manhatnn_R.R

# 安装并加载CMplot包（若未安装）
#if (!require("CMplot")) {
#  install.packages("CMplot")}
library(CMplot)

#data(pig60K)   # 加载内置示例数据集
#head(pig60K)  # 查看数据结构：需包含SNP、Chromosome、Position、P值列
data <- read.csv("pig60K.csv")
#view(data)

#data("pig60K")

# 绘制基础曼哈顿图
CMplot(
  data,
  #pig60K,
  plot.type = "m",          # 指定绘图类型为曼哈顿图
  col = c("grey", "skyblue"),  # 交替染色体颜色
  LOG10 = FALSE,             # 对P值取-log10转换
  threshold = c(2, 5, -2, -5),# 显著性阈值线（示例值，需根据实际数据调整）
  threshold.col = c("red", "blue", "red", "blue"),  # 阈值线颜色
  threshold.lty = c(1, 2),  # 线型（1=实线，2=虚线）
  amplify = FALSE,           # 放大显著点
  #signal.col = "orange",    # 显著点颜色
  file.output = TRUE,       # 输出图片文件
  file = "jpg",            # 输出格式（可选jpg/pdf/tiff）
  dpi = 600,               # 分辨率
  width = 26,              # 图片宽度
  height = 6               # 图片高度
)