GENA_LM 项目安装与使用教程

GENA_LM 项目安装与使用教程

GENA_LM GENA-LM is a transformer masked language model trained on human DNA sequence. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ge/GENA_LM

1. 项目目录结构及介绍

GENA_LM 项目目录结构如下：

GENA_LM/
├── data/                     # 存储数据集
├── models/                   # 模型定义和训练代码
├── notebooks/                # Jupyter 笔记本
├── outputs/                  # 模型输出结果
├── scripts/                  # 脚本文件，如数据预处理、模型训练等
├── src/                      # 源代码，包括主要功能模块
│   ├── __init__.py
│   ├── dataset.py            # 数据集处理
│   ├── model.py              # 模型定义
│   ├── trainer.py            # 模型训练器
│   └── utils.py              # 工具函数
├── tests/                    # 测试代码
├── tutorials/                # 教程和示例代码
├── .gitignore                # Git 忽略文件
├── requirements.txt          # 项目依赖
├── setup.py                  # 项目设置文件
└── README.md                 # 项目说明文件

• data/：存放项目所使用的数据集。
• models/：包含模型定义和训练的代码。
• notebooks/：存放与项目相关的 Jupyter 笔记本文件。
• outputs/：保存模型训练的结果和日志文件。
• scripts/：包含运行项目的脚本文件，如数据预处理、模型训练等。
• src/：源代码目录，包含项目的核心代码。
  • dataset.py：处理数据集的模块。
  • model.py：定义模型的模块。
  • trainer.py：负责模型训练的模块。
  • utils.py：存放一些工具函数的模块。
• tests/：存放项目的测试代码。
• tutorials/：包含项目的教程和示例代码。
• .gitignore：配置 Git 忽略的文件和目录。
• requirements.txt：列出项目所需的依赖。
• setup.py：项目的设置文件，用于安装项目依赖。
• README.md：项目的说明文件，介绍项目的基本信息。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件通常位于 scripts/ 目录下，例如 train.py。该文件用于启动模型训练过程。以下是启动文件的基本结构：

import sys
import os
sys.path.append(os.path.join(os.path.dirname(__file__), '..'))

from src import trainer

def main():
    # 初始化模型训练器
    trainer = trainer.Trainer()
    
    # 开始训练模型
    trainer.train()

if __name__ == '__main__':
    main()

该启动文件会导入项目源代码中的 trainer.py 模块，创建一个 Trainer 类的实例，并调用其 train() 方法开始训练模型。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件通常位于项目的根目录下，名为 config.json。该文件包含了项目运行所需的各种参数和配置信息，例如：

{
    "data_path": "data/",
    "model": {
        "name": "GENA_LM",
        "params": {
            "emb_dim": 512,
            "hidden_dim": 1024,
            "dropout": 0.5
        }
    },
    "train": {
        "batch_size": 32,
        "learning_rate": 0.001,
        "epochs": 10
    },
    "test": {
        "batch_size": 16
    }
}

在这个配置文件中，定义了数据集的路径、模型名称、模型参数、训练参数和测试参数等。这些配置可以在程序运行时读取，以便对模型训练和测试过程进行控制。

GENA_LM GENA-LM is a transformer masked language model trained on human DNA sequence. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ge/GENA_LM