生信分析进阶11 - 使用IMPUTE2进行预定相和基因型填充

1. IMPUTE2进行基因型填充

软件安装参考：生信软件38 - 基因型填充软件IMPUTE2

使用IMPUTE2与参考面板的最佳方法是向程序提供所有可用的单倍型，并让它选择使用哪些单倍型。

IMPUTE2不使用群体标签或个体之间相关性的其他全基因组数据，无论是对于参考单倍型还是被填充的个体基因型；相反，它寻找与特定研究个体的单倍型共享高序列同一性的参考单倍型。这些单倍型构成了一个“定制”参考组，可用于估算目标个体中缺失的基因型。

这个过程在很大程度上对参考组的祖先组成不敏感：只要参考组包含与研究中的个体共享最近共同祖先片段的单倍型，IMPUTE 2就可以找到共享片段并使用它们来估算缺失的等位基因。因此，参考组不需要限于与研究个体的祖先“匹配”的单倍型-它还可以包括其他类型的单倍型。

2. 最常见的基因型填充方法: 使用一个定相参考组进行插补（预定相）

使用一组参考单倍型来插补研究中未分型的SNP，该方法通过预定相(pre-phasing)，即通过将其分为两个步骤来加速插补过程：