使用等几何分析模拟神经元细胞中物质传输代码运行结果

运行结果

这里使用较为简单的单分叉结构作为模拟对象。

1. 由骨架生成六面体网格

由骨架信息(.swc文件)扫掠生成六面体网格(.vtk文件)，其中骨架的分叉部分不能有自交。

配置参数为：

n_noisesmooth 150 （对噪声进行平滑的迭代次数）
ratio_bifur_node 0.3 （分叉节点平滑率，取值0~1）
ratio_noisesmooth 0.01 （噪声平滑比率，取值0~1）
seg_length 0.2 （Bezier平滑分段长度，该值主要取决于神经元大小）
ratio_refine 0.25 （分叉区域的细分率，取值0~1）

生成的六面体网格如下：

2. 构建截断分层三次B样条

完成构建截断分层三次B样条(THB-Spline3D)和为接下来IGA操作提取Bezier信息的工作。

输出

1. Bezier点信息
2. Bezier提取矩阵$\mathbf{C}$
3. 六面体单元的Bezier连通性(Bezier网格信息)，用于接下来的网格划分

3. 进行网格划分

对步骤1中的控制网格进行网格划分。

得到两个网格划分文件。

4. 求解NS方程导出速度场

用于求解纳维-斯托克斯方程（NS方程）以求解物质运输的速度场。

程序运行完毕输出两个速度场网格文件。

• 控制网格的速度场
  

  从各个点处的速度大小可以看出，在该模型下神经介质的运输会偏向于朝着分叉稍短的方向流动。
  
  各个点的速度场大小
  
  以及各点处的压力

• 物理域中的速度场

  在物理域上，也可以得到同样的结论
  
  从各个点处的速度大小可以看出，在该模型下神经介质的运输会偏向于朝着分叉稍短的方向流动。
  
  各个点速度场大小
  
  物理域中各个点压力大小

5. 传输模拟

进行物质传输模拟，迭代次数设置为15（即经过15个时间单位的传输模拟后，物质的分布状态）

其中，模拟参数设置为：

• $D=1.0$