土豆白开水-CSDN博客

原创 Varied cellular abnormalities in thin vs. normal endometrium in recurrent implantation failure by

研究发现薄型子宫内膜和子宫内膜可接受性降低是导致反复植入失败的两个重要原因。通过单细胞转录组学的系统调查，研究人员收集了三个不同组的晚期增殖期和中期分泌期子宫内膜样本：薄型子宫内膜的反复植入失败患者（≤ 6 mm，TE-RIF）、正常子宫内膜厚度的反复植入失败患者（≥ 8 mm，NE-RIF）和育龄个体（对照组）。通过比较这些组中不同表达的基因和KEGG通路分析，研究发现TE-RIF组在TNF和MAPK信号通路中出现明显的失调，而NE-RIF组中能量代谢紊乱是降低子宫内膜可接受性的主要原因。

2024-12-14 17:54:30 194

原创 LncRNAs in the Dlk1-Dio3 Domain Are Essential for Mid-Embryonic Heart Development

通过在转录终止序列中插入终止序列构建转录终止模型，发现在Dlk1-Dio3区域缺乏lncRNA表达会导致胚胎水肿和心跳减慢，进而导致胚胎死亡。单细胞RNA测序分析显示Dlk1-Dio3区域lncRNA表达缺陷导致外胚层细胞增殖减少，可能是心脏发育异常的重要原因。此外，基因组印记在胚胎发育中也具有重要作用，而Dlk1-Dio3区域lncRNAs对心脏疾病和外胚层细胞功能的发挥至关重要。该研究从转录终止模型到基因表达变化和组织结构变化，全面揭示了Dlk1-Dio3区域lncRNAs对胚胎心脏发育的关键影响。

2024-12-14 17:53:30 173

原创 Inference of single-cell network using mutual information for scRNA-seq data analysis

Chang等人提出一种名为SINUM的方法，通过估计单细胞RNA测序数据中任意两个基因的互信息来构建单细胞网络（SCN），以捕获每个细胞的网络架构。相比现有的SCN推断方法，SINUM在单细胞分析中展示了更高的性能。该研究提供了一个在网络水平上检测生物系统的视角，为构建基因网络提供了一种途径，并为当前的单细胞RNA测序数据分析提供了补充。这一研究为单细胞水平的生物系统研究开辟了新的可能性，为细胞类型和生物标志物的识别提供了新机会，弥补了当前单细胞RNA测序数据分析中忽视的网络角度。

2024-12-14 17:52:36 189

原创 The proteomic landscape and temporal dynamics of mammalian gastruloid development

本研究探讨了干细胞源性模型在人类和小鼠胚胎发育早期的应用，特别是在胚胎内胚层的基质模型。同时，结合同期的RNA测序和磷酸位点数据，研究了转录和翻译后调控的路径、阶段和物种特异性，例如发现人类和小鼠的围胚胚泡阶段在线粒体转录组与蛋白质组存在不一致之处，并基于磷酸化位点动态提名了新的激酶底物关系。文章最后利用相关动态识别围绕先天疾病基因的保守蛋白质网络。总体来说，这些数据和分析强调了通过交叉应用体外胚胎模型和蛋白质组学来促进对早期哺乳动物发育理解的潜力，这是仅靠转录组学无法实现的。

2024-12-14 17:51:43 160

原创 Gene Regulatory Network Analysis of Decidual Stromal Cells and Natural Killer Cells

这一过程涉及两种关键的滋养子宫细胞：内膜/滋养性基质细胞（dS）和子宫/滋养性自然杀伤细胞（dNK）。研究结果强调了在基质细胞滋养化过程中的重要性及在NK细胞分化中促进免疫耐受的调节因子的重要性。通过对RPL和妊娠高血压等妊娠紊乱中的基因进行交集分析，我们发现预测的滋养化基质细胞和dNK1特异性转录因子靶基因中富集了在妊娠紊乱中下调的基因，而预测的dNK3特异性靶基因中富集了在妊娠紊乱中上调的基因。这些发现强调了在基质细胞滋养化中的应激耐受途径的重要性以及在NK细胞分化中促进免疫耐受的调控因子的重要性。

2024-12-14 17:50:46 193

原创 Single- cell transcriptome and chromatin accessibility mapping of upper lip and primary palate fusi

此外，我们进行了细胞分化轨迹分析，揭示在关键时间点激活或抑制的基因动态表达，促进相关细胞类型的过渡。最后，我们构建了动态的细胞间通讯网络，并预测了参与重要信号通路的关键基因的上游转录调控因子。这项研究综合评估了在上唇和原始腭发育过程中细胞和基因表达变化，使用scRNA分析从E10.5（n＝3）、E11.5（n＝3）和E12.5（n＝3）小鼠胚胎的三叉缝（由MxP、LNP和MNP形成）获得组织样本。这些结果提供了对上唇和原始腭发育的新见解，并为研究相关的先天缺陷提供了理论依据。

2024-12-14 17:49:57 249

原创 Proﬁling the transcriptomic age of single-cells in humans

研究利用了来自508名年龄在19到75岁之间的健康人多种单个细胞的scRNA-seq数据，开发了单个细胞转录组时钟，并预测了人类血液细胞的年龄。研究还发现，在中度COVID-19感染后，经典单核细胞和天然的B和T细胞的转录组年龄降低，而在严重COVID-19情况下某些细胞类型的年龄增加。研究开发了人类单个细胞类型特异的衰老时钟，直接使用单个细胞转录组数据，并侧重于预测单个细胞的年龄而不是个体的年龄。研究还将这些时钟应用于不同的外部数据集，并首次评估了源自COVID-19患者和人类胚胎的单个细胞的年龄。

2024-12-14 17:49:00 246

原创 Combining genetic and single-cell expression data reveals cell types and novel candidate genes for o

通过结合来自nsCL/P全基因组关联研究（GWAS）的遗传数据和从未受影响的人类胚胎头部获得的单细胞RNA测序数据，研究发现彻底了解nsCL/P发展所涉及的两类主要细胞类型：上皮和HAND2 +咽弓（PA）。研究利用单细胞疾病相关度评分（scDRS）方法，结合共表达网络和差异基因表达分析，优先考虑了nsCL/P候选基因，部分候选基因得到了GWAS数据的支持。研究结果表明，特定的上皮和PA亚细胞类型参与了nsCL/P的发展，并承载了nsCL/P的遗传风险的相当部分。

2024-12-14 17:48:16 198

原创 Combining single-cell RNA sequencing and network pharmacology to explore the target of cangfu daotan

这篇文章研究了如何结合单细胞RNA测序和网络药理学，从免疫角度探讨苍负导痰汤在治疗肥胖多囊卵巢综合征中的作用靶点。通过网络药理学分析揭示了苍负导痰汤的主要活性成分和作用靶点，发现其减少了促性腺激素的使用剂量，增加了高质量胚胎数量，并提高了持续怀孕率。研究结论指出，苍负导痰汤在一定程度上改善了患者的免疫微环境，减轻了经济负担，并提高了体外受精的结果。总结：本研究揭示了苍负导痰汤治疗肥胖多囊卵巢综合征的潜在机制，为了解疾病病理生理提供了新的视角，并为临床治疗提供了重要参考。

2024-12-14 17:47:32 182

原创 Cross-Species Insights into Trophoblast Invasion During Placentation Governed by Immune-Featured Tro

胎盘在孕育过程中是维持成功妊娠的关键，但是胎盘地层细胞入侵的调控机制大部分仍然未知。研究意外发现一种双特征的免疫特征胎盘细胞（iTrophoblast），在侵袭性胎盘中发现，并在胎盘形成过程中调节胎盘细胞入侵。在胎盘发育异常的子痫前期胎盘中，不规律的iTrophoblast转变导致不成熟iTrophoblast的积累，从而破坏胎盘细胞入侵，最终导致子痫前期疾病的进展。通过对大鼠和猪早期胎盘细胞进行单细胞RNA测序，揭示了胎盘细胞类型的动态变化，为研究妊娠期间的关键发展事件提供了帮助。

2024-12-14 17:46:29 143

原创 Deciphering lineage-relevant gene regulatory networks during endoderm formation by InPheRNo-ChIP

此外，消融研究证实了ChIP-seq、RNA-seq和表型数据的协同贡献，强调多模态整合对于准确重建与表型相关的GRN的重要性。InPheRNo-ChIP整合了基因表达和ChIP-seq数据，通过概率图模型构建潜在的TF-基因-表型之间关系，利用MCMC采样估计后验概率，进而识别表型相关的GRN。最后，作者通过与其他GRN推断方法的比较验证了InPheRNo-ChIP在确定表型相关GRN中的有效性，为发展生物学和疾病研究提供了有价值的工具。

2024-12-14 17:45:32 234

原创 N-CADHERIN+/CD168- subpopulation determines therapeutic variations of UC-MSCs for cardiac repair aft

本研究探讨了N-CADHERIN+/CD168-亚群在调节MSCs对心肌梗死的治疗效果中的作用。研究发现，不同供体的脐带源MSCs在MI小鼠中具有不同的治疗效果，且表现出最强的促血管生成作用。单细胞RNA测序显示N-CADHERIN+/CD168-亚群与促血管生成效果密切相关，其比例与MSCs的血管生成潜力呈正相关。总的来说，本研究确定了N-CADHERIN+/CD168-亚群是治疗MI中MSCs的功能亚群，对于MSCs在MI治疗中的开发和利用至关重要。

2024-12-14 17:44:53 154

原创 Single-cell RNA transcriptomics in mice reveals embryonic origin of ﬁbrosis due to maternal obesity

研究强调了MO极大增强了胚胎纤维化，解释了肥胖母亲后代纤维化的起源。这些数据揭示了MO胚胎中纤维化的深刻增强，为MO后代的多种组织/器官中的纤维化提供了重要的解释。因为E13.5小鼠胚胎相当于人类6周的胚胎，我们的数据强调了及早进行干预的重要性，即使许多女性还没有意识到怀孕，以改善胚胎发育和后代的长期健康。此外，我们的数据表明二甲双胍是一种潜在药物，可以有效地减轻MO胚胎的过度纤维化，这可以用于改善越来越多肥胖母亲生下的后代的健康。本研究的发现揭示了MO胚胎中过度纤维化的胚胎起源并探讨了小鼠中的潜在机制。

2024-12-14 17:43:55 188

原创 scRNA-seq revealed transcriptional signatures of human umbilical cord primitive stem cells and their

使用单细胞RNA测序分析了纯化自人类脐带血的VSELs，发现它们表达与小鼠骨髓来源VSELs相似的分子特征，包括与生殖细胞谱系相关的标记，高表达Ezh2蛋白和具有独特印记模式的关键父系遗传基因。研究还进一步发现了VSELs的多个亚群，其中一些与生殖系统有关，受亲权印记调控，响应早期发育命运决定，包括参与分化和发育的转录因子，同时表达内在免疫和嘌呤能信号基因。通过单细胞RNA测序技术的应用，该研究深入探讨了VSELs中的转录基因分析，揭示了其胚胎样性质和分化潜能。

2024-12-14 17:42:54 227

原创生信：新型基准评估方法SAPIEnS

作者测试了SCALE和scOpen两种插补方法，结合常用的预处理方法，评估了多种scATAC-seq分析类型，如聚类、可视化和数字基因组足迹。他们发现对于小数据集，插补是有益的，可改善可视化和聚类指标，但对于大数据集，则更多受益于预处理。作者还实现了一个基于插补数据的SAPIEnS数据库，其中包含基于特定细胞类型中基因座的插补数据的TF足迹和活动得分。整体而言，SAPIEnS为scATAC-seq数据的插补提供了全面而有用的评估方法，对于生物信息学研究具有重要意义。

2024-12-14 17:40:50 115

原创创新的对角一体化方法你知道吗

该研究比较了scConfluence和其他五种先进方法在多种单细胞数据整合问题上的表现，证明了scConfluence在处理不平衡细胞群体时具有更强的稳健性和高效性。在对冠心病细胞数据进行基准测试时，scConfluence在细胞嵌入方面表现最佳，而其他方法的性能会随着数据不平衡度的增加而下降。总的来说，scConfluence是一种创新的对角一体化方法，通过结合Optimal Transport和正则化逆最优传输，能够在单细胞数据整合中克服现有技术的主要局限性，表现出更高的鲁棒性和性能。

2024-12-07 10:32:10 395

原创一起探讨CCAN的应用和性能评估吧

CCAN通过域分离网络实现数据的整合，有效应用于多个下游分析和应用，包括去除细胞周期和批次效应，准确转移细胞类型标签，以及表征从造血干细胞到不同谱系的分化过程。实验证实了CCAN在处理不同协议下的scRNA-seq数据之间的批次效应的出色性能，以及在整合配对和不配对scRNA-seq和scATAC-seq数据方面的有效性。CCAN还能维持细胞分化轨迹的稳定性。总的来说，CCAN为细胞数据整合提供了一个全面的方法，可以同时处理不同类型的整合问题，包括数据稀疏性、数据规模、特征差异和高维度等挑战。

2024-12-07 10:29:51 264

原创如何更好的研究基因表达模式

这篇文章探讨了基因表达的模式识别问题，通过生物信息学方法分析了基因表达数据，提出了一种新的基因表达水平的矩阵分解模型。研究者根据基因表达的模式差异，提出了一个新的参数估计方法来识别基因表达的特征。研究结果表明，这种模型在不同基因表达模式间的识别上取得了很好的效果。文章的内容还讨论了从基因表达数据中提取生物信息学特征的重要性，并指出了未来研究方向。整体来说，本研究为基因表达模式识别提供了一种新颖且有效的方法。

2024-12-07 10:27:31 360

原创了解MOCHA的优势

为此，《 MOCHA 》（基于模型的单细胞开放染色质分析）相较于现有分析工具取得了重大进展，包括：1）改进识别样本特异开放染色质，2）采用零膨胀方法对技术性丢失进行统计建模，3）减少单细胞分析中的假阳性，4）识别替代起始转录位点调控，5）模块用于推断从长期数据中的时间基因调控网络。这些进展，加上开放染色质分析，提供了一个坚固的框架，在质量控制和细胞标记后，用于研究人类疾病中的基因调控程序。总的来说，《MOCHA》在构建基因调控网络上显示出优势，为大规模人类疾病中的功能基因组推断提供了强大工具。

2024-12-07 10:26:34 250

原创人类足细胞发育的表观基因组景观

本研究利用单细胞染色质可及性和基因表达图谱研究了胎儿肾脏和肾脏器官样的WT1突变模型。研究发现WT1靶基因，包括调节WNT信号通路的BMPER/PAX2/MAGI2，维持肌动蛋白丝结构的MYH9和调节细胞连接的NPHS1，在足细胞发育和结构维持中起关键作用。通过病人源诱导多能干细胞生成带有WT1杂合错义突变的肾脏器官样体内移植模型，研究发现该突变导致足细胞发育延迟和细胞结构受损。改正这一突变可挽救足细胞表型。研究揭示了WT1相关的人类足细胞发育的表观基因组景观，并确定了WT1突变的致病作用。

2024-12-07 10:25:02 229

原创生信研究：单细胞RNA和ATAC测序

研究发现输卵管含有11种重要细胞类型，卵巢含有6种，其中主导的细胞类型是成纤维细胞，它们表达与衰老相关的基因。输卵管上皮细胞表达多种卵巢癌风险相关基因，并且显示出颈膜上皮细胞与卵巢基质细胞之间的活跃通信。对输卵管中具有类似基因表达的细胞类型进行综合单细胞转录组学和染色质可及性数据分析，有助于深入了解绝经后卵巢和输卵管的细胞构成，推进我们对女性绝经期妇科疾病的认识。该研究为更好地了解绝经后卵巢和输卵管的正常解剖和细胞组成奠定了基础，有助于揭示潜在疾病基因的表达以及器官间的相互作用。

2024-12-07 10:23:36 178

原创 STREAM新方法你知道吗？

该方法在阿尔茨海默病数据集和弥漫性小淋巴样淋巴瘤数据集的应用中显示出其能力，能够识别与伪时间相关的TF-增强子-基因关系，并揭示了肿瘤细胞中的关键TF-增强子-基因关系和TF协作。STREAM通过全面优化增强子-基因相互作用，预测共调控基因和增强子之间的关系，在eGRN分析中表现出强大的鲁棒性，适用于深入探索，可以在GitHub上作为R软件包进一步研究。该方法通过全局优化增强子-基因相互作用，预测共调控基因和增强子之间的关系，在eGRN推断中展现出显著的效果。

2024-12-07 10:22:08 204

原创影响scEV来研究基因调控机制的新方法

最新的单细胞技术使得在单个细胞内同时测量scATAC-seq和scRNA-seq数据成为可能，为填补这一空白提供了前所未有的机会。研究结果支持scEV主要源自于细胞间染色质可及性的变异性，为表观遗传对scEV的调控提供了有力证据，并为在单细胞水平上探究基因调控机制提供了新的途径。该研究的结果为染色质可及性与scEV之间的关联提供了单细胞证据，强调表观遗传机制在调节基因表达随机性中的决定性作用，并提出了通过分析染色质可及性如何影响scEV来研究基因调控机制的新方法。

2024-12-07 10:21:07 231

原创适合用各种研究环境的新方向

在这项研究中，他们提出了一种跨模式预测模型，基于深度神经网络架构，从源模式中学习潜在表征，然后预测目标模式。此外，他们开发了CrossMP，一个基于网络的门户网站，允许研究人员通过交互式网络界面上传其单细胞模式数据，并使用后端高性能计算资源预测另一种类型的模式数据。模型架构包括四个编码器网络和两个解码器网络，用于处理不同单细胞模式数据的潜在表示和预测。模型经过训练后能够从单种测定的模式数据中生成多种多样的多组学模式数据，为研究人员提供了一种方便易用的平台来访问和利用模型的预测能力。

2024-12-07 10:19:56 255

原创对肺结核的进一步剖析

这篇文章讨论了结核分枝杆菌(Mtb)感染引起的肺结核(TB)对全球健康构成长期挑战的问题，强调了宿主巨噬细胞生物学在控制疾病中的关键作用。通过单细胞转录组测序分析不同肺部感染时间点的巨噬细胞亚群，揭示了肺部感染过程中不同巨噬细胞亚群的动态作用。总之，研究发现在Mtb感染中，肺巨噬细胞的发育和内层多样性是其对不同时间点的感染做出反应的关键因素。特别是发现了一部分单核细胞来源的AMs可以转变为促炎状态，以及基于CD38表达的两个TR-AMs亚群，这两个亚群与Mtb感染后的不同细菌表型相关联。

2024-12-07 10:17:59 158

原创一起来了解癌症治疗的新阶段

本研究通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和可转座区可达性染色质测序(scATAC-seq)数据，从单细胞多组学和空间组学的角度揭示了ccRCC中功能异质性的肿瘤细胞。研究结果表明，在ccRCC中存在与代谢、炎症和上皮间质转化(EMT)相关的功能异质性癌细胞的亚型，空间转录组测序提供了这些癌细胞不同亚型的空间信息。研究还揭示了三种亚型功能异质性癌细胞在临床预后价值方面的高度相关性，进一步通过转录因子调控网络和结合位点活性展示了调控ccRCC细胞功能异质性的关键转录因子。

2024-12-07 10:16:43 203

原创能够洞察血细胞的功能和调控机制的平台

目前的scBlood版本收录了来自约400个高质量scATAC-seq样品的共770,907个血细胞和452,247个非血细胞，涵盖30种组织和21种疾病类型。此外，还进行了包括多样本整合分析、细胞聚类和注释、差异染色质可访问性分析、功能富集分析、共可访问性分析、基因活性评分计算和转录因子富集分析在内的全面下游分析。scBlood提供了一个用户友好的界面，方便用户搜索、浏览、分析、可视化和下载感兴趣的scATAC-seq数据。该平台有助于洞察血细胞的功能和调控机制，以及它们在血液相关疾病中的参与。

2024-12-07 10:15:19 220

原创物信息学研究的新方法

这篇文章介绍了一种快速聚类和细胞类型注释的方法，使用预训练的嵌入模型处理scATAC数据。scEmbed是一个无监督的机器学习框架，可以学习基因组调节区域的低维嵌入，以表示和分析scATAC-seq数据。该方法还可以构建快速准确的细胞类型注释系统，无需其他数据模态。投影方法允许将新数据投影到原始数据集的潜在空间中，建立预训练嵌入模型而无需训练新模型。这种方法对于采用scA T AC-seq数据进行维度约简和细胞类型注释具有重要意义，为生物信息学研究带来了新的思路和工具。

2024-12-07 10:14:17 124

原创它能帮助更好的预防疾病？

我们从这些细胞中观察到了17种不同的细胞类型，包括从胚胎和胚外层发展的细胞类型，类似于人类胎儿组织中的对应细胞类型。本研究通过 scATAC-seq 生成了一个包含66,384 个细胞剖面的数据集，涵盖了从人类早期和成熟 PSCs 获得的五个畸胎瘤，其中三个来源于早期 PSCs，其余两个来源于成熟 PSCs。我们的数据为分析多线分化中胚胎细胞命运规格的顺式调控逻辑提供了有价值的资源，增进了我们对正常人类胚胎发育的理解，并为疾病预防和产生治疗用功能细胞提供了有用的见解。

2024-12-07 10:13:07 257

原创进一步探究乳腺癌调控逻辑

这篇文章介绍了通过单细胞表观基因组和转录组分析，定义乳腺癌的调控逻辑。研究利用单细胞定量表观基因组测序和转录组测序技术，在乳腺肿瘤和健康乳腺组织中进行了匹配的染色质可及性和基因表达分析。研究发现在癌细胞中某些调控元件从基因的抑制者转变为促进基因表达的增强子，进而上调临床相关的致癌基因。研究还生成了乳腺癌细胞系的匹配单细胞表观基因组和转录组数据，揭示了每个亚型之间在体内和体外存在一致的致癌基因表达程序。总体而言，本研究突出了潜在的调控机制和单细胞组学技术对单细胞分辨率下定义乳腺癌细胞调控逻辑的重要性。

2024-12-07 10:11:23 230

原创带你了解小老鼠大脑的发育

其次，他们整合了scATAC-seq和scRNA-seq数据，形成了细胞类型（二叠脑和间脑以及前脑后脑）的转录组和染色质可访问性景观的统一资源。研究表明，基于染色质可访问性和转录组的细胞聚类与分析神经元谱系之间存在高度一致性，表明基因组和转录组特征都可用于定义细胞类型。最后，研究发现，在小鼠GABA能神经元中，基因组的可访问性在Gad1/2和Slc32a1序列上下游变化较大，这暗示常见基因受到几种替代TF-增强子相互作用的调控。

2024-12-06 17:28:37 226

原创单细胞RNA/DNA测序的发展

调查了肿瘤微环境并恢复细胞系谱的信息使得检测自然存在的体细胞突变成为可能，这些突变可以作为不同克隆体和谱系的天然细胞条形码，如单核苷酸变异（SNVs）和拷贝数变异（CNVs）。虽然已经开发了一些技术来解决这个问题，获得高覆盖率的线粒体基因组测序数据，包括MAESTER和mtscATAC-seq，但是基于突变的谱系追踪仍然具有挑战性。为了克服这些限制，开发了一个名为"MitoTracer"的新软件，这是一个完整且自动的计算方法，用于从scRNA或scATAC-seq样本中识别信息性线粒体突变。

2024-12-06 17:27:27 216

原创生物信息学工具：SCALA

SCALA通过处理与TNF驱动的关节炎小鼠相关的两个用例展示了其功能，同时处理了scRNA-seq和scATAC-seq数据集。SCALA通过Seurat和ArchR等软件包，为scRNA-seq和scATAC-seq数据的基本分析提供支持，以及提供功能富集分析、细胞轨迹推断、配体-受体分析和调节网络重建等附加分析选项。通过SCALA，研究人员可以深入探索scRNA-seq和scATAC-seq数据，揭示细胞群和状态的生物学特征，并生成高分辨率的可视化结果，有望成为实验人员分析和传达生物发现的首选工具。

2024-12-06 17:24:52 541

原创生信与单细胞

单细胞转座酶可及染色质测序技术（scATAC-seq）解决了细胞间表观遗传状态的异质性，但通常无法捕获外显子突变，这限制了我们对体细胞突变如何改变染色质景观的了解。该协议首先描述了基因分型引物的优化步骤，然后详细介绍了如何从同一单个细胞中准备高内容的scATAC-seq和单细胞基因分型文库，完全自动化在高吞吐液处理平台上进行。通过这种基于板的方法，可以在单个细胞中进行基因型定位和scATAC-seq测序，有助于揭示恶性和癌前组织中遗传和表观遗传演化的联系。

2024-12-06 17:22:53 141

原创生信研究：COVID-19

此外，通过单细胞RNA和ATAC-seq分析，研究揭示了COVID-19后单核细胞和造血干细胞中的持久表观和转录变化，表明免疫反应发生了改变。研究结果强调在急性病毒感染期间，炎性细胞因子信号传导（如IL-6）可能导致HSPC和后代天然免疫细胞产生持久性表观变化，可能影响人类的多种感染后现象，包括组织修复、免疫保护、慢性炎症和长期后遗症。总之，严重COVID-19可重新调节造血过程并在造血干和祖细胞及其粒细胞后代中建立长达一年的表观记忆，这些持久的变化可能影响感染后的免疫反应和平衡。

2024-12-06 17:18:46 189

原创单细胞组学数据的解释如何民主化

为便于单细胞多组学分析和提高可重复性，研究人员提出了SPEEDI（Single-cell Pipeline for End to End Data Integration）——一个全自动化的端到端框架，用于批量推理、数据整合和细胞类型标记。SPEEDI引入了数据驱动的批量推理，将来自不同样本的通常异质的数据矩阵转换为统一注释和集成的数据集。通过开发数据驱动的批量推理、提供完整的端到端自动化，并消除参数选择，SPEEDI提高了可重复性，降低了从这些宝贵的单细胞数据集获得生物洞察力的门槛。

2024-12-06 17:16:17 285

原创未来进行染色质的参考文献

这篇文章介绍了利用ATAC-seq技术对小鼠组织中的CD4+T细胞进行特征化的过程。本文描述了从小鼠组织中分离CD4+T细胞到完整的生物信息学分析流程的整个价值链。涵盖了分离scATAC-seq准备的CD4+T细胞的方法，如腹部脂肪组织、皮肤、结肠以及脾脏等的处理，描述了核的准备和文库制备过程中的质控参数。总的来说，这项工作可以作为生成并分析T细胞染色质可及性景观的一站式服务。该研究对单细胞染色质可及性测序技术在鼠CD4+T细胞特征化中的应用进行了全面介绍，为未来进行染色质可及性分析提供了重要参考和指导。

2024-12-06 17:14:33 130

空空如也

空空如也