang rentan terhadap flu burung, dengan rasio 62.73% dibanding 37.27%.

Artinya, secara genetik, mayoritas rumpun ayam Indonesia memiliki daya tahan

terhadap virus flu burung; dan ini temuan penting dalam konteks industrialisasi

ayam ke depan terkait dengan kasus flu burung.

2.3. Analisis Keragaman DNA dengan Metode PCR-RFLP (Polymerase

Keragaman genetik juga dapat dilihat pada perbedaan di dalam urutan DNA

antara individu, kelompok, atau populasi-subpopulasi. Sumber keragaman ini

adalah Single Nucleotide Polimorphisme (SNP), adanya pengulangan urutan

4
sekuen, insersi, delesi, dan rekombinasi (Nei dan Kumar, 2000). Menurut Kirby

(1990) keragaman genetik atau polimorfisme genetik adalah terdapatnya lebih dari

satu bentuk atau macam genotipe di dalam populasi. Keragaman genetik bisa

dilihat dari sifat-sifat eksternal sampai urutan asam amino dan protein lainnya.

Identifikasi keragaman genetik dalam suatu populasi digunakan untuk

mengetahui dan melestarikan bangsa-bangsa dalam populasi terkait dengan

penciri suatu sifat khusus (Notter, 1999). Populasi alami biasanya memiliki

keragaman genetik yang tinggi. Informasi keragaman genetik suatu bangsa akan

sangat bermanfaat bagi keamanan, dan ketersediaan bahan pangan yang

berkesinambungan (Blott et al., 2003). Nei dan Kumar (2000) menyatakan bahwa

populasi dinilai beragam jika memiliki dua atau lebih alel dalam satu lokus

dengan frekuensi yang cukup (biasanya lebih dari 1%). Tingkat keragaman dalam

populasi dapat digambarkan dari frekuensi alel. Frekuensi alel merupakan rasio

relatif suatu alel terhadap keseluruhan alel yang ditemukan dalam satu populasi

(Nei dan Kumar 2000). Ukuran tinggi rendahnya keragaman genetik dalam suatu

kelompok atau populasi dapat dilihat berdasarkan nilai heterozigositas (Notter,

1999).

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu teknik untuk

menggandakan jumlah molekul DNA scara in vitro. Proses ini berjalan dengan

bantuan enzim polymerase dan primer. Primer merupakan oligonukleotida

spesifik pada DNA template. Enzim polymerase merupakan enzim yang dapat

mencetak urutan DNA baru. Hasil PCR dapat langsung divisualisasikan dengan

elektroforesis atau dapat digunakan untuk analisis lebih lanjut (Williams, 2005).

5
 Reaksi yang terjadi dalam mesin PCR secara umum dapat dibagi menjadi

tiga tahap yaitu tahap denaturasi DNA cetakan, tahap annealing atau penempelan

primer dan tahap extension, yaitu pemanjangan primer atau polimerasi. Reaksi ini

umumnya terjadi dalam 25-30 siklus. Pada tahap denaturasi, DNA dipanaskan

hingga 94oC sehingga untai ganda DNA berpisah menjadi DNA untai tunggal.

Tahapan yang paling menentukan dalam proses PCR adalah tahap penempelan

primer, karena tiap pasangan primer memiliki suhu penempelan primer yang

spesifik. Tahap pemanjangan primer terjadi pada suhu 72oC. Pada tahapan ini

enzim taq polymerase, buffer PCR, dNTP, dan Mg2+ memulai aktifitasnya

memperpanjang primer (Viljoen et al., 2005)

Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP) merupakan salah satu

teknik penciri genetik (genetic marker) yang dikembangkan oleh Botstein et al.,

(1980) yang digunakan untuk mengetahui adanya keragaman sekuens DNA.

Mullis et al., (1986) menyatakan bahwa penggunaan teknik RFLP menjadi lebih

intensif setelah teknik RFLP dikombinasikan dengan teknologi PCR yang

digunakan hingga saat ini. PCR-RFLP merupakan metode analisis lanjutan dari

produk PCR. Metode PCR-RFLP memanfaatkan perbedaan pola pemotongan

enzim pemotong yang berbeda pada tiap-tiap mikroorganisme. Analisis RFLP

sering digunakan untuk mendeteksi lokasi genetik dalam kromosom (Orita et al.,

1989).

Beberapa penelitian menggunakan metode PCR-RLFP dilakukan untuk

melihat pengaruh keragaman gen Mx terhadap sifat resisten flu burung pada

unggas. Sironi et al., (2010) melakukan penelitian untuk mengetahui hubungan

keragaman gen Mx dengan sifat resisten flu burung pada ayam buras (White

6
Leghorn dan New Hampshire). Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan

metode PCR-RFLP. Berdasarkan hasil penelitian tersebut dapat disimpulkan

bahwa perubahan asam amino pada posisi asam amino 631 berpengaruh terhadap

daya tahan tubuh ayam terhadap flu burung.

Jae et al., (2002) juga melakukan penelitian menggunakan metode PCR-

RLFP untuk melihat pola keragaman gen Mx dan hubungannya dengan sifat

resisten terhadap flu burung. Penelitian dilakukan pada ayam White Leghorn

Jerman dan dibandingkan dengan ayam lokal yang ada di Jerman. Kesimpulan

yang didapatkan pada penelitian ini adalah keragaman gen Mx berpengaruh

terhadap tingkat resisten ayam terhadap flu burung. Pengaruh yang nyata hanya

dilihat pada ayam lokal Jerman, sedangkan pada ayam White Leghorn tidak

ditemukan hubungan yang nyata antara keragaman gen Mx dengan sifat resistensi

flu burung. Penelitian yang sejalan juga dilakukan oleh Banfield et al., (2008), Li

et al., (2006), Balkisson et al., (2007), Yin et al., (2010) pada ayam White

Leghorn, dan Sironi et al., (2008) pada embrio ayam. Penelitian serupa yang

dilakukan Sartika et al., (2010) menemukan bahwa pada beberapa jenis ayam di

Indonesia, yaitu ayam sentul dan ayam merawang diketahui adanya mutasi pada

asam amino 631, yang menyebabkan adanya keragaman gen Mx pada ayam sentul

dan merawang dan keragaman ini juga diduga berasosiasi kuat dengan sifat

resisten flu burung

2.4. Hukum Keseimbangan Hardy-Weinberg dan Heterozigositas

Hukum keseimbangan Hardy-Weinberg menyatakan bahwa frekuensi alel

dan frekuensi genotipe dalam suatu populasi yang cukup besar akan tetap konstan

dari satu generasi ke generasi jika dalam populasi tersebut terjadi perkawinan

7
secara acak (random mating), tidak ada seleksi, mutasi, migrasi dan genetic drift.

Proporsi Hardy-Weinberg dihitung berdasarkan perbedaan frekuensi genotipe

pengamatan dengan frekuensi genotipe harapan. Syarat berlakunya hukum Hardy-

Weinberg : 1) setiap gen mempunyai viabilitas dan fertilitas yang sama, 2)

perkawinan terjadi secara acak, 3) tidak terjadi mutasi gen atau frekuensi

terjadinya mutasi sama besar, 4) tidak terjadinya migrasi, dan 5) jumlah individu

dari suatu populasi selalu besar. Jika syarat-syarat tersebut terpenuhi, maka

frekuensi alel dan frekuensi genotipe dalam suatu populasi akan konstan (Blott et

al., 1998; Noor, 2010).

Keragaman genetik adalah penyimpangan sifat atau karakter dari individu

yang terjadi karena perkawinan alami yang tidak terkontrol. Keragaman genetik

dapat dilihat dari karakter alel dari lokus tertentu yang merupakan ekspresi dari

gen tertentu. Nilai heterozigositas merupakan salah satu parameter yang dapat

digunakan untuk mengukur tingkat keragaman genetik dalam suatu populasi

(Tanabe et al., 1999). Heterozigositas diperoleh dari hasil perhitungan frekuensi

gen pada masing-masing lokus (Maeda et al., 1999).