Bacannot 使用与配置指南

Bacannot 使用与配置指南

bacannot Generic but comprehensive pipeline for prokaryotic genome annotation and interrogation with interactive reports and shiny app. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ba/bacannot

1. 项目的目录结构及介绍

Bacannot 项目是一个基于 Nextflow 的细菌基因组注释和查询流程。项目的目录结构如下：

bacannot/
├── .gitattributes
├── .gitignore
├── .gitpod.yml
├── .readthedocs.yml
├── .zenodo.json
├── LICENSE
├── README.md
├── assets/
├── bin/
├── conf/
├── docker/
├── docs/
├── images/
├── lib/
├── markdown/
├── modules/
├── nf_functions/
├── workflows/
├── example_samplesheet.yaml
├── main.nf
├── mkdocs.yml
├── nextflow.config
├── nextflow_schema.json

• .gitattributes: 指定 Git 处理文件和目录的规则。
• .gitignore: 指定 Git 忽略的文件和目录。
• .gitpod.yml: GitPod 配置文件，用于在在线开发环境中配置项目。
• .readthedocs.yml: Read the Docs 配置文件，用于在线文档的生成。
• .zenodo.json: Zenodo 配置文件，用于学术资源的归档。
• LICENSE: 项目使用的许可证信息，本项目采用 GPL-3.0 许可。
• README.md: 项目描述和基本使用说明。
• assets/: 存储项目相关的资源文件。
• bin/: 存储可执行脚本。
• conf/: 存储配置文件。
• docker/: 存储与 Docker 相关的配置和脚本。
• docs/: 存储项目文档。
• images/: 存储项目所需的图像文件。
• lib/: 存储项目库文件。
• markdown/: 存储 Markdown 格式的文档。
• modules/: 存储项目模块。
• nf_functions/: 存储 Nextflow 函数。
• workflows/: 存储 Nextflow 工作流定义。
• example_samplesheet.yaml: 示例样本表文件。
• main.nf: 主 Nextflow 脚本，用于定义工作流。
• mkdocs.yml: MkDocs 配置文件，用于生成文档网站。
• nextflow.config: Nextflow 配置文件。
• nextflow_schema.json: Nextflow 模式定义文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 main.nf。该文件定义了 Nextflow 工作流，包括各个步骤和使用的工具。以下是一个简化的 main.nf 文件结构：

nextflow.nextflow
{
  // 定义工作流参数
  parameter {
    // ...
  }

  // 定义工作流步骤
  workflow {
    // ...
  }
}

在 main.nf 文件中，你可以定义工作流参数，例如输入数据路径、输出目录等，以及实际的工作流步骤，例如基因组组装、注释、分析等。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是 nextflow.config。该文件用于配置 Nextflow 工作流的环境变量、参数和容器镜像等。以下是一个简化的 nextflow.config 文件示例：

# Nextflow 配置文件

# 工作流参数
params {
  input {
    // 输入数据路径
    fastq_path = 'path/to/fastq/files'
  }
  output {
    // 输出目录
    output_dir = 'path/to/output/directory'
  }
}

# 容器配置
container {
  // 指定 Docker 镜像
  docker = 'image:tag'
}

# 工作流执行配置
executor {
  // 指定执行器类型
  type = 'docker'
}

在 nextflow.config 文件中，你可以配置工作流所需的参数，如输入输出路径，以及指定使用的 Docker 镜像和工作流执行器类型等。通过配置文件，你可以方便地调整工作流的执行环境和参数，而不需要修改 main.nf 文件。

bacannot Generic but comprehensive pipeline for prokaryotic genome annotation and interrogation with interactive reports and shiny app. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ba/bacannot