安装 AFQ以及babyAFQ，24小时趟坑记录（SLURM集群部署坑已填-2023-5-9）

AFQ和babyAFQ是大脑白质神经纤维束分割和分析软件，分别面向成人和婴幼儿群体，它能够取得更高的分析精度。软件的作者是Yeatman，目前在斯坦福大学的Brain Development & Education Lab。为了比较可靠地分析大脑白质的发育，病变过程，AFQ和babyAFQ已经被成功应用到了一系列的工作中，例如阿尔茨海默病的诊断等。不过要部署工具到本地，还费了些周折。

需要一些计算库的重新编译，软件变量的适配等工作，总共花费了24小时。废话不多说，先展示一下demo数据上的六个，神经纤维束的结果图。

要安装和成功安装使用AFQ和babyAFQ，需要提前准备好几个工具（Matlab, FSL, ANTs, FreeSurfer, Mrtrix3,VistaSoft,SPM和它的updated version。不像在AFQ官方GitHub网站中简略的所说那样，那样的描述曾欺骗了我带的硕士，让他以为很容易就安装，但实际上如果没有安装依赖软件，那将是一个巨大的工作量。而这是值得需要说明的，因为会报起奇奇怪怪的问题，特别是基础软件环境还不是那么完备的情况下。

It requires functions from the MATLAB stats toolbox, vistasoft and SPM.

此外，除了上述的Matlab的Statistics and Machine Learning Toolbox还需要安装两个packages，Image Processing Toolbox和Mapping Toolbox。

在准备好了上述软件，环境之后，主要会存在两方面的问题1）Mex，2）在Matlab中调用系统环境软件。

1）Mex编译, libmex.dylib errors

1. 如果直接执行AFQ，会提示调用SPM/VistaSoft/AFQ的*.mexmaci64文件，在苹果系统上需要给它们开使用权限，否则就会报错。
   
   点击取消，然后在“隐私和安全性”中的“安全性”下方，就能看到淡出的允许按钮。点击允许就可以。
   此外，可能还需要进入到有*.mexmaci64的文件夹，在终端用下面的code 就不会弹出错误。参考之前的博文“MacBook matlab 无法打开***.mexmaci64文件”

find . -name "*.mexmaci64" -exec xattr -d com.apple.quarantine {} \;

2. 设置了上面的步骤之后，还会碰到错误'/usr/local/lib/libmex.dylib' (no such file)， MEXFILE error, libmex.dylib not loaded这是因为*.mexmaci64系统不匹配的原因造成的，需要重新编译codes。否则就会报错，如下所示。
   
   需要说明的是，采用mex编译c或者c++代码，需要加上-compatibleArrayDims 选项，否则会报错。

mex -compatibleArrayDims /***/spm12/src/spm_global.c

类似于下图的错误。

3. 这里有个比较特殊的文件，它需要依赖额外被保存在其它文件夹中的库函数，mex函数需要定制一下，否则会提示找不到jama中的库函数。

mex -compatibleArrayDims -O -I/***/vistasoft/mrDiffusion/src/jama /******/vistasoft/mrDiffusion/src/dtiFiberTracker.cxx

2）在Matlab中调用系统环境软件，解决command not found，no license

调通了上面的步骤，系统还是会报错，虽然当时很崩溃，但现在看来也就是两个steps了。
1）在matlab中，会找不到FSL/MRtrix/FreeSurfer的命令，会弹出 zsh: command not found。实际上，这是因为matlab和系统之间的环境变脸并不通用，需要在matlab中重新设置环境变量，如下所示。

setenv('PATH', [getenv('PATH') ':/usr/local/fsl/bin']);

2）比较搞笑的是matlab中添加Freesurfer 的license和官方教程中还有一些不同，不是只把license复制到FREESURFER_HOME中就可以。

在这里纠结了好大一会，因为官方的文档似乎不管用；还好大佬给了提示，通过设置FS_LICENCE变量，然后就没问题，顺利得到神经纤维束的图。

setenv('FS_LICENSE', [getenv('FS_LICENSE') '/Applications/freesurfer/7.2.0/license.txt']);

3) 集群配置

我们的集群基于slurm架构，用的是centos7系统，实际上更容易安装和配置，几乎没有遇到问题，除了vistasoft的一个版本问题。

module load *

setenv('PATH', [getenv('PATH') ':/public/software/apps/fsl/bin']);
****

run('babyAFQ_demo.m')

然后即可。

Happy ：）

感谢上海科技大学黄忠锐和顾金晨两位同学协助。