scanpy小技巧：利用Scanpy绘制violin图时遇到图像扁平的情况怎么处理

在利用scanpy进行单细胞测序数据分析时常常需要绘制violin图可视化一些我们需要的信息，比如

一些计算的质量度量的小提琴图：

• 计数矩阵中表达的基因数量

• 每个细胞的总计数

• 线粒体基因计数的百分比

sc.pl.violin(adata, ['n_genes_by_counts', 'total_counts', 'pct_counts_mt'],
jitter=0.4,multi_panel=True)

这是时常因为样本不同的问题，导致我们的图也许出现扁平状 ，比如这样：

可以看到，total_counts和pct_counts_mt图显示不是很好。

那么怎么解决这一问题呢？很简单，改变Y轴取值范围就好了。那接下来我们引入一个绘图函数：

import scanpy as sc
import matplotlib.pyplot as plt

# 这里我们就要分开绘图了，因为三个图的Y轴取值都不一样，根据需要去调整各自的Y轴
sc.pl.violin(adata, ['total_counts'], jitter=0.4, multi_panel=True, show=False)