低深度测序下的拷贝数变异文章阅读笔记

检测cnv的范围：1KB～几M，中值100KB

杂合性缺失，位于一对同源染色体上的相同基因座位的两个等位基因中的一个（或其中部分核苷酸片段）发生缺失，与之配对的染色体上仍然存在

1:在有的文献中指出cfDNA长度一般在167bp,ctDNA一般在145bp.在脑脊液中发现（ctDNA）取代在血浆中。本文对13个病人进行了平均深度（0.4X）的测序，测序每个样本数据量标准化到10Mreads。在13人中有5人发现了 somatic copy number alterations (SCNAs)基因组按照30K的大小分成没有overlap的bin区域，根据GC含量矫正比对reads数量，拷贝数变异分析使用R软件包CNAclinic（https://github.com/sdchandra/CNAclinic ），reads counts标准化是使用中值，以及log化
影响因子：10.293

Mouliere F, Mair R, Chandrananda D, et al. Detection of cellfree DNA fragmentation and copy number alterations in cerebrospinal fluid from glioma patients[J]. EMBO molecular medicine, 2018: e9323.

2:测序数据量为10M reads，在后续分析的时候也都标准化到这个范围。bin size选择是100K 数据R分析包是QDNAseq 病人中要比正常人包含更多cfDNA,因此对cfDNA也很重要。这篇文章尝试了多个binsize15 kb, 50 kb and 100 kb，最终选择了100KB
影响因子：10.199

Van Roy N, Van Der Linden M, Menten B, et al. Shallow whole genome sequencing on circulating cell-free DNA allows reliable non-invasive copy number profiling in neuroblastoma patients[J]. Clinical Cancer Research, 2017: clincanres. 0675.2017.

3:选择bin窗口为10kb，在选取log的对照时候，选取的是千人基因组中血液样本，样本编号NA18535
影响因子：2.766

	Molparia B, Nichani E, Torkamani A. Assessment of circulating copy number variant detection for cancer screening[J]. PloS one, 2017, 12(7): e0180647.

4：使用数据0.01X（小于10万条reads），使用的测序平台是Torrent Suite version 5.0.2，copy数目变异分析使用的R软件分析包QDNASeq，对于CNV的定义设置为1.5–20 Mb的长度 log2(CopyNumberRatio) ≥ 0.2。在分析之前抽取数据使用seqtk
影响因子：0

Hovelson D H, Liu C J, Wang Y, et al. Rapid, ultra low coverage copy number profiling of cell-free DNA as a precision oncology screening strategy[J]. Oncotarget, 2017, 8(52): 89848.

5:利用NIPT技术可以发现约在～7MB大小的CNV，且在敏感性和特异性上都可以达到95%以上，pathogenic cancer的CNV的范围从1M，5M甚至到100MB。这篇文章选取的bin的大小为10KB。计算每个bin里的reads数目使用的是HTSeQ_Count,采用的数据是模拟的
影响因子： 2.766