hg18vshg19转换工具

下载hg19的2bit文件 wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.2bit 下载2bit to fasta工具，将2bit格式的参考基因组转换为fasta格式 rsync -aP rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/genome/admin/exe/linux.x86_64/ ./ ...

参考基因组 坐标转换 hg38 hg19 俗话说，工欲善其事必先利其器 首先，你要有一套nb的工具，这里就介绍一下 UCSC 的 liftOver，这就是用来做 不同版本基因组间的转换。 1、下载必要的软件和文件 # 下载坐标转换对应文件，hg19到hg38 # wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.u

  Lift genome positions Genome positions are best represented in BED format. UCSC provides tools to convert BED file from one genome assembly to another. Binary liftOver tool We need liftOver bina...

  cat list|xargs -i echo "wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/hg19/gnomAD/vcf/{} > {}.log 2>&1 &" |sh （cat list |xargs -i echo "wget -c {} >> test.log 2>&1 &"|

如果使用基于GRCH37的衍生参考基因组版本，建议使用hs37d5，这几个版本的基因组的主要区别介绍如下： 1）GRCH37，b37，hs37d5（b37+decoy）与hg19、GRCH38（hg38）的来源： hg19来自UCSC，GRCH37来自NCBI，b37来自千人基因组第一期，建议使用的是b37的升级版hs37d5，来源于千人基因组计划第二期，也是目前Broad正在使用的两个基于hg...

数据分析的时候，一定要看清楚，网上的数据到底是hg38还是hg19！因为除了大型数据库外，其他的小型数据库、网站经常是发了文章就不再更新，甚至是发了文章6个月以后就找不到那种，一定要“三思而后行”，避免浪费时间！...

流转换成byte数组 public static byte[] getBytes(InputStream is) throws Exception { ByteArrayOutputStream baos = new ByteArrayOutputStream(); byte[] b = new byte[1024]; int len = 0; while ((len = is

各类基因ID转换基因ID分类 Ensembl的目标是为遗传学家，分子生物学家和其他研究人员研究我们自己的物种和其他脊椎动物和模式生物的基因组而提供集中的资源。Ensembl是几个知名的基因组浏览器之一，用于检索基因组学信息。 相似的数据库和浏览器还被发现在美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）(Entrez

hg19的下载 nohup wget url=http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz & hg19的解压 tar -zvfx chromFa.tar.gz 对解压后的.fa文件进行合并 cat *.fa > hg19.fa 对hg19文件进行索引...