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RSS订阅原创 Ribo测序翻译效率计算及可视化
本文介绍了一个计算翻译效率（TE）和分析转录-翻译相关性的生物信息学流程。首先通过Python脚本从标准化表达量矩阵（TPM/FPKM）计算TE值，该脚本自动匹配转录组（RNA）和翻译组（Ribo）样本进行比值运算。然后使用R语言进行相关性分析，通过ggplot2绘制样本间转录-翻译表达量的散点图，添加线性回归线和相关系数标注，支持PNG/PDF格式输出。整个流程实现了从原始数据处理到可视化分析的全过程。
2025-07-22 11:40:16
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原创 趋势聚类分析-Kmeans
本文介绍了使用R语言进行Kmeans聚类分析的完整流程。首先通过ClusterGVis等包处理蛋白表达数据，包括数据读取、分组信息整合和组均值计算。关键步骤包括：1) 使用getClusters函数确定最佳聚类数；2) 进行kmeans聚类并保存结果；3) 绘制聚类热图和折线图展示不同簇的表达模式。文章特别指出输入数据必须为data.frame或matrix格式，否则会报错。代码示例详细展示了从数据预处理到可视化分析的全过程，适用于基因或蛋白表达矩阵的聚类分析。
2025-07-21 15:41:55
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原创 GEO数据下载到差异处理笔记
根据网上介绍利用affy包进行处理，但是本次下载数据不适应于affy处理（报错如下），因此更换oligo软件包进行处理。应该有代码下载方式，为了方便省时间，直接从网页下载然后读取文件，接下来在R中处理。首先根据提供GSE号进入相应网页，然后点击下载注释文件信息。得到如下表达矩阵，可以进行后续的可视化以及差异分析。找到自己要下载的GEO号，比如GSE56427。得到.CEL结尾文件。
2024-11-28 16:45:35
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原创 UPGM聚类绘图
本人虽在生信行业浑水摸鱼了几年，但是依旧处于中下等技术水平，为了避免自己一直处于下游状态，遇到问题抓紧记录一哈子！今日在绘制upgm图出现问题，出现图这样的问题。X轴标签和标题sample嵌套，糊在一起了。：表示文本距离 x 轴的行数，可以调整这个值来改变标题的位置。
2024-09-25 23:30:00
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原创 kraken2注释+braken格式转换
由于最近遇到一个宏基因项目，第一次分析注释到的物种数目较少，因此更换数据库试试看看！于是kraken上榜，OK，let's try 一下子！前提是已经安装了kraken和braken，运行命令比较简单。
2024-06-15 10:45:00
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原创 Linux中安装clusterprofiler失败
在Linux中通过R安装clusterprofiler失败，报各种抓马错误，错误类型忘记截图了。于是换一种安装方式，通过conda安装。
2024-05-25 12:30:00
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原创 ReactomePA数据库下载及后续格式处理
由于硬件能力有限，只能借助多个脚本实现（主打一个那个方便上手用哪个），总之自用能解决问题，及时记录一下，可能后面还能用的到的。（4）根据以上两个输出文件的共同列，生成最终文件（pathway_TERM2SYMBOL.txt）文件2：pathway_TERM2SYMBOL.txt。pathway_TERM2SYMBOL.txt格式如下。文件1：pathway_TERM2NAME.txt。（1）通过shell简单处理。（2）通过python处理。第二步：进行结果格式处理。（3）进行ID格式转换，
2024-05-16 16:43:32
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空空如也
空空如也
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