CHAPTER  9

Mitochondrial Structure and Function

Copyright © 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 Keys
• Clarify the overall mitochondrial structure and function.
• Describe the inner/outer mitochondrial membranes and matrix.
• Review the processes of glycolysis and anaerobic fermentation.
• Emphasize the electron transport system in forming a proton gradient.
• Describe the chemiosmotic mechanism and cellular energy transduction.
• Clarify mechanisms for transporting proton to the intermembrane space.
• Describe the mechanisms ATP synthase may convert ADP and Pi to ATP.
• Emphasize the roles of the proton‐motive force other than ATP synthesis.
• Discuss the control of respiration.
• Discuss the role of mitochondria in heat production.
• Describe the mechanisms to import proteins into the mitochondria.
• Elucidate the structure and function of peroxisomes and glyoxysomes.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 Introduction

• The early Earth was populated by anaerobes, which captured 
and utilized energy by oxygen‐independent metabolism.
• Oxygen accumulated in the primitive atmosphere after 
cyanobacteria appeared.
• Aerobes evolved to use oxygen to extract more energy from 
organic molecules.
• In eukaryotes, aerobic respiration takes place in the 
mitochondrion.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
(9.1)  Mitochondrial Structure and Function

Elongated mitochondria  Transmission electron  Mitochondria in the 

of fibroblast micrograph  sperm mid‐piece 

• Mitochondria: characteristic morphologies despite variable appearance.
– Typical mitochondria are bean‐shaped organelles but may be round or 
threadlike.
– Size and number of mitochondria reflect the energy requirements of the cell.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 Mitochondrial Structure and Function

Dynamic nature of 
mitochondria 
revealed in mouse 
fibroblasts with a 
fluorescent tagged 
mitochondrial 
protein.

• Mitochondria can fuse with one another, or split in two.
– The balance between fusion and fission is likely a major determinant 
of mitochondrial number, length, and degree of interconnection.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 Mitochondrial Structure and Function

3D model of contacts  Model for mitochondrial fission: ER 
between ER and  tubules and Drp1 mediate mitochondrial 
mitochondria constriction.

• Mitochondria can fuse with one another, or split in two.
– The balance between fusion and fission is likely a major determinant 
of mitochondrial number, length, and degree of interconnection.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 Mitochondrial Structure and Function
The structure of a mitochondrion
• Inner and outer mitochondrial  Scanning 
membranes enclose two  electron 
spaces: the matrix and  micrograph of 
a macerated 
intermembrane space.
mitochondrion
– The outer mitochondrial 
membrane serves as its outer 
boundary.
– The inner mitochondrial  3D 
membrane is subdivided into  reconstruction of 
two interconnected domains: a mitochondrion 
based on a 
• Inner boundary 
micrographs 
membrane
taken with a 
• Cristae: where the  high‐voltage 
machinery for ATP is  electron 
located microscope

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 Mitochondrial Structure and Function
The structure of a mitochondrion
• Outer mitochondrial 
membrane: outer boundary.
• Inner mitochondrial 
membrane has two 
interconnected domains:
• Inner boundary membrane
• Cristae: where the 
machinery for ATP is located
• The mitochondrial matrix
– Contains a circular DNA 
molecule, ribosomes, and 
enzymes.
– RNA and proteins can be  Schematic diagrams showing the 3D 
synthesized in the matrix. internal structure and a thin section of a 
mitochondrion from bovine heart tissue

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 Mitochondrial Structure and Function

• Mitochondrial Membranes
– The outer membrane is about 
50%; the inner membrane is more 
than 75% protein.
– The inner membrane contains 
cardiolipin but not cholesterol, 
both are true of bacterial 
membranes.
– The outer membrane contains a 
large pore‐forming protein called 
porin.
– The inner membrane is 
impermeable to even small 
molecules; the outer membrane is  Porin motif: a ‐sheet barrel that 
permeable to even some proteins. forms an opening for passage of 
moderate‐sized molecules

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 Mitochondrial Structure and Function
Carbohydrate metabolism in eukaryotic cells

Coupling cytosolic glycolysis and pyruvate production 
to the mitochondrial  TCA cycle and ATP formation
© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 (9.2) Oxidative Metabolism in the 
Mitochondrion
• The first steps in 
oxidative metabolism are 
carried out in glycolysis.
– Glycolysis produces 
pyruvate, NADH, and 
two molecules of ATP.
– Aerobic organisms use 
O2 to extract more than 
30 additional ATPs from 
pyruvate and NADH.
– Pyruvate is transported 
across the inner 
membrane and 
decarboxylated to form 
Coupling cytosolic glycolysis and pyruvate production 
acetyl CoA, which enters 
to the mitochondrial  TCA cycle and ATP formation
the next stage.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
Oxidative Metabolism in the Mitochondrion
An overview of glycolysis

Overview of glycolysis 
showing some of the 
key steps. 

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
Oxidative Metabolism in the Mitochondrion
The TCA cycle
• The tricarboxylic acid (TCA) 
cycle
– It is a stepwise cycle where 
substrate is oxidized and its 
energy conserved.
– The two‐carbon acetyl group 
from acetyl CoA is condensed 
with the four‐carbon 
oxaloacetate to form a six‐
carbon citrate.
– During the cycle, two carbons 
are oxidized to CO2, regenerating 
the four‐carbon oxaloacetate 
needed to continue the cycle.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
Oxidative Metabolism in the Mitochondrion
The TCA cycle
• The TCA cycle
– Four reactions in the 
cycle transfer a pair 
of electrons to NAD+
to form NADH, or to 
FAD+ to form FADH2.
– Reaction 
intermediates in the 
TCA cycle are 
common compounds 
generated in other 
catabolic reactions 
making the TCA cycle 
the central metabolic 
pathway of the cell. Catabolic pathways generate compounds 
that are fed into the TCA cycle
© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
Oxidative Metabolism in the Mitochondrion
The glycerol phosphate shuttle

• The Importance of 
Reduced Coenzymes in 
the Formation of ATP
– The reduced coenzymes 
FADH2 and NADH are the 
primary products of the 
TCA cycle. 
– NADH formed during 
glycolysis enters the 
mitochondria via malate‐
aspartate or glycerol 
phosphate shuttles.
Electron transfer from NADH to DHAP to form 
glycerol 3‐phosphate, then to FAD to form FADH2

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
Oxidative Metabolism in the Mitochondrion
Summary of oxidative phosphorylation
• Importance of Reduced Coenzymes 
– As electrons move through the 
electron‐transport chain, H+ are 
pumped out across the inner 
membrane.
– ATP is formed by the controlled 
movement of H+ back across the 
membrane through the ATP‐
synthesizing enzyme.
– Coupling of H+ translocation to ATP 
synthesis is called chemiosmosis.
– Three molecules of ATP are formed 
from each pair of electrons donated 
by NADH; two molecules of ATP are  Two step process of oxidative 
formed from each pair of electrons  phosphorylation: Formation and 
donated by FADH2. harnessing of the proton gradient

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Human Perspective: 
The Role of Anaerobic and Aerobic Metabolism in Exercise

• ATP hydrolysis increases 100‐fold during exercise, quickly 
exhausting ATP available.
• Muscles used stored creatine phosphate (CrP) to rapidly 
generate but must rely on aerobic or anaerobic synthesis 
of new ATP for sustained activity.
CrP + ADP  Cr + ATP

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Human Perspective: 
The Role of Anaerobic and Aerobic Metabolism in Exercise

• Fast‐twitch muscle fibers 
contract rapidly, have few 
mitochondria and produce 
ATP anaerobically.
– Anaerobic metabolism 
produces fewer ATPs per 
glucose but produces them 
very fast.
– Anaerobic metabolism 
rapidly depletes available 
glucose and builds up lactic 
Skeletal muscles: Mix of fast‐twitch/type II 
acid which reduces cellular 
fibers (darkly stained) and slow‐twitch/type I 
pH.
fibers (lightly stained)

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Human Perspective: 
The Role of Anaerobic and Aerobic Metabolism in Exercise

• Slow‐twitch fibers contract 
slowly, have many 
mitochondria and produce 
most of their ATP by aerobic 
metabolism.
– Aerobic metabolism initially 
uses glucose as a substrate.
– Free fatty acids are oxidized 
during prolonged exercise.
• Ratio of fast‐ to slow‐twitch 
fibers is variable and 
depends on the normal  Skeletal muscles: Mix of fast‐twitch/type II 
function of the muscle. fibers (darkly stained) and slow‐twitch/type I 
fibers (lightly stained)

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 (9.3) The Role of Mitochondria in the 
Formation of ATP
• ATP can be formed by substrate‐
level phosphorylation or oxidative 
phosphorylation.
– Accounts for > 160 kg of ATP in our 
bodies per day
• Oxidation‐Reduction (Redox) 
Potentials
– Strong oxidizing agents have a high 
affinity for electrons; strong 
reducing agents have a weak affinity 
for electrons
– Redox reactions are accompanied by 
a decrease in free energy.
– The transfer of electrons causes  Measuring the standard oxidation–
charge separation that can be  reduction  potential in half‐cells 
measured as a redox potential. using a voltmeter and salt bridge

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Role of Mitochondria in the 
Formation of ATP

• Electron Transport
– Electrons move through 
the inner membrane via a 
series of carriers of 
decreasing redox 
potential.
– Electrons associated with 
either NADH or FADH2 are 
transferred through 
specific electron carriers 
that make up the 
electron transport chain.

Redox potential of some reaction couples

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Role of Mitochondria in the 
Formation of ATP
• Types of Electron Carriers
– Flavoproteins are 
polypeptides bound to either 
FAD or FMN.
– Cytochromes contain heme 
groups bearing Fe or Cu metal 
ions.
– Three cooper atoms are 
located within a single protein 
complex and alternate 
between Cu2+/Cu3+
– Ubiquinone (coenzyme Q) is a 
lipid‐soluble molecule made 
of five‐carbon isoprenoid 
units.
Structures of three electron carriers
© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Role of Mitochondria in the 
Formation of ATP

Iron‐sulfur centers Arrangement of several carriers  Inhibitors to determine 

in the electron‐transport chain the ETC carrier sequence

• Types of Electron Carriers
– Iron‐sulfur proteins contain Fe in association with inorganic sulfur.
– These carriers are arranged in order of increasingly positive redox potential.
– Sequence of carriers determined by use if inhibitors.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Role of Mitochondria in the 
Formation of ATP
• Tendency for electrons to be 
transferred from one carrier to the 
next depends on the potential 
difference between the two redox 
centers.
• Rate of transfer depends on the 
catalytic activities of the proteins 
involved.
• Electrons may travel considerable 
distances (10–20 Å) between adjacent 
redox centers. 
• Electrons probably flow through 
special “tunneling pathways”  Electron‐tunneling pathways for the 
consisting of a series of covalent and  yeast cytochrome c‐cytochrome c 
hydrogen bonds that stretch across  peroxidase complex
parts of several amino acid residues.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Role of Mitochondria in the 
Formation of ATP

• Electron‐Transport Complexes
– Complex I (NADH dehydrogenase) catalyzes transfer of electrons from 
NADH to ubiquinone and transports four H+ per pair.
– Complex II (succinate dehydrogenase) catalyzes transfer of electrons from 
succinate to FAD to ubiquinone without transport of H+.
– Complex III (cytochrome bc1) catalyzes the transfer of electrons from 
ubiquinone to cytochrome c and transports four H+ per pair.
– Complex IV (cytochrome c oxidase) catalyzes transfer of electrons to O2
and transports H+ across the inner membrane.
– Cytochrome oxidase is a large complex that adds four electrons to O2 to 
form two molecules of H2O.
– The metabolic poisons CO, N3–, and CN– bind catalytic sites in Complex IV.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
The Role of Mitochondria in the 
Formation of ATP

The electron‐transport chain of the inner mitochondrial membrane
© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
The Role of Mitochondria in the 
Formation of ATP

The electron‐transport chain of the inner mitochondrial membrane
© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Role of Mitochondria in the 
Formation of ATP
Electron transfer 
in the peripheral 
hydrophilic arm is 
coupled by 
conformational 
changes to proton 
translocation 
across the 
Crystal structure of a  membrane 
bacterial form of complex I domain

– Structure and proposed mechanism of action of respiratory chain complex I.
– Contains a peripheral hydrophilic domain and a membrane‐embedded 
hydrophobic domain.
– Unprotonated glutamic acid and protonated lysine residues, driven by 
transmembrane helix conformational changes, promotes proton translocation.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Role of Mitochondria in the 
Formation of ATP

cytochrome oxidase: 
A proton pump in 
synthetic liposomes

Model of electron 
flow through the 
four redox centers

– Cytochrome oxidase is a large complex that adds four electrons to O2 to 
form two molecules of H2O.
– Electrons are transferred one at a time.
– Energy released by O2 reduction is thought to drive conformational changes.
– These changes would promote H+ ions movement through the protein.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 (9.4) Translocation of Protons and the 
Establishment of a Proton‐Motive Force

• Two components of the proton gradient:
– Concentration gradient between matrix 
and intermembrane space creates a pH 
gradient (ΔpH).
– Separation of charge across the membrane 
creates an electric potential (Ψ).
– Energy present in both components of the 
gradients is proton‐motive force (Δp).
• Dinitrophenol (DNP) uncouples glucose 
oxidation and ATP formation by increasing the 
permeability of the inner membrane to H+,  Visualizing the proton‐motive 
thus eliminating the proton gradient. force in active mitochondria 
• Differences in uncoupling proteins (UCPs)  with the fluorescent, cationic 
account for differences in metabolic rate. dye rhodamine

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 (9.5) The Machinery for ATP Formation

Electron micrograph of a mitochondrion, 
ATP formation in membrane vesicles 
with spherical particles attached by a 
reconstituted with the Na+/K+‐ATPase
stalk to the cristae membranes

• Isolation of coupling factor 1, or F1, showed that it hydrolyzed ATP.
– Under experimental conditions, it behaves as an ATP synthase.
– Led to conclusion that an ionic gradient establishes a proton‐motive force to 
phosphorylate ADP.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Machinery for ATP Formation
The structure of the ATP synthase
Schematic 
diagram and 3D 
structure of the 
bacterial ATP 
synthase. The 
enzyme consists 
of two major 
portions, called 
F1 and F0

• The structure of the ATP synthase:
– The F1 particle is the catalytic subunit, and contains three catalytic sites for 
ATP synthesis.
– The F0 particle attaches to the F1 and is embedded in the inner membrane.
– The F0 base contains a channel through which protons are conducted from the 
intermembrane space to the matrix–demonstrated in experiments with sub‐
mitochondrial particles.
© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Machinery for ATP Formation
The structure of the ATP synthase
Schematic diagram of the 
bacterial ATP synthase. 

Atomic force 
microscopy of a 
“field” of c rings 
from chloroplast 
ATP synthases 
with 14 subunits 

• The structure of the ATP synthase:
– The number of subunits in the c ring is 10–14 because structural studies have 
revealed that this number can vary depending on the source of the enzyme.
– Yeast mitochondrial and E. coli ATP synthase have 10 c subunits.
– The chloroplast ATP synthase has 14 c subunits.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Machinery for ATP Formation
Binding Change Mechanism
A section through the F1
head shows the spatial 
organization of three of 
its subunits
Top view of the F1 head 
with  the six  and 
subunits around the 
asymmetric  subunit

• The Basis of ATP Formation According to the Binding Change Mechanism
– The binding change mechanism states the following:
• Movement of protons through ATP synthase alters the binding affinity of 
the active site.
• Each active site goes through  distinct conformations that have different 
affinities for substrates and product.
• There is a structural basis of catalytic site conformation.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Machinery for ATP Formation
Binding Change Mechanism

The binding 
change 
mechanism 
for ATP 
synthesis.

• Binding change mechanism
– Binding sites on the catalytic subunit can be tight, loose, or open.
– ATP is synthesized through rotational catalysis where the stalk of ATP synthase 
rotates relative to the head.
– There is structural and experimental evidence to support this mechanism.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Machinery for ATP Formation

Direct observation of 
• Genetically engineered version of the F1 portion of  rotational catalysis: 
the ATP synthase schematic and video frames
• A short, fluorescently labeled actin filament was 
attached to the end of the  subunit
• When incubated with ATP and observed under the 
microscope, the fluorescently labeled actin 
filament was seen to rotate like a microscopic 
propeller.
• Powered by the energy released as ATP molecules 
were bound and hydrolyzed by the catalytic sites 
of the  subunits.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Machinery for ATP Formation

• Using the Proton Gradient to 
Drive the Catalytic Machinery: 
The Role of the F0 Portion of ATP 
Synthase
– The c subunits of the F0 base 
form a ring.
– The c ring is bound to  subunit 
of the stalk.
– Protons moving through 
membrane rotate the ring.
– Rotation of the ring provides 
twisting force that drives ATP 
synthesis.
A model of the proton diffusion coupled 
to rotation of c ring in the F0 complex

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Machinery for ATP Formation

• Other Roles for the Proton‐
Motive Force in Addition to 
ATP Synthesis
– The H+ gradient drives 
transport of ADP into and 
ATP out of the 
mitochondrion.
– ADP is the most important 
factor controlling the 
respiration rate.
– Many factors influence 
the rate of respiration, but 
the pathways are poorly 
understood.
Summary of the major activities during 
aerobic respiration in a mitochondrion.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 (9.6)  Peroxisomes
Peroxisomes 
contain enzymes 
Electron 
to carry out the 
micrograph of 
two‐step reduction 
a rat liver cell 
of molecular 
section stained 
oxygen to water
for catalase

• Peroxisomes are membrane‐bound vesicles that contain oxidative enzymes.
• They oxidize very‐long‐chain fatty acids, and synthesize plasmalogens (a class 
of phospholipids).
• They form by splitting from pre‐existing organelles, import preformed 
proteins, and engage in oxidative metabolism.
• Hydrogen peroxide (H2O2), a reactive and toxic compound,  is formed in 
peroxisomes and is broken down by the enzyme catalase.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 Peroxisomes

Glyoxysome localization 
within plant seedlings. Light 
micrograph of a section 
through cotyledons from 
imbibed cotton seeds. The 
glyoxysomes, which are seen 
as small dark structures 
(arrow), have been made 
visible by a cytochemical 
stain for the enzyme catalase.

• Plants contain a special peroxisome called glyoxysome, which can convert 
fatty acids to glucose by germinating seedlings.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Human Perspective: 
Diseases that Result from Abnormal Mitochondrial or 
Peroxisomal Function
Degenerating 
muscle shows 
• Mitochondria
red‐staining 
– A variety of disorders are  “blotches” due 
known that result from  to abnormal 
abnormalities in  proliferation of 
mitochondria structure &  mitochondria
function.
– Majority of mutations 
Electron 
linked to mitochondrial 
micrograph 
diseases are traced to 
showing 
mutations in mtDNA.
crystalline 
– Mitochondrial disorders  structures 
are inherited maternally. within the 
mitochondrial 
matrix
© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Human Perspective: 
Diseases that Result from Abnormal Mitochondrial or 
Peroxisomal Function

A premature‐aging phenotype 
caused by increased mutations in 
mtDNA.  The defective nuclear gene 
encodes for  the DNA polymerase 
responsible for mtDNA replication

• It is speculated that accumulations of mutations in mtDNA is a major cause of 
aging.
• In mice encoding a mutation in their mtDNA, signs of premature aging develop.
• Additional findings suggest that mutations in mtDNA may cause premature 
aging but are not sufficient for the normal aging process.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
 The Human Perspective: 
Diseases that Result from Abnormal Mitochondrial or 
Peroxisomal Function

• Peroxisomes
– Patients with Zellweger syndrome lack peroxisomal enzymes due to 
defects in translocation of proteins from the cytoplasm into the 
peroxisome.
– Adrenoleukodydstrophy is caused by lack of a peroxisomal enzyme, 
leading to fatty acid accumulation in the brain and destruction of the 
myelin sheath of nerve cells.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.
Copyright 2013 John Wiley & Sons, Inc.
All rights reserved. Reproduction or translation of this work 
beyond that permitted in section 117 of the 1976 United 
States Copyright Act without express permission of the 
copyright owner is unlawful. Request for further information 
should be addressed to the Permissions Department, John 
Wiley & Sons, Inc. The purchaser may make back‐up copies 
for his/her own use only and not for distribution or resale. 
The Publisher assumes no responsibility for errors, 
omissions, or damages caused by the use of these programs 
or from the use of the information herein.

© 2013 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.