coolsen133的专栏

一个画venn图的好工具；https://intervene.readthedocs.io/en/latest/如果你有多个bed文件，想看overlap的venn图，这个工具可以很方便的使用；注意指定参数的过程中bedtools options f 与F的差别,以及是否要使用更严格的参数 r....

一个 很好的投稿参考，生信杂志信息网页http://bioinfolab.miamioh.edu/bioinfolab/journals.php

iDEP 是一个比较好用的在线RNAseq分析工具，上传raw counts 文件可以输出heatmap, pca等，还可以做target 预测,功能强大http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12859-018-2486-6...

https://angus.readthedocs.io/en/2016/pop_gen_tutorial.html

conda removeremoves a package from an environment. To remove the environment you need to useconda env remove -n test_env

主要参考如下网址：http://www.cookbook-r.com/Graphs/Facets_(ggplot2)/library(ggplot2)p <- ggplot(mtcars, aes(mpg, wt)) + geom_point()# With one variablep + facet_grid(. ~ cyl, scales = "fixed")p +...

1. 使用plink 获取SNP_test.eigenvec 文件plink --maf 0.05 --allow-extra-chr --vcf SNP.vcf --pca header tabs -out SNP_testeigenvec 文件格式如下：FID IID PC1 PC2 PC3 PC4F2 H -0.101378 -...

1. awk a[$1]=, 可以写你好几个值，不一定非得是$0，连接的话直接中间双引号，写分割符2. 注意指定-F'\t',否则生成的结果中单个field中的空格可能变成了\t,造成列的混乱;awk -F'\t' 'NR==FNR{a[$1]=$1"\t"$2}NR>FNR{if(a[$1]){print a[$1],$0}else{print "NA",$0}}'...

GWAS 分析 Fsthttps://rpubs.com/rossibarra/61700 有详尽的步骤可以参考画图PS 当然这个网站 https://rpubs.com/ 也有很多很好的参考资料

bedtools getfasta ， 可以很方便的根据 bed 提取 序列

Fst, pi, TajimaD 计算首先使用vcftools 计算出来各个各个值vcftools --vcf test.vcf--window-pi 3000--out testvcftools --vcf test.vcf--TajimaD 3000--out testvcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop p1.tx...

install.packages('package_name', dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')R 安装包的提示 错误，常用的是添加repo：https://www.haktansuren.com/installing-r-package-fixing-package-xxx-is-not-available-fo...

1. qtl安装了很多次，提示R版本不符合；重启了R，安装成功2. 画出的图如下，更详细的linkage map 图需要借助其它软件########################install.packages("qtl")library(qtl)source("https://bioconductor.org/biocLite.R")install.pack...

最近感觉有些电量低，使用computational biology skills Google搜索，搜到了一篇文章，感觉还不错，Mark一下http://users.umiacs.umd.edu/~sridhar/Docs/Loman-CompBiol.pdf  

https://software.broadinstitute.org/gatk/download/bundle通过GATK的resource bundle 下载hg38数据总是提示超过最大连接数（FileZilla）搭上梯子去Google cloud 存储里，查找到这些文件的下载地址，不过还是需要能外网才能下载到，让我又怀念以前的VPN了https://console.cloud...

1. 使用R脚本featurecounts分析时提示以上的错误运行命令： /usr/bin/Rscript run-featurecounts.R XXX####################################R 脚本的前几行：library(Rsubread)library(limma)library(edgeR)#############...

有感于自己的记性，还是转载一下分析小鼠转录组数据的参考，主要是用hisat分析，包含有小鼠基因组及索引文件的下载。https://www.jianshu.com/p/479c7b576e6f...

1. 根据vcf文件获取一个类似曼哈顿图的input文件，只是第4列的p value 值变为了区间的snp number如下：SNP CHR BP P1 chr1 100000 13622 chr1 110000 13193 chr1 120000 13214 chr1 1300...

1 ellipse .library("ggplot2")mtcars$cyl <- as.factor(mtcars$cyl)head(mtcars)ggplot(faithful,aes(waiting, eruptions)) + geom_point() + stat_ellipse()p <- ggplot(faithful,aes(waiting, erupti...

1. 折腾了大半天：首先重新 编译安装Perl，使其支持多线程： 2.tar vxf perl-5.22.0.tar.bz23 cd perl-5.22.04 ./Configure -des -Dprefix=~/.plenv/versions/5.22.0 -Dusethreads -Uinstalluserbinperl -Dcc=gcc5 make6 make inst...

1. rename expression pattern file (三个参数)假如有以下文件1_R1.fq2_R1.fq3_R1.fq4_R1.fq######################rename _R . *fq执行该命令后1.1.fq2.1.fq3.1.fq4.1.fq...

最近在测试GWAS流程，从网上看了一些资料，发现了一个简易的教程:https://angus.readthedocs.io/en/2017/GWAS.html#从下载数据，到画出曼哈顿图，另外其实没有太理解R脚本中的参数传递方法，还有简书里面的qqman，画曼哈顿图可以标记出特定的位点参考链接：https://www.jianshu.com/p/e914ecb99fcch...

1. 主要是参考链接https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article?id=9183#1 的步骤，阅读了解相应的介绍2. https://console.cloud.google.com/storage/browser/gatk-best-practices/somatic-b37/?project=broad-dsd...