Cute Nucleotides 项目使用教程

Cute Nucleotides 项目使用教程

cute-nucleotides Cute tricks for SIMD vectorized binary encoding and decoding of nucleotides, in Rust. cute-nucleotides 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/cu/cute-nucleotides

1. 项目目录结构及介绍

Cute Nucleotides 项目是一个使用 Rust 语言编写的,用于 SIMD 向量化二进制编码和解码核苷酸的开源项目。项目的目录结构如下:

cute-nucleotides/
├── benches/                # 性能测试相关代码
├── src/                    # 源代码
│   ├── lib.rs              # 库文件
│   └── main.rs             # 主程序
├── .gitignore              # Git 忽略文件
├── Cargo.toml              # Rust 项目配置文件
├── LICENSE                 # 项目许可证文件
└── README.md               # 项目说明文件
  • benches/: 包含性能测试的相关代码。
  • src/: 源代码目录,其中包含库文件和主程序。
    • lib.rs: 项目库文件,包含了项目的核心功能。
    • main.rs: 主程序文件,用于项目的执行。
  • .gitignore: 指定 Git 应该忽略的文件和目录。
  • Cargo.toml: Rust 项目配置文件,包含项目的元数据和依赖。
  • LICENSE: 项目使用的许可证信息。
  • README.md: 项目说明文件,包含项目的描述、使用方法和相关链接。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件为 src/main.rs,它是 Rust 程序的入口点。以下是 main.rs 的基本结构:

fn main() {
    // 这里是程序的主要逻辑
}

在实际的项目中,main.rs 文件将包含用于执行项目的代码,例如读取输入数据、调用核心库功能、处理结果等。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件为 Cargo.toml,这是一个用于描述 Rust 项目的元数据和依赖关系的文件。以下是 Cargo.toml 的基本结构:

[package]
name = "cute-nucleotides"
version = "0.1.0"
edition = "2021"

[dependencies]
# 这里列出项目依赖的库

[dev-dependencies]
# 这里列出开发依赖的库

[build-dependencies]
# 这里列出构建依赖的库

[profile.dev]
# 这里可以设置开发环境的配置

[profile.release]
# 这里可以设置发布环境的配置

Cargo.toml 文件中,你可以指定项目的名称、版本、依赖项以及开发环境和发布环境的配置。项目的依赖项将在这个文件中声明,Rust 的包管理器 cargo 会根据这个文件来管理项目的依赖。

以上就是关于 Cute Nucleotides 项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。你可以根据这些信息来开始使用和开发该项目。

cute-nucleotides Cute tricks for SIMD vectorized binary encoding and decoding of nucleotides, in Rust. cute-nucleotides 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/cu/cute-nucleotides

def repair_dna(self, dna_sequence, accessor, start_index, vt_check=None, max_consec = 4, max_error = 6): """ Repair the DNA sequence containing one (or more) errors. 默认有indel :return: repaired DNA sequence set and additional information. :rtype: list, at least have one item """ def recursive_repair(dna_sequence, location, start_index, consec, error): # recursion stop if consec > max_consec or error > max_error: return [] elif location == len(dna_sequence): return [(dna_sequence, consec, error)] # get variables results = [] nucleotides = "ACGT" used_indices, current_nucleotide = np.where(accessor[start_index] >= 0)[0], dna_sequence[location] used_nucleotides = [nucleotides[used_index] for used_index in used_indices] # match if current_nucleotide in used_nucleotides: results.extend(recursive_repair(dna_sequence, location + 1, accessor[start_index][nucleotides.index(current_nucleotide)]), 0, error) # substitution for nucleotide in used_nucleotides: if nucleotide != current_nucleotide: results.extend(recursive_repair(dna_sequence, location + 1, accessor[start_index][nucleotides.index(nucleotide)]), consec + 1, error + 1) # insertion results.extend(recursive_repair(dna_sequence[:location] + dna_sequence[location + 1:], location, accessor[start_index][nucleotides.index(nucleotide)]), consec + 1, error + 1) # deletion for nucleotide in used_nucleotides: results.extend(recursive_repair(dna_sequence[:location] + nucleotide + dna_sequence[location + 1:], location + 1, accessor[start_index][nucleotides.index(nucleotide)]), consec + 1, error + 1) return results
07-17
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

倪澄莹George

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付:¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足,请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值