分子动力学模拟：揭开分子世界的奥秘

本文转载自-AUTOFF网站

-网站链接：https://autoff.readthedocs.io/en/latest/MD.html#id3

跳转阅读，欢迎馆主【元素魔方科研服务】！https://mp.weixin.qq.com/s/5KhN2HF5_Gw6rMqWDypwhQ

什么是分子动力学模拟？ 

分子动力学模拟就像是在计算机中创建了一个虚拟的世界，在这个世界里，原子和分子按照物理定律相互作用。通过给这些粒子设定初始位置和速度，并定义它们之间的相互作用，科学家们可以预测它们在时间中的运动轨迹。这种模拟帮助我们理解从蛋白质如何折叠到材料在不同条件下如何变化等问题。

 MD模拟的基本原理 

MD模拟的核心是牛顿运动定律。如果我们知道粒子之间的作用力，就可以计算它们的加速度、速度和位置。

在模拟中，我们首先将一个由N个粒子组成的系统抽象为N个相互作用的质点。每个质点都有坐标（通常在笛卡尔坐标系中）、质量、电荷以及成键方式。根据目标温度，我们按照Boltzmann分布随机指定每个质点的初始速度。 

接下来，我们需要定义粒子之间的相互作用，这通常通过一个叫做“力场”的数学模型来实现。力场是一组函数，描述了粒子之间如何吸引或排斥。例如，键合的原子之间可能有强烈的吸引力，而非键合的原子之间可能存在较弱的范德华力。

一旦定义了相互作用，我们就可以使用数值积分方法逐步求解牛顿运动方程。每个时间步通常非常短，约为1飞秒（10^-15秒）。通过重复这个过程，我们可以得到粒子的运动轨迹，称为“轨迹”。这些轨迹可以用来分析系统的结构、能量、热力学、动力学等性质。

统计力学与系综

为了从这些轨迹中提取有意义的宏观性质，MD模拟借助了统计力学的概念。统计力学研究微观粒子的运动如何导致宏观性质，如温度、压力和能量。在MD模拟中，我们通常使用不同的“系综”来定义模拟的条件。常见的系综包括：

• NVE系综：粒子数（N）、体积（V）和总能量（E）保持不变，模拟一个与外界没有能量或粒子交换的孤立系统。

• NVT系综：粒子数、体积和温度（T）固定，通过与“热浴”交换能量来保持温度恒定。常用的控温算法包括Nosé-Hoover、Berendsen、Andersen和Langevin等。

• NPT系综：粒子数、压力（P）和温度固定，但体积可以变化，适合模拟恒压下的化学反应。

• µVT系综：模拟开放系统，与热浴交换能量并与环境交换物质，粒子数和能量不守恒。

• NPH系综：粒子数、压力和焓值（H）保持不变，但由于控制难度较大，这种系综在实际模拟中较少使用。

这些系综帮助我们模拟不同的真实场景，并从中提取系统的热力学性质。

分子内和分子间相互作用

在MD模拟中，粒子之间的相互作用分为两类：

分子内相互作用：同一分子中的原子通过共价键（如共用电子对）相互作用，影响系统的化学性质。这些包括：

分子间相互作用：不同分子或非键合部分之间的作用，包括范德华力和静电力。

MD模拟的应用

MD模拟在多个领域都有广泛应用：

• 化学：研究反应机制、溶剂化和分子识别。例如，模拟药物分子如何与目标蛋白结合。

• 物理：理解相变、材料性质和流体动力学。例如，研究液体在不同温度下的行为。

• 材料科学：设计新材料，如高强度合金或高导电性聚合物。

• 生物学：研究蛋白质折叠、酶功能和药物相互作用。例如，模拟抗癌药物如何与癌细胞蛋白结合。

免责声明：本文内容基于公开网络资源整合和二次创作，文章部分可能来源于公开论文、教材、技术报告等，版权归原作者所有。如有侵权，请联系删除。