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本文详细介绍了如何使用biomaRt包访问Ensembl数据库，包括选择数据库和数据集、构建查询、使用过滤器和属性，以及查询示例，如获取基因的HUGO符号、染色体位置、GO注释等。此外，还涵盖了Ensembl的镜像站点、存档版本和Ensembl Genomes的使用。
Accessing Ensembl annotation with biomaRt
- 引言
- 选择 Ensembl BioMart 数据库和数据集
- 如何构建 biomaRt 查询
- 结果缓存
- biomaRt 辅助函数
- biomaRt 查询示例
-
- 6.1 用 HUGO 符号和相应基因的染色体位置注释一组 Affymetrix 标识符
- 6.2 使用 GO annotation注释一组 EntrezGene 标识符
- 6.3 检索位于染色体 17,20 或 Y 上并与特定 GO 术语相关联的基因的所有 HUGO 基因符号
- 6.4 使用 INTERPRO 蛋白质域标识符注释标识符集
- 6.5 选择 hgu133plus2 芯片上的所有 Affymetrix 标识符和位于 16 号染色体上碱基对 1100000 和 1250000 之间的基因的 Ensembl 基因标识符。
- 6.6 检索具有“MAP 激酶活性”GO 术语的基因的所有 EntrezGene 标识符和 HUGO 基因符号。
- 6.7 给定一组 EntrezGene 标识符，检索 100bp 上游启动子序列
- 6.8 检索位于 3 号染色体 185,514,033 和 185,535,839 之间的所有基因的所有 5' UTR 序列
- 6.9 检索给定 EntrezGene 标识符列表的蛋白质序列
- 6.10 检索位于人类 8 号染色体上位置 148350 和 148420 之间的已知 SNP
- 6.11 给定人类基因 TP53，检索该基因的人类染色体位置，并检索其在小鼠中的同源基因的染色体位置和 RefSeq id。
- 连接故障诊断troubleshooting
- Session Info
Mike L. Smith, Steffen Durinck, Wolfgang Huber
12 August 2021
Package: biomaRt 2.49.4
引言
迄今为止, 访问 Ensembl 中可用数据最常使用 biomaRt 包。 考虑到这一点，biomaRt 提供了许多专门为 Ensembl 提供的 BioMart 实例而定制的功能。 本文详细介绍了此 Ensembl 特定功能，并提供了许多示例用例，可用作指定您自己的查询的基础。
选择 Ensembl BioMart 数据库和数据集
每次使用 biomaRt 进行分析都从选择要使用的 BioMart 数据库开始。 下面的命令会将我们连接到 Ensembl 最新版本的 Human Genes BioMart。
> library(biomaRt)
> ensembl <- useEnsembl
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