python：PyMOL 能处理 *.pdb 文件吗？

PyMOL 完全可以打开并处理 PDB（Protein Data Bank）文件，这是 PyMOL 最主要的功能之一。PDB 格式是结构生物学领域的标准文件格式，专门用于存储生物大分子（如蛋白质、核酸）的三维结构数据。

在 PyMOL 中打开 PDB 文件的 3 种方法

1. 图形界面操作（推荐初学者）

• File → Open…
• 选择本地 .pdb 文件
• 文件将作为新对象加载到 PyMOL 中

2. 命令行操作（高效直接）

load /路径/文件名.pdb
# 示例：
#load C:/Users/Desktop/1abc.pdb
load r"D:\Python311\Lib\site-packages\pymol\pymol_path\test\dat\1tii.pdb"

3. 直接从 PDB 数据库在线加载

fetch PDB_ID
# 示例（加载胰岛素结构）：
fetch 1trz

PDB 文件在 PyMOL 中的典型显示效果

PyMOL 会自动解析 PDB 文件中的关键信息并可视化：

处理 PDB 文件的实用技巧

1. 解决加载时的常见问题

# 问题：原子连接缺失
fix_chemistry  # 自动修复键连接

# 问题：结构杂乱
remove solvent  # 删除水分子
remove resn HOH # 同上
remove inorganic # 删除离子

2. 多模型处理（如 NMR 结构）

load multi_model.pdb
split_states object_name  # 将多模型拆分为独立对象

3. 保存修改后的结构

# 保存为PDB格式
save modified.pdb

# 保存为PyMOL会话文件（保留所有设置）
save session.pse

示例工作流：PDB 文件分析

# 1. 加载PDB文件
fetch 1hho  # 血红蛋白

# 2. 简化显示
hide lines
show cartoon
color marine

# 3. 突出显示血红素
select heme, resn HEM  # 选择血红素基团
show sticks, heme
util.cnc heme          # 按原子元素着色

# 4. 显示氧结合位点
select oxygen_binding, resi 58+87
show spheres, oxygen_binding
color red, oxygen_binding

# 5. 测量距离
distance O2_dist, heme/1/O2, resi 58/NE2

为什么 PDB 文件在 PyMOL 中可能显示异常？

1. 文件损坏：重新下载或从官方源获取
2. 非标准PDB格式：

   load_traj file.pdb  # 尝试加载为轨迹
   

3. 缺失氢原子：使用 PyMOL 添加

   h_add  # 添加所有缺失氢原子
   

4. 大文件加载慢：

   set defer_builds_mode, 3  # 延迟构建模式
   

💡 官方 PDB 数据库：https://www.rcsb.org/
包含超过 20 万个生物大分子结构，均可直接用 fetch PDBID 在 PyMOL 中加载

总结：PyMOL 是处理 PDB 文件的专业工具，不仅能完美打开和可视化结构，还提供丰富的分析、编辑和渲染功能，是结构生物学研究的必备软件。