54、刚性体分子动力学与优化3D片上网络设计

刚性体分子动力学与优化3D片上网络设计

刚性体分子动力学

在分子模拟中，为了去除分子模型中存在问题的高频自由度，建模者常常会使用刚性体动力学方法。这种方法不仅能解决上述问题，还有额外的好处，例如可以方便地用多极矩来表示分子电荷分布。

刚性体动力学与约束键动力学对比

刚性体（RB）是一组局部几何结构不随时间变化的点实体。在模拟中，一种强制保持这种不变性的方法是在RB单元的原子之间施加足够数量的约束键（CBs）。然而，对于许多重要的分子几何结构，使用这种方法可能存在问题或根本不可行。比如，对于含有两个以上原子的线性分子（如CO₂）和三个以上原子的平面分子（如苯），就无法指定足够的CBs。而且，即使可以用CBs定义结构，这种方法也存在诸多严重的实际缺点：
1. 收敛速度慢 ：迭代的CB求解器/算法，如用于蛙跳Verlet（LFV）积分的SHAKE算法或用于速度Verlet（VV）积分的RATTLE算法，收敛速度可能很慢，特别是当涉及约束环时，例如将水定义为受约束的三角形。
2. 过度约束问题 ：可能会无意中对分子进行过度约束，例如将甲烷四面体定义为有10个而不是9个键约束，这会使SHAKE/RATTLE过程变得不稳定。
3. 无法包含无质量位点 ：简单的约束方法无法包含无质量位点（如电荷位点），使得无法用TIP4P水等势进行建模。
4. 压力计算不准确 ：CB求解器的迭代性质会导致应力和维里的追溯性修正贡献与系统的其他贡献不同步，从而导致系统压力计算不准确。
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