Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Proteolitik Staphylococcus cohnii

Strain IRLV5 pada Rusip Udang Putih (Litopeaneus Vannamei)

Pasca Fermentasi 120 Jam Berdasarkan
Analisis Gen 16s rRNA
Isolation and Molecular Identification of Proteolytic Staphylococcus cohnii Strain IRLV5
in White Shrimps (Litopeaneus vannamei) Rusip After 120 Hours
Fermentation Based on 16S rRNA Gene Analysis

Nur Annisa Japri1, Ayu Rahmawati Sulistyaningtyas2, Sri Darmawati3,

Stalis Norma Ethica3
1
Program Studi DIV Analis Kesehatan Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan
Universitas Muhammadiyah Semarang
2
Program Studi DIII Teknologi Laboratorium Medik Fakultas Ilmu Keperawatan dan
Kesehatan Universitas Muhammadiyah Semarang
3
Program Studi Magister Sains Laboratorium Medis Program Studi Fakultas Ilmu
Keperawatan dan Kesehatan Universitas Muhammadiyah Semarang
Corresponding author: nur_annisa@[Link]

Riwayat Artikel: Dikirim; Diterima; Diterbitkan

Abstrak

Pemanfaatan enzim protease semakin pesat dan menempati posisi penting di berbagai bidang industri. Salah satu
upaya untuk meningkatkan produksi enzim protease adalah dengan mencari sumber baru penghasil enzim
protease, khususnya dari kelompok bakteri. Rusip udang putih mengandung protein yang cukup tinggi,
sehingga diperkirakan terdapat bakteri proteolitik yang menghasilkan enzim [Link] penelitian ini
adalah mendapatkan isolat bakteri penghasil protease yang terdapat pada rusip udang putih pasca fermentasi 120
jam dan mengidentifikasi bakteri penghasil protease yang diperoleh berdasarkan analisis gen 16S rRNA. Proses
isolasi dan purifikasi koloni bakteri dilakukan pada media Nutrient Agar, sedangkan uji produksi enzim protease
dilakukan pada media Skim Milk Agar. Proses identifikasi molekuler berdasarkan analisis gen 16S rRNA
dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan dilanjutkan dengan sekuensing. Dari proses
isolasi diperoleh hasil berupa satu isolat bakteri yang memiliki aktivitas proteolitik yang ditunjukkan oleh
adanya zona bening pada media SMA yang memiliki diameter sebesar 10,00 mm. Berdasarkan analisis sekuen
gen 16S rRNA menunjukkan bahwa isolat bakteri proteolitik pada penelitian ini, yaitu isolat RLV.5.2 yang
memiliki kemiripan 99% dengan fragmen gen 16S rRNA dari Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus strain
CK27 (Genbank kode akses: NR_037046.1). Berdasarkan hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa isolat
RLV.5.2 berpotensi sebagai penghasil enzim proteolitik dan diberi nama Staphylococcus cohnii subsp.
urealyticus IRLV5 (Indonesian Rusip Litopeaneus vannamei Day-5)

Kata kunci: Enzim protease, gen 16S rRNA, rusip udang putih

Abstract

The use of protease enzymes is increasingly fast and important in various fields of industry. One effort to
increase the production of protease enzymes are to look for new sources of it, specifically from group of
bacteria. Rusip white shrimp protein that is high enough, it is estimated that there are bacteria which produce
proteolytic enzyme protease. The purpose of this study is to obtain protease-producing bacterial isolates found
in the rusip of white shrimps after 120-h fermentation and to manage protease-producing bacteria obtained
based on 16S rRNA gene analysis. The process of isolation and purification of bacterial colonies was carried out
on Agar Nutrient media, whereas the test of protease enzymes production was carried out on Skim Milk Agar
(SMA) media. The molecular identification process based on 16S rRNA gene analysis was carried out by the

325

[Link]
Polymerase Chain Reaction (PCR) method and carried out by the sequence. From the isolation process, the
results consist of one bacterial isolate that has proteolytic activity associated with the presence of a clear zone on
the SMA media which has a diameter of 10.00 mm. Based on 16S rRNA gene sequence analysis showed
proteolytic bacterial isolates from this study, namely isolate RLV.5.2 which has 99% similarity with 16S rRNA
gene fragments of Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus CK27 strain (Genbank kode akses:
NR_037046.1access options). Based on the results of this study it can be concluded that the isolate RLV.5.2 was
proposed as a producer of proteolytic enzymes and named Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus IRLV5
(Indonesian Rusip Litopeaneus vannamei Day-5)

Keywords: Protease enzymes, 16S rRNA gene, white shrimps rusip

PENDAHULUAN
Pemanfaatan enzim sudah semakin pesat dan menempati posisi penting di berbagai
bidang industri. Enzim memiliki sifat biokatalisator, selektif, efisien dan mengkatalisis reaksi
tanpa produk samping dan ramah lingkungan menjadi alasan pentingnya enzim dalam
perkembangan industri (Putri, 2012). Saat ini produksi dan perdagangan enzim didominasi
oleh kelompok enzim hidrolitik, seperti amilase, katalase, lipase dan protease. Enzim
protease digunakan sebagai bahan dalam industri pangan seperti industri bir, keju dan daging
sedangkan di bidang non pangan enzim ini dimanfaatkan dalam pembuatan detergen,
fotografi, farmasi dan tekstil. Enzim protease digunakan dalam bidang kesehatan untuk
pengobatan radang, tumor, kelainan darah dan pengaturan kekebalan (Rahayu, 2014).
Pentingnya industri enzim ini ditunjukkan dengan besarnya pensentasi kebutuhan protease
yang mencapai 60-65% dari pasar dunia enzim. (Melliawati, 2016). Kebutuhan enzim
protease di Indonesia terus meningkat. Namun sumber enzim protease masih tergantung dari
produksi impor (Naiola dan Widhyastuti, 2002). Kondisi ini tentunya akan sangat merugikan
jika ditinjau dari segi ekonomi. Indonesia merupakan negara tropis yang kaya akan sumber
alam hayati, terutama mikroba penghasil enzim, termasuk enzim protease. Oleh karena itu,
pencarian mikroorganisme penghasil protease perlu dilakukan di Indonesia Untuk
mendapatkan produksi enzim yang banyak maka harus digunakan mikroorganisme dengan
kemampuan menghasilkan protease yang [Link] satu jenis mikroorganisme penghasil
protease adalah bakteri. (Hanafiarti, 2015).
Bakteri penghasil protease didapatkan melalui isolasi bakteri proteolitik menggunakan
media Skim Milk Agar (SMA). Bakteri proteolitik biasanya banyak ditemukan pada makanan
yang mengandung protein. Sampel olahan makanan hasil fermentasi yang kaya protein adalah
tempe gembus, oncom, rusip udang dan produk fermentasi lainnya.
Udang merupakan salah satu produk perikanan yang digemari oleh masyarakat. Udang
mempunyai nilai gizi yang cukup baik dengan kandungan protein yang cukup tinggi, yaitu
sebesar 20,3 g (Ibrahim, 2014). Salah satu udang yang banyak dibudidayakan dan dikonsumsi
masyarakat adalah udang putih (Litopenaeus vannamei). Udang putih biasanya diolah
menjadi rusip dengan cara difermentasikan menggunakan garam koser dan gula aren. Olahan
fermentasi ini dikenal sebagai rusip udang. Rusip udang putih mengandung protein yang
cukup tinggi, sehingga diperkirakan terdapat bakteri proteolitik yang menghasilkan enzim
protease.
Metode deteksi secara molekuler berbasis DNA yang paling banyak dilakukan adalah
Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR adalah suatu teknik untuk memperbanyak fragmen
DNA tertentu secara eksponensial menggunakan enzim secara in vitro (Darmawati, 2019).
Analisis yang digunakan untuk mengidentifikasi bakteri penghasil enzim protease adalah
analisis PCR gen 16S rRNA. Identifikasi dengan analisis PCR gen 16S rRNA dinilai dapat
memberikan hasil yang akurat dan hasilnya dapat digolongkan pada genus atau spesies
tertentu (Sihombing, 2018).

326

[Link]
 Penelitian yang dilakukan oleh Hanafiarti (2015) mengenai isolasi dan identifikasi
bakteri penghasil protease dari terasi udang rebon (Mysis relicta), diketahui bahwa 3 dari 8
isolat menunjukkan aktivitas proteolitik yang cukup tinggi (Hanafiarti, 2015). Namun, dalam
penelitian tersebut belum dilakukan identifikasi bakteri hasil isolasi sehingga belum diketahui
identitas bakteri yang diperoleh.
Penelitian mengenai isolasi bakteri penghasil enzim protease pada rusip udang putih
pasca fermentasi 120 jam belum pernah dilaporkan. Oleh karena itu penelitian mengenai
isolasi dan identifikasi molekuler bakteri proteolitik pada rusip udang pasca fermentasi 120
jam berdasarkan gen 16S rRNA penting untuk dilakukan. Penelitian ini diharapkan dapat
diperoleh sumber enzim protease baru yang berasal dari kelompok bakteri.

BAHAN DAN METODE

Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan jenis penelitian deskriptif
eksperimental untuk mendapatkan data yang diperlukan dengan objek penelitian yaitu bakteri
penghasil enzim protease yang terdapat pada rusip udang putih pasca fermentasi 120 jam.
Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Terpadu Universitas Dipeonegoro pada bulan April
sampai September 2019.
Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah neraca analitik, tabung reaksi, rak
tabung, ose, vortex, pipet tetes, cawan petri, inkubator, kaca objek, gelas ukur, beaker glass,
spatula, mikropipet, yellow tip, blue tip, white tip, tabung ependorf, sentrifugator, waterbath,
mikrotube, spektrofotometer, mesin PCR (thermocycler), microwave, cetakan gel agarosa,
sisiran, power supply, elektroforesis chamber, dan UV transiluminator. Bahan yang
digunakan dalam penelitian ini adalah isolat bakteri yang berasal dari rusip udang putih pasca
fermentasi 120 jam, kapas, tisu, plastik dan plastik wrap, media Brain Heart Infusion (BHI),
Nutrient Agar (NA), Carbol Gentian Violet (CGV), garam Iodin, alcohol 96%, safranin 1%,
Skim Milk Agar (SMA), NaCl fisiologis, aquadest steril, buffer lysis, resin Chelex 100 (Bio
Rad), My Taq Red Mix, unisafe acid stain, TE Buffer, etanol 75%, ddH2O, Primer 27F dan
primer 1492R 16S rRNA, Phosphate Buffer Saline (PBS), marker 1500bp, dan agarosa. Data
yang digunakan dalam penelitian ini adalah data primer dan data sekuensing yang berasal
dari perusahaan komersial Genetika Science.

HASIL
Hasil Fermentasi Sampel
Rusip udang putih yang telah ditambahkan gula aren dan garam koser disimpan dalam
wadah tertutup selama 120 jam. Hasil dari pasca fermentasi rusip udang putih selama 120
jam adalah bau rusip udang putih seperti bau khas asam dan air fermentasi berwarna
kecoklatan agak keruh.

(a) (b)
Gambar 1. Rusip udang putih (a) Sebelum fermentasi (b) Pasca fermentasi 120 jam

Hasil Isolasi dan Identifikasi Koloni Bakteri

Berdasarkan nisolasi rusip udang putih pasca fermentasi 120 jam ditemukan total
koloni sebanyak 2 koloni, yaitu koloni RLV.5.1 (Rusip Litopeaneus vannamei hari-5 koloni-

327
[Link]
1) dan koloni RLV.5.2 (Rusip Litopeaneus vannamei hari-5 koloni-2. Koloni RLV.5.1 (Rusip
Litopeaneus vannamei Hari-5 Koloni-1) berbentuk bulat, warna putih, ukuran kecil, tepi
koloni rata/licin, elevasi cembung, konsistensi smooth dan bersifat kering. Koloni RLV.5.2
(Rusip Litopeaneus vannamei Hari-5 Koloni-2) berbentuk bulat, warna putih, ukuran sedang,
tepi koloni rata/licin, elevasi cembung, konsistensi smooth dan bersifat kering. Perbedaan
antara koloni RLV.5.1 dan RLV.5.2 adalah hanya dari ukuran koloni. Koloni RLV.5.1 dan
RLV.5.2 dipurifikasi 3 kali untuk mendapatkan isolat murni bakteri. Hasil purifikasi koloni
RLV.5.1 dan RLV.5.2 ditunjukkan pada Gambar 2.

(a) (b)
Gambar 2. Hasil purifikasi koloni-koloni dengan morfologi yang berbeda. (a) Koloni
RLV.5.1 (b) Koloni RLV.5.2

Hasil Identifikasi Koloni Bakteri dengan Pewarnaan Gram

Karakteristik isolat murni bakteri dengan morfologi yang berbeda dari hasil purifikasi koloni
diidentifikasi secara mikroskopik berdasarkan pewarnaan Gram. Hasil dari pewarnaan Gram
dapat dilihat pada Tabel 1 berikut

Tabel 1. Hasil Pewarnaan Gram

Kode sampel Karakteristik Koloni pada Pewarnaan Gram
RLV.5.1 Gram (+) coccus (+)
RLV.5.2 Gram (+) coccus (+)

(a) (b)
Gambar 3. Hasil pewarnaan Gram. (a) Koloni RLV.5.1 (b) Koloni RLV.5.2
Berdasarkan Tabel 1 dan Gambar 3 diketahui bahwa karakteristik semua koloni sama, yaitu
bakteri jenis Gram-positif berbentuk kokus. Berdasarkan Gambar 11, isolat RLV.5.1
memiliki susunan soliter sedangkan RLV.5.2 memiliki susunan bergerombol. Isolat RLV.5.1
dan RLV.5.2 diuji produksi enzim proteasenya menggunakan media susu skim.

Hasil Uji Penghasilan Enzim Protease

Hasil uji penghasilan enzim protease dari isolat RLV.5.1 dan RLV.5.2 adalah sebagai berikut
:

(a) (b)

328
[Link]
Gambar 4. Hasil uji penghasilan enzim protease (a) Isolat RLV.5.1 (b) Isolat RLV.5.2

Sifat proteolitik bakteri ditunjukkan dengan terbentuknya zona bening di sekitar koloni
bakteri pada media susu skim. Berdasarkan Gambar 4, isolat RLV.5.1 tidak mampu
menghasilkan zona bening pada media susu skim sehingga RLV.5.1 tidak termasuk bakteri
penghasil enzim protease. Isolat RLV.5.2 mampu menghasilkan zona bening pada media susu
skim sehingga RLV.5.2 termasuk bakteri penghasil enzim protease. Pengujian penghasilan
enzim protease isolat RLV.5.2 dapat dilihat pada Gambar 5.

Gambar 5. Hasil uji penghasilan enzim protease isolat RLV.5.2

Berdasarkan Gambar 5, isolat RLV.5.2 dapat menghasilkan enzim protease. Diameter

zona bening diukur menggunakan jangka sorong. Ukuran diameter zona bening isolat bakteri
RLV.5.2 adalah 10 mm. Ukuran diameter zona bening tersebut termasuk kecil namun sudah
dapat membuktikan bahwa isolat RLV.5.2 adalah bakteri penghasil enzim protease.

Hasil Uji Kuantifikasi Nilai Absorbansi DNA Bakteri

Ekstrak DNA bakteri proteolitik diukur nilai absorbansi DNA bakteri menggunakan
spektrofotometer Nanodrop. Hasil uji kuantifikasi nilai absorbansi DNA bakteri proteolitik
adalah sebagai berikut.

Tabel 2. Hasil uji kuantifikasi nilai absorbansi DNA bakteri

Sample ID Konsentrasi Asam Nukleat 260/280 260/230
NJ 3,9 g/ l 1,97 0,24

Berdasarkan Tabel 2 dapat diketahui bahwa ekstrak DNA bakteri proteolitik mempunyai
konsentrasi DNA sebesar 3,9 ng/ l. Hasil uji kuantifikasi DNA pada panjang gelombang
260/280 adalah 1,97.

Hasil Amplifikasi Gen 16S rRNA

Hasil amplifikasi gen 16S rRNA dari ekstrak DNA divisualisasi melalui gel
elektroforesis yang dapat dilihat pada Gambar 6.

(a) (b)

329
[Link]
Gambar 6. Hasil Gel Elektroforesis amplifikasi gen 16S rRNA. (a) Marker (b) Isolat RLV5.2.

Hasil amplifikasi gen 16S rRNA (Gambar 6) menunjukkan pita DNA marker dengan
ukuran ± 1500 bp sejajar dengan produk amplifikasi gen 16S rRNA isolat RLV.5.2.
Berdasarkan hasil yang didapatkan maka dapat dikatakan gen 16S rRNA isolat bakteri dapat
diamplifikasi.
Hasil Sekuensing Gen 16S rRNA
Hasil sekuensing DNA bakteri dianalisis dan dicocokkan dengan data yang tersedia di
Gen Bank Basic Local Aligment Search Tool (BLAST) pada NCBI dan diperoleh informasi
bahwa sekuen DNA bakteri isolat RLV.5.2 mempunyai kemiripan 99% dengan fragmen gen
16S ribosomal RNA isolat bakteri Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus strain CK27
(Genbank kode akses: NR_037046.1). Dengan demikian isolat RLV.5.2 diberi nama
Staphylococcus cohnii IRLV5 (IRLV5= Indonesian Rusip Litopeaneus vannamei Day-5).

DISKUSI
Penelitian ini diawali dengan fermentasi sampel rusip udang putih selama 120 jam
dilanjutkan pengenceran bertingkat menggunakan NaCl fisiologis. Dari masing-masing
tabung hasil pengenceran diambil satu mata ose lalu ditanam pada media Nutrient Agar (NA)
(Lestari dkk., 2018; Inayatul dkk., 2018). Berdasarkan pengenceran yang telah dilakukan,
koloni bakteri pada pengenceran 10-1 dan 10-2 tidak ada yang terpisah, sedangkan pada
pengenceran 10-3 dan 10-4 didapatkan koloni yang terpisah sehingga pengamatan morfologi
koloni yang berbeda dapat dilakukan.
Pengamatan morfologi koloni bakteri yang tumbuh pada media NA meliputi warna
koloni, bentuk, tepi, elevasi, ukuran, sifat dan konsistensi (Putri, 2012). Berdasarkan hasil
penelitian yang telah dilakukan, diperoleh 2 koloni terpisah yang memiliki karakteristik
morfologi yang berbeda. Perbedaan kedua koloni tersebut hanya terdapat pada ukuran koloni.
Semua koloni yang ditemukan berbentuk bulat dan berwarna putih. Dari segi ukuran,
ditemukan koloni berukuran kecil dan koloni berukuran sedang. Berdasarkan tepi, semua
koloni yang ditemukan mempunyai tepi yang rata. Berdasarkan elevasi, ditemukan koloni
dengan permukaan yang cembung dengan konsistensi smooth. Sedangkan berdasarkan sifat,
semua koloni yang ditemukan mempunyai sifat kering.
Selain pengamatan morfologi secara visual terhadap koloni bakteri, bentuk sel bakteri
dapat diamati secara mikroskopis melalui pewarnaan Gram. Selain untuk mengamati bentuk
sel bakteri, pewarnaan Gram juga dapat digunakan untuk membedakan spesies bakteri
menjadi dua kelompok besar yaitu Gram-positif dan Gram-negatif berdasarkan sifat kimia
dan fisik dinding sel bakteri. Dinding sel bakteri Gram-positif tersusun dari 60-100%
peptidoglikan. Dinding sel bakteri Gram-negatif mengandung 10-20% peptidoglikan
(Fifendy, 2017). Berdasarkan pewarnaan Gram yang telah dilakukan, kedua koloni bakteri
yang ditemukan adalah bakteri Gram-positif berbentuk kokus. Susunan koloni RLV.5.1
berbentuk soliter sedangkan susunan koloni RLV.5.2 berbentuk bergerombol.
Satu isolat diuji penghasilan enzim proteasenya menggunakan media susu skim.
Enzim protease yang dihasilkan oleh bakteri menyebabkan kasein terhidrolisis menjadi asam
amino yang larut sehingga warna putih akan menghilang dan terbentuk zona bening di sekitar
koloni bakteri (Choirunnisa dkk, 2017). Isolat RLV.5.2 menghasilkan zona bening dengan
diameter 10 mm. Penelitian Borla (2010) menyatakan zona bening dengan diameter 12 mm
atau lebih pada media susu skim menandakan adanya bakteri penghasil enzim protease (Borla
dkk, 2010). Namun, menurut Muchtadi dan Betty (1983) kemampuan bakteri dalam
menguraikan protein berbeda antara 1 spesies dengan yang lainnya (Muchtadi dan Betty,
1983, Paskandani dkk., 2014). Berdasarkan hasil yang didapatkan maka dapat dikatakan
isolat RLV.5.2 merupakan bakteri proteolitik karena dapat membentuk zona bening pada

330
[Link]
media susu skim.
Hasil isolasi DNA genom kemudian diuji kuantifikasi nilai absorbannya
menggunakan spektrofotometer Nano drop dengan panjang gelombang 260 atau 280 nm.
Kemurnian DNA dikatakan tinggi jika nilai absorbansinya pada 260 nm atau 280 nm adalah
1,8. Nilai absorbansi yang kurang dari 1,8 menandakan masih adanya kontaminasi protein
pada DNA. Nilai absorbansi yang lebih dari 1,8 menandakan adanya kontaminasi RNA pada
DNA (Darmawati, 2019). Pada penelitian ini didapatkan hasil 1,97 ng/ l sehingga dapat
dikatakan ekstrak DNA yang didapatkan mempunyai kemungkinan masih terkontaminasi
RNA. Untuk menghilangkan kontaminasi RNA, dapat ditambahkan enzim RNAse.
Ekstrak DNA genom diamplifikasi menggunakan PCR berdasarkan gen 16S rRNA.
Hasil amplifikasi PCR dari ekstrak DNA divisualisasikan menggunakan gel elektroforesis
untuk melihat pita yang terbentuk (Gambar 6) (Ethica dkk., 2013). Hasil amplifikasi gen 16S
rRNA menunjukkan pita DNA marker dengan ukuran ± 1500 bp sejajar dengan produk
amplifikasi gen 16S rRNA ekstrak DNA RLV.5.2. Secara universal primer 16S rRNA yang
digunakan dalam amplifikasi PCR berukuran 1500 bp dapat mengamplifikasi daerah 16S
rRNA dari seluruh bakteri (Rinanda, 2011). Berdasarkan hasil yang didapatkan maka dapat
dikatakan gen 16S rRNA isolat bakteri dapat diamplifikasi dan primer yang digunakan sudah
sesuai. Pita yang didapatkan terlihat jelas tanpa adanya smear. Menurut Mulyani (2011), pita
yang smear dapat disebabkan karena adanya sisa-sisa larutan yang masih terbawa selama
proses isolasi atau juga karena masih terdapatnya kontaminan seperti protein atau RNA
(Mulyani dkk, 2011, Ethica, 2014). Berdasarkan hasil yang didapatkan dapat dikatakan
ekstrak DNA bakteri tidak terkontaminasi protein atau RNA.
Hasil amplifikasi PCR ini kemudian dikirim ke Genetika Science, Singapura untuk
disekuensing. Hasil sekuensing ini berupa sekuen atau urutan basa nitrogen dari sampel
ekstrak DNA tersebut. Urutan basa nitrogen yang didapatkan lalu dicocokkan dengan data
yang tersedia di Gen Bank Basic Local Aligment Search Tool (BLAST) pada NCBI dan
diperoleh informasi bahwa sekuen DNA bakteri isolat RLV.5.2 mempunyai kemiripan
99,93% dengan fragmen gen 16S ribosomal RNA isolat bakteri Staphylococcus cohnii subsp.
urealyticus strain CK27 (Genbank kode akses: NR_037046.1). Dengan demikian isolat
rlv.5.2 diberi nama Staphylococcus cohnii IRLV5 (Indonesian Rusip Litopeaneus vannamei
Day-5). Klasifikasi dari bakteri Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus adalah sebagai
berikut (Cole et al, 2019):
Kingdom : Bacteria
Phylum : Firmicutes
Class : Bacilli
Ordo : Bacillales
Family : Staphylococcaceae
Genus : Staphylococcus
Spesies : Staphylococcus cohnii
Bakteri Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus merupakan bakteri Gram-positif,
bentuk kokus dengan diameter sekitar 0,6-1,2 m, susunan tunggal atau berpasangan. Koloni
dari bakteri ini memiliki ciri-ciri berbentuk bulat, halus, biasanya berkilau, sedikit cembung,
biasanya berwarna abu-abu putih dan berukuran sekitar 1-3 mm (Kloos dan Wolfshohl,
1991). Bakteri ini non-motil, tidak membentuk spora, koagulase negatif dan katalase positif
(Soldera et al, 2013). Menurut Fatoni (2012), salah satu mikroorganisme yang dapat
menghasilkan enzim protease ekstraseluler adalah Staphylococcus sp (Fatoni dan Lestari,
2012). Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus dianggap sebagai bagian flora normal yang
ada di kulit. Bakteri ini termasuk sebagai bakteri patogen oportunistik yang dapat
menyebabkan bakterimia yang terkait dengan infeksi saluran kemih (Shahandeh et al, 2015).
Isolasi dan identifikasi bakteri penghasil enzim protease pada rusip udang putih pasca

331
[Link]
fermentasi 120 jam berbasis molekuler yang telah dilakukan dapat menjadi sumber informasi
tentang bakteri yang dapat menjadi acuan sumber enzim protease yang baru. Bakteri
penghasil enzim protease yang terdapat pada rusip udang putih pasca fermentasi 120 jam
diharapkan dapat digunakan secara luas untuk memenuhi kebutuhan enzim protease yang
semakin meningkat

KESIMPULAN DAN SARAN

Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan, maka dapat disimpulkan bahwa pada
rusip udang putih pasca fermentasi 120 jam terdapat 1 isolat yang dapat menghasilkan enzim
protease dengan diameter proteolitik 10,00 mm yaitu isolat RLV.5.2 (Rusip Litopeaneus
vannamei Hari-5 Koloni-2). Berdasarkan hasil identifikasi molekuler berbasis sekuen gen
16S rRNA, diketahui isolat RLV.5.2 memiliki kemiripan 99% dengan bakteri
Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus strain CK27. Dengan demikian isolat RLV.5.2
teridentifikasi secara molekuler sebagai Staphylococcus cohnii IRLV5 ( Indonesian Rusip
Litopeaneus vannamei Day-5).
Dari hasil penelitian yang telah dilakukan, maka untuk peneliti selanjutnya perlu
melakukan uji patogenitas terhadap bakteri Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus
RLV.5.2. Selain itu, perlu dilakukan isolasi dan identifikasi bakteri penghasil enzim protease
pada makanan olahan fermentasi, seperti dangke, pekasam dan peuyeum untuk
memperbanyak sumber penghasil enzim protease yang baru.

REFERENSI
Borla, OP., Davidovich, L.A., dan Roura, S.I. 2010. Isolation dan Characterization of
Proteolytic Microorganisms from Fresh and Fermented Cabbage. LWT-Food Science
and Technology. 43 (2). 298-301
Choirunnisa, H. Sari, R.Y. dan Hastuti, U.S., 2017. Identifikasi dan Uji Kemampuan
Hidrolisis pada Bakteri Amilolitik dan Proteolitik yang Diisolasi dari Wadi, Makanan
Khas Kalimantan Tengah. Jurnal Bionature. 18 (2). 99-109
Cole, K., Foster, D., Russell, J.E., Golubchik, T., Llewelyn, M., Wilson, D.J., Crook, D., and
Paul, J. 2019. Modernising Medical Microbiology Consortium. "Draft genome
sequences of 64 type strains of 50 species and 25 subspecies of the genus
Staphylococcus Rosenbach 1884." Microbiol. Resour. Announc. 8:e00062-19.
Darmawati, S., 2019. Monograf: Sistematika Polifasik Untuk Deteksi Keanekaragaman
Genetik Salmonella typhi. ED I. Salma Idea: Yogyakarta.
Ethica, S.N., 2014. Detection of genes involved in glycerol metabolism of Alcaligenes sp.
JG3 (Doctoral dissertation, Universitas Gadjah Mada).
Ethica, S.N., Hammi, M.K., Lestari, P., Semiarti, E., Widada, J. and Raharjo, T.J., 2013.
Amplification of Azospirillum sp. JG3 glpd gene fragment using degenerate primers
generated by web-based tools. The Journal of Microbiology, Biotechnology and Food
Sciences, 3(3), p.231.
Fatoni, A. dan Lestari, P. 2012. Isolasi dan Karakterisasi Protease Ekstraseluler dari Bakteri
dalam Limbah Cair Tahu. Jurnal Natur Indonesia, 10(02), pp.83-88
Fifendy, M., 2017. Mikrobiologi. ED I. Kencana: Depok
Hanafiarti, D., 2015. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Penghasil Protease dari Terasi Udang
Cirebon (Mysis relicta). Skripsi. Fakultas Pertanian Universitas Lampung. Bandar
Lampung.
Ibrahim, B., Zahiruddin, W., Sastra, W., 2009. Fermentasi Rusip. Seminar Nasional
Perikanan Indonesia. 314-320.
Inayatul, W.O., Muchlissin, S.I., Mukaromah, A.H., Darmawati, S. and Ethica, S.N., 2018.
Isolasi Dan Identifikasi Molekuler Bakteri Penghasil Enzim Protease Pseudomonas

332
[Link]
 Stutzeri Istd4 dari Tempe Gembus Pasca Fermentasi 1 Hari. In Prosiding Seminar
Nasional & InternasionaL (Vol. 1, No. 1).
Lestari, D.A., 2018. Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Penghasil Enzim Protease
pada Oncom Merah Pasca Fermentasi 72 Jam Berdasarkan Analisis Gen 16S rRNA.
Skripsi. Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan Universitas Muhammadiyah
Semarang. Semarang
Melliawati, R. Rohmatussolihat dan Nuryati, 2016. Seleksi dan Identifikasi Bakteri Endofit
Potensial Penghasil Enzim Protease dari Taman Nasional Gunung Halimun.
Biopropal Industri. 7 (2). 73-82
Mubarok, A., 2015. Profil Protein Ikan Tongkol yang Direndam Larutan Tawas Berbasis
SDS-PAGE. Skripsi. Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan Universitas
Muhammadiyah Semarang. Semarang
Muchtadi, D. dan Betty, S.L. 1983. Petunjuk Praktek Mikrobiologi Hasil Perikanan 2.
Departemen Pendidikan dan Kebudayaan: Jakarta
Mulyani, Y., Purwanto, A., dan Nurruhwati, I., 2011. Perbandingan Beberapa Metode Isolasi
DNA untuk Deteksi Dini Koi Herpes Virus (KHV) pada Ikan Mas (Cyprinus carpio
L.). Jurnal Akuatika. 2 (1).
Paskandani, R., Ustadi dan Husni, A., 2014. Isolasi dan Pemanfaatan Bakteri Proteolitik
untuk Memperbaiki Kualitas Limbah Cair Pengolahan Bandeng Presto. Jurnal
Manusia dan Lingkungan. 21(3). 310-316
Putri, Y.S., 2012. Skrining dan Uji Aktivitas Enzim Protease Bakteri dari Limbah Rumah
Pemotongan Hewan. Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Airlangga. Surabaya
Rahayu, S., 2014. Isolasi dan Karakterisasi Protease dari Bakteri Sumber Air Panas
Tamalantik Mamasa Sulawesi Barat. Skripsi. Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam Universitas Hasanuddin. Makassar
Riani, H. Rostika, R. dan Lili, W., 2012. Efek Pengurangan Pakan Terhadap Pertumbuhan
Udang Vaname (Litopenaeus vannamei) PL-21 yang Diberi Bioflok. Jurnal
Perikanan dan Kelautan. 3 (3). 207-211
Rinanda, T., 2011. Analisis Sekuensing 16S rRNA di Bidang Mikrobiologi. Jurnal
Kedokteran Syiah Kuala. 11 (3). 172-177
Shahandeh, Z., Shafi, H. and Sadighian, F. 2015. Association of Staphylococcus cohnii
subspecies urealyticum infection with recurrence of renal staghorn stone. Caspian
Journal Internal Medicine. 6(1). 40-42
Soldera, J., Nedel, W.L., Cardoso, P.R.C. and d’Azevedo, P.A., 2013. Bacteremia due to
Staphylococcus cohnii ssp. Urealyticus caused by infected pressure ulcer: case report
and review of the literature. Sao Paulo Medical Journal. 131 (1).

333
[Link]