【科研绘图系列】R语言绘制论文组合图（muitple plots）

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介绍

这篇文章详细介绍了如何使用R语言进行跨平台和跨仪器的蛋白质组学数据比较分析。文章通过具体的代码示例和图形展示，为科研人员提供了一套完整的数据分析和可视化流程。主要分析内容包括：

文章首先介绍了如何从多个数据文件中读取蛋白质组学数据，并进行预处理。具体步骤包括：

1. 使用read.table和read_excel函数读取不同平台和仪器下的蛋白质组学数据。
2. 对数据进行筛选，去除某些指标值为零的行。
3. 根据不同的处理步骤（如矩阵类型、缺失值处理、归一化等），对数据进行分组和筛选。

文章接着展示了如何比较不同平台下的蛋白质组学数据。具体步骤包括：

1. 使用top1wf和top1wf_ens函数获取每个平台下的顶级工作流和集成方法的结果。
2. 计算每个平台下的真正例（TP）、假正例（FP）、真负例