DJJ:生成拓扑文件过程中报错:半胱氨酸HXL没被定义,就直接把最后一行半胱氨酸的HXL行删掉
一、合并两个蛋白质结构的.gro文件并确保盒子尺寸合适
(我这种研究聚集的体系不适合直接手动合并gro文件,手动合并gro的教程见
gro文件和top文件介绍,以及如何合并两个gro文件或两个top文件-CSDN博客)
生成gro文件的同时生成拓扑文件
# 蛋白质A
gmx pdb2gmx -f proteinA.pdb -o proteinA.gro -water spce -ff amber99sb-ildn -p topol_proteinA.top -i posre_proteinA.itp
# 蛋白质B
gmx pdb2gmx -f proteinB.pdb -o proteinB.gro -water spce -ff amber99sb-ildn -p topol_proteinB.top -i posre_proteinB.itp
pdb2gmx
命令并不会直接生成proteinA.itp
文件。这个命令生成了以下文件:
proteinA.gro
- 蛋白质A的坐标文件topol_proteinA.top
- 蛋白质A的完整拓扑文件(包含所有拓扑信息)