服务器从零部署环境进行测序

linux基础使用

Linux的基本命令

安装conda环境

Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于构建、分享和管理软件环境。它最初是为Python开发的，但现在已经扩展到其他编程语言和工具。
Conda的核心功能是创建和管理虚拟环境。虚拟环境是一个独立的、隔离的环境，其中包含特定版本的软件包和依赖项。这使得不同项目之间的软件包和依赖项可以相互独立地存在，而不会产生冲突。使用虚拟环境可以帮助您在不同的项目之间轻松地切换，并确保每个项目都使用正确的软件版本。
Conda还提供了一个强大的软件包管理系统。它拥有一个广泛的软件包仓库，您可以从中选择和安装各种开源软件包。Conda可以自动解决依赖项，确保您安装的软件包与其所需的依赖项兼容。此外，Conda还可以管理软件包的更新、升级和删除。
除了软件包管理和环境管理外，Conda还提供了其他一些有用的功能，例如创建交叉平台的可执行文件、共享环境和软件包、创建可重复的分析工作流等。
Conda有两个主要的分发版本：Anaconda和Miniconda。Anaconda是一个完整的数据科学平台，包含了大量的数据科学工具和库。而Miniconda则是一个精简的版本，只包含Conda和一些基本的依赖项，可以根据需要进行定制安装。

打开终端 -> 下载软件包 -> 安装，指定安装位置 -> 配置镜像

1. 切换到工作目录下(打开终端）
2. 使用下面的命令（下载安装包）

• 在当前文件夹下创建software文件夹用于存储下载的软件。
• 国内镜像参考，选取适合的国内镜像选取需要下载的软件包，并进入archive文件夹下选取适合的版本复制链接，在服务器上使用wget命令下载

mkdir ./software && cd ./software/
wget -c https://mirrors.aliyun.com/anaconda/archive/Anaconda3-2023.07-1-Linux-x86_64.sh

3. 安装，指定安装位置

• 使用bash命令安装下载好的conda软件包

 bash Anaconda3-2023.07-1-Linux-x86_64.sh

一路回车，yes下去吧。如果想把conda安装到指定目录，当系统问你想把conda安装到哪个时，直接输入路径即可。

• 测试一下conda是否安装好，激活conda，调出conda 帮助信息

source ~/.bashrc
conda --help

• 配置镜像
  因为在国内，从conda默认的软件源下载速度非常慢。所以需要国内的镜像软件资源加到conda的配置中。一般就用清华的镜像（其实就是把链接地址写到某个指定的文本中的过程）。

conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes     #设置搜索时显示通道地址

• 选取适合的Python版本来新建conda环境
• conda命令大全

conda create --name myenv python=3.6  //创建虚拟环境
conda activate myenv   //激活虚拟环境
conda deactivate  //退出虚拟环境

安装数据处理所需的分析软件

数据解压

• SRAtoolkit工具下载
  SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一组工具，用于处理和分析SRA（Sequence Read Archive）数据。SRA Toolkit提供了一系列命令行工具，可以从NCBI的SRA数据库中下载、转换、处理和分析高通量测序数据。

conda install -c bioconda sra-tools

数据质控

• FastQC下载
  FastQC是一款基于Java的软件，一般都是在linux环境下使用命令行运行，它可以快速多线程地对测序数据进行质量评估。

conda install fastqc