生信与单细胞

这篇文章介绍了一种用于单细胞高灵敏度基因分型和染色质可及性分析的协议。单细胞转座酶可及染色质测序技术（scATAC-seq）解决了细胞间表观遗传状态的异质性，但通常无法捕获外显子突变，这限制了我们对体细胞突变如何改变染色质景观的了解。该协议首先描述了基因分型引物的优化步骤，然后详细介绍了如何从同一单个细胞中准备高内容的scATAC-seq和单细胞基因分型文库，完全自动化在高吞吐液处理平台上进行。通过这种基于板的方法，可以在单个细胞中进行基因型定位和scATAC-seq测序，有助于揭示恶性和癌前组织中遗传和表观遗传演化的联系。这项研究提供了关于条形码、自动化和液处理在高通量应用中的指导。该协议详细介绍了实验操作及注意事项，并指出任何实验方案都必须遵守当地机构的实验室安全和伦理指南。