Bluescape的博客

本研究旨在探究玉米叶片BBCH_11、BBCH_13、BBCH_17三个发育阶段中染色质可及性的动态变化及其对全基因组基因表达的影响，通过ATAC-seq（检测染色质可及性）和RNA-seq（分析基因表达）的整合分析，发现三个阶段分别鉴定出46,808、38,242、41,084个可及染色质区域（ACRs），且ACR的数量和强度显著影响基因表达水平；染色质的结构状态会影响基因的表达，那些处于开放状态的染色质区域，更容易与转录因子等蛋白结合，进而启动基因的转录过程。

然后，利用特异性抗体与目标蛋白质结合，经过免疫沉淀步骤，将与目标蛋白结合的DNA-蛋白质复合物富集下来。不同之处在于，ChIP-qPCR后续利用实时荧光定量PCR技术，针对感兴趣的特定DNA区域设计引物，在PCR反应过程中，通过荧光信号的变化实时监测DNA的扩增情况，根据标准曲线计算出目标DNA区域的相对含量，以此反映蛋白质在该位点的结合水平。先在活细胞中固定蛋白质-DNA复合物，超声或酶切染色质成小片段，用特异性抗体富集目的蛋白结合的DNA，构建文库后高通量测序并分析，从而获取全基因组的结合位点信息。

喜报！DAP-seq项目文章发表Plant Journal，本研究借助DAP-seq技术揭示了紫花苜蓿花药发育的调控机制，展示了DAP-seq技术在植物生长发育研究方面的关键作用。

酵母单杂交系统（Yeast one-hybrid, Y1H）是解析细胞内DNA-蛋白质相互作用的经典分子生物学工具。其核心原理基于真核生物转录激活子的结构特征，这类转录激活子通常包含 独立发挥功能的DNA结合结构域（DNA Binding Domain,BD）和转录激活结构域（Transcription Activation Domain, AD）。构建酵母单杂交体系时，将含有特定顺式作用元件的“诱饵”DNA序列整合进酵母基因组，使其与报告基因相连。

喜报！DAP-seq项目文章发表Plant Physiology，本研究借助DAP-seq技术揭示了番茄果实成熟调控新机制，展示了DAP-seq技术在植物生长发育研究方面的关键作用。

喜报！DAP-seq项目文章发表Journal of Advanced Research，本研究借助DAP-seq技术揭示了小麦防御反应的分子机制，展示了DAP-seq技术在作物抗病遗传改良研究方面的独特优势。

DAP-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、ATAC-seq四种技术在表观遗传研究中各展所长，其原理、特点与适用场景各异，我们需要结合具体研究需求和条件，才能做出合适的选择。欢迎感兴趣的同学前来咨询！

SOG1靶基因可分为三组，分别主要受SOG1调控、受SOG1和E2FB拮抗调控、受E2FA和E2FB冗余激活且部分依赖SOG1，表明E2Fs和SOG1对DDR基因存在复杂的调控关系。同时有345个基因上调，其中145个是E2FA或E2FB结合的基因，且这些上调基因中43个是SOG1的靶基因，这进一步证实了。突变对生长影响不明显。综上所述，本研究揭示了一个复杂的转录网络，该网络在植物应对复制应激反应中发挥着关键调控作用，其中E2Fs和SOG1作为核心调节因子，共同维持植物基因组的稳定性和细胞周期的正常运行。

在表观遗传学的研究领域中，蛋白质与 DNA 的相互作用一直是探索基因表达调控奥秘的关键所在。而 CUT&Tag（Cleavage Under Targets & Tagmentation）技术，即靶向切割与转座酶技术，作为一种高效的研究手段，正逐渐成为众多科研人员的得力助手。与ChIP-seq相比，在相同Reads条件下，两者的Peaks一致，并且CUT&Tag的信噪比更高、背景更低。通过研究疾病相关蛋白质与 DNA 相互作用的异常变化，揭示疾病发生发展的分子机制，为疾病诊断和治疗提供新的靶点和思路。

综上所述，PAC1通过招募NuRD复合物重塑效应T细胞的表观遗传程序，抑制T细胞的细胞毒性功能。在炎症条件下，激活的T细胞通过ROS - EGR1信号通路表达高水平的PAC1，导致T细胞耗竭和宿主抗肿瘤免疫减弱。为了评估PAC1在T细胞激活中的作用，在Jurkat T细胞系中过表达不同类型的PAC1以及利用。敲除的小鼠，发现敲除的小鼠体重恢复快、病毒载量低，CD8+T细胞数量和功能更好，抑制性受体表达低。基因敲除小鼠进行实验，结果表明，PAC1以不依赖磷酸酶的方式抑制T细胞的增殖和效应功能。

染色质开放性测序（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing，ATAC-seq），一种用于检测染色质开放性的高通量测序技术，通过Tn5转座酶切割并标记开放的染色质区域，从而揭示基因组中调控元件（如增强子、启动子）的位置和活性。在真核生物中，DNA并不是裸露存在的，而是与组蛋白等结合形成染色质。染色质的结构状态会影响基因的表达，那些处于开放状态的染色质区域，更容易与转录因子等蛋白结合，进而启动基因的转录过程。

基因沙漠是关键的顺式调控区域，编码一系列组织特异性增强子，协调调控Stylopod 形成、颅面模式形成和心脏起搏器依赖的胚胎发育进程。3.研究人员进一步构建了基因沙漠缺失的小鼠模型，通过整体原位杂交（ISH）、qPCR、免疫荧光（IF）、骨骼染色和μCT技术检测基因表达以及肢体骨骼发育的情况。约四分之一的人类基因组由基因沙漠组成，这些区域没有基因，但却常常位于发育基因附近，暗示着它们可能参与基因调控。表达的关键元件，也为解析基因沙漠在心脏发育中的调控机制提供了关键线索，推动了对基因调控网络复杂性的认知。

将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合，通过目的蛋白的特异性抗体，将目的蛋白-DNA复合物沉淀下来，从而获取该目的蛋白结合的DNA。利用该技术不仅可以检测转录因子在全基因组上的结合位点，还可以研究各种组蛋白修饰在全基因组上的分布情况。鉴定肿瘤特异性表观遗传标记（如SETD2突变导致的H3K36me3缺失），发现潜在治疗靶点。追踪胚胎发育过程中组蛋白修饰的动态变化，揭示细胞命运决定的表观遗传机制。探索神经元活动依赖的表观遗传调控，如学习记忆相关基因的染色质重塑。用于研究蛋白质与DNA的相互作用的技术。

干扰SKI表达可使野生型T细胞在无TGFβ时分化为TH17细胞，证明了SKI是TH17分化的负调控因子。体内致病性结果显示，过表达SKI的T细胞在EAE模型中分化为TH17细胞的能力显著受损，而SKI缺陷细胞分化增强，表明SKI-SMAD4 轴在体内调控TH17细胞的致病性分化。本研究通过基因敲除、分子互作、表观遗传及体内外功能实验，系统性阐明了TGFβ-SKI-SMAD4-RORγt通路在TH17细胞分化中的关键机制，为靶向SKI-SMAD4轴治疗TH17相关疾病（如自身免疫病）提供理论依据。

DAP-seq高通量地检测转录因子在基因组上的结合位点，鉴定下游靶基因。蓝景科信拥有100+物种，1000+转录因子的DAP-seq实验经验。

DAP-seq高通量地鉴定转录因子在基因组上的结合位点，预测下游基因。该研究使用DNA亲和纯化测序（DAP-seq）技术鉴定了葡萄中一个MADS-box转录因子的结合基序及其靶基因，揭示了VvMADS28参与葡萄胚珠和种子发育的调控机制，为培育无籽葡萄新品种奠定了理论基础。

100+物种，1000+转录因子的实战经验，高通量鉴定转录因子的下游基因，已助力多篇文章发表知名期刊，例如：Molecular Plant，The Plant Cell，Plant Physiology，Plant Biotechnology Journal，Journal of Integrative Plant Biology等。

2022年7月5日，本公司客户在国际知名学术期刊Theoretical and Applied Genetics发表(IF=5.574)研究成果，本文主要研究内容是鉴定了玉米花青素合成相关等位基因ZmR1CQ01，并揭示了3个ZmR1等位基因的生物学功能和分子调控机制。其中DAP-seq鉴定了ZmR1靶基因，RNA-seq鉴定了差异表达基因(DEGs)。...

技术简介DNA Pull Down是一种新颖的DNA-蛋白互作技术，能够鉴定与特定DNA序列结合的蛋白（转录因子或者DNA结合蛋白）。DNA Pull Down使用生物素标记的DNA探针作为诱饵，与提取的内源细胞核蛋白进行孵育，捕获与DNA探针特异性结合的蛋白（比如转录因子），最终使用蛋白质谱的方法，鉴定出特异性结合的蛋白。蓝景科信服务优势探针长度设计范围广蛋白提取自新鲜组织和细胞，保持天然构象特异性强，假阳性率低适用于真核生物和原核生物实验周期短，高通量，高灵敏度DNA Pull D

DAP-SEQ技术简介DAP-SEQ是基于DNA亲和纯化，通过体外表达转录因子鉴定TFBS的技术，具有不受抗体和物种限制，且高通量的优势，自该技术问世以来，已被广泛应用于转录调控和表观组学的研究。那么关于DAP-SEQ都有哪些问题需要关注呢？1. DAP-seq原理、技术流程，能解决什么样的问题?原理：体外表达的蛋白和DNA进行亲和纯化，将与蛋白结合的DNA洗脱后进行高通量测序。技术流程：将编码转录因子的CDS序列构建到含有亲和标签的载体中，构建蛋白表达载体，进行体外蛋白表达，形成转录因子和亲和标

技术简介凝胶迁移或电泳迁移率实验（EMSA,Electrophoretic Mobility Shift Assay）是研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用的技术，可用于定性和定量分析。可用于DAP-seq后续验证实验。