shell脚本-----把gff3文件中第一列里带有SgChr的行提取出来

#!/usr/bin/env bash

# 用法说明
if [ $# -lt 1 ]; then
    echo "用法: $0 <input.gff3> [output.gff3]"
    exit 1
fi

infile="$1"
# 如果指定了第二个参数就用作输出文件名，否则默认写到 SgChr_lines.gff3
if [ $# -ge 2 ]; then
    outfile="$2"
else
    outfile="SgChr_lines.gff3"
fi

# 如果是 gzip 压缩文件，使用 zcat；否则用 cat
if [[ "$infile" == *.gz ]]; then
    reader="zcat"
else
    reader="cat"
fi

# 提取第一列中包含 SgChr 的行
# 跳过以 # 开头的注释行（可选）
$reader "$infile" \
    | awk -F $'\t' '$1 ~ /SgChr/ && $0 !~ /^#/ { print }' \
    > "$outfile"

echo "提取完成，结果已写入：$outfile"