SimpleITK使用——6. DICOM-RT格式转换为nii.gz格式

本文介绍了如何利用MIScnn库将DICOM-RT格式的数据转换成nii.gz格式。首先,讲述了安装MIScnn库的步骤,然后提供了代码示例,展示从DICOM-RT到nii.gz的转换过程,并展示了转换前后的图像效果。此外,还提到了3D Slicer作为另一种转换选项,并推荐了相关的GitHub资源。

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其实Github上有很多这样的库和脚本,但是都大同小异,掌握关键那部分代码就可以。

  • 要明确一点,SimpleITK不支持对DICOM-RT struct格式
  • 大部分脚本都是用pydicom读取,然后再用numpy等进行切片等操作。

1. 使用MIScnn库来完成转换

1.1 安装相应库

sudo pip install miscnn # linux
pip install miscnn --user # Windows

1.2 代码demo

from miscnn.data_loading
### 如何在 PlotJuggler 中查看结构体数据 PlotJuggler 是一款用于可视化时间序列数据的强大工具,它能够处理多种数据源并提供灵活的数据展示方式。然而,在其默认功能中并不直接支持显示复杂的结构体数据(struct)。如果需要在 PlotJuggler 中查看结构体数据,则需通过以下方法实现: #### 数据预处理 为了使 PlotJuggler 能够解析和显示结构体数据,通常需要先将复杂的数据结构分解为简单的字段形式,并将其保存到 PlotJuggler 支持的文件格式中,例如 CSV 或 JSON 文件。 - **CSV 格式**: 将结构体中的每个成员变量作为一列写入 CSV 文件[^1]。 - **JSON 格式**: 使用键值对表示结构体成员,并确保每条记录的时间戳清晰可辨识[^2]。 #### 导入至 PlotJuggler 完成上述预处理之后,可以通过 PlotJuggler 的导入功能加载这些文件: 1. 打开 PlotJuggler 并创建一个新的项目。 2. 在 “Add Source” 对话框中选择对应的文件类型 (如 `CSV` 或者 `JSON`)。 3. 配置好分隔符及其他选项后确认加载。 对于某些特定类型的结构化信息比如医学影像领域内的 DICOM RT Structs, 可能还需要借助第三方软件先行换成通用三维图像格式像 NIfTI (.nii/.nii.gz),然后再考虑进一步加工以便于最终能在 PlotJugger 上呈现出来 [^3]. 需要注意的是,尽管 PyRadiomics 不直接接受原始 DICOM-RT 结构输入,但利用诸如 SlicerRT 这样的插件可以帮助我们顺利完成必要的格式变过程;不过此路径主要适用于医疗数据分析场景而非一般意义上的程序开发环境下的基本需求满足情况之下讨论如何让 PlotJuggler 展现 struct 类型资料之情形下较为少见适用状况发生几率较低因此重点还是放在前面提到的标准做法上即做好前期准备工作再引入目标平台当中去操作执行即可达成目的. ```python import csv # Example of writing a Python dictionary representing a structure into a CSV file. data_to_write = [ {"time": 0, "value_a": 10, "value_b": 20}, {"time": 1, "value_a": 15, "value_b": 25} ] with open('output.csv', mode='w') as file: writer = csv.DictWriter(file, fieldnames=["time", "value_a", "value_b"]) writer.writeheader() writer.writerows(data_to_write) ``` 以上代码片段展示了怎样把含有多个属性的对象化为适合被 PlotJuggler 解读的形式存储起来的过程实例演示说明部分。
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