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转载 使用蚁群算法加邻域搜索算法解决带有起点和终点的TSP问题（python）
经典的TSP问题，是通过随机初始化蚂蚁的起始地点，然后设置每个城市都可以访问，访问完所有的城市那么结束循环，来形成回路的。带有起始点的TSP问题就是，初始化时蚂蚁的初始点只能是起点，并且如果没访问的城市还有两个或者以上那么就设置终点不可访问（当访问的城市只剩最后一个时候打开即可，我的程序中是设置open_table的布尔值）。所以带有起点和终点的TSP问题相对于经典的TSP问题使用蚁群算法进行求解的时候只用改两行代码即可，非常的简单。这个蚁群算法是使用op2优化（邻域搜索优化）的蚁群，基本上100个城
2021-06-06 10:46:48
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原创 hicFindTADs生成的domains.bed文件解析
此示例表示染色体1上有两个TAD，分别位于5,000,000-6,000,000和8,000,000-9,500,000区间，得分分别为750和680。说明：例如chromStart=5000000, chromEnd=6000000表示TAD覆盖5,000,000至5,999,999的碱基。描述：TAD的结束坐标（1-based），实际覆盖的碱基范围为[chromStart, chromEnd)描述：TAD的起始坐标（0-based），即染色体上第一个碱基的位置为0。strand（链方向，通常为空）
2025-05-22 22:07:40
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原创 Bitacora：基因组组件中基因家族识别和注释的综合工具
bitacora-v1.4.2目录下runBITACORA.sh中有HOW TO RUN五个部分。# 添加HMMER和BLAST程序、BITACORA脚本（Scripts）、GeMoMa路径# NAME 设置待分析物种的名称# GENOME 待分析物种的基因组数据，.fasta文件# GFFFILE 待分析物种的基因组的GFF3或GTF文件。如果是来自NCBI的GFF文件，则需要使用“reformat_ncbi_gff.pl”脚本进行转换(位于/Scripts/Tools目录下)
2025-05-10 17:53:35
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原创 a small note for 3d chromsome analysis
AB的鉴定：细菌使用10，20kb而大的动植物基因组使用100kb左右。1，采用hicTADfinds进行，得到domain文件。2，绘制整个染色体的互作热图。3，结合基因的特征进行PCA。2，hicplot绘图。
2025-04-17 15:21:12
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原创 shell脚本-----把gff3文件中第一列里带有SgChr的行提取出来
【代码】shell脚本-----把gff3文件中第一列里带有SgChr的行提取出来。
2025-04-17 12:33:41
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原创 plot Orthogroups.GeneCount venn and stat.R_V2
【代码】plot Orthogroups.GeneCount venn and stat.R_V2。
2025-04-10 17:57:35
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原创 plot Orthogroups.GeneCount venn and stat.R
【代码】plot Orthogroups.GeneCount venn and stat.R。
2025-04-10 17:52:16
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原创 一个毛坯版本的从orthofinder结果文件中输出upset图的R代码
【代码】一个毛坯版本的从orthofinder结果文件中输出upset图的R代码。
2025-04-08 20:14:18
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3原创 KaKs_Calculator.py
如果未全局安装，可将 KaKs_Calculator 替换为完整路径（如 “/path/to/KaKs_Calculator”）。输入文件：需要将每对基因的比对序列保存为 .axt 格式文件，并放置在 axt_files 文件夹中。Ks=0 或 Ka/Ks=NaN：可能由于序列高度相似或非同义突变位点过少导致，建议检查数据质量。确保已安装 KaKs_Calculator 2.0 并将可执行文件路径加入系统环境变量。运行报错：检查输入文件格式是否正确，或尝试重新安装 KaKs_Calculator。
2025-02-25 16:37:37
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原创 eggnogmapper数据库的本地部署
相对应得路径，本次使用35个线程来进行注释还是相当快的，此外该程序对内存得占用不是很高。目前版本已经更新到5.0.2下载后解压缩即可。注意需要写对软件的路径及。
2025-02-25 15:21:14
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原创 编写了一个利用kmer特征提取，利用SVM进行机器学习筛选目标序列的小代码
##利用物种的ori序列，你利用kmer特征提取的方法进行特征提取，然后采用###svm的方法进行机器学习，最后筛选给到的序列中的可能ori序列，利用###python编写。
2025-02-16 23:39:00
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原创 tensorflow手写自动识别数字（0-9）
用python的tensorflow包写了个手写自动识别的py脚本。还有点缺陷就是不能ui界面不能根据画面的放大缩小自动适应。
2024-10-10 19:42:37
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原创 LTRharvest使用教程（中文首发）
LTRharvest是一个检测和提取长末端重复序列（LTR，Long Terminal Repeat）逆转录病毒的工具，通常用于基因组序列分析，特别是在植物和动物基因组中鉴定LTR逆转录转座子。它是基于软件包的一个模块。以下是使用LTRharvest。
2024-09-06 17:38:58
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【生物信息学】Hi-C互作分析全流程详解：从质控到TAD与Loop结构鉴定Hi-C数据处理
2025-05-28
空空如也
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