Neurokernel 项目使用教程

Neurokernel 项目使用教程

neurokernel Neurokernel Project 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ne/neurokernel

1. 项目目录结构及介绍

Neurokernel 是一个用于开发果蝇大脑模型的 Python 框架，并能在多个 NVIDIA GPU 上执行这些模型。以下是 Neurokernel 项目的目录结构及各部分功能的简要介绍：

• benchmarks/: 包含用于测试性能的代码。
• docs/: 包含项目的文档，包括安装指南和使用说明。
• examples/: 包含示例代码，展示如何使用 Neurokernel 构建和集成不同部分的果蝇大脑模型。
• neurokernel/: Neurokernel 的主要代码库，包含核心功能和模块。
• nk/: Neurokernel 的命名空间别名。
• notebooks/: 包含 Jupyter 笔记本，用于演示和教学。
• tests/: 包含测试代码，确保 Neurokernel 的功能正常工作。
• .gitignore: 指定 Git 忽略的文件和目录。
• AUTHORS.rst: 包含项目贡献者的信息。
• CHANGES.rst: 记录项目的更新和变更历史。
• LICENSE.rst: Neurokernel 的许可证信息。
• MANIFEST.in: 指定打包时包含的文件。
• README.rst: 项目的简要介绍和使用说明。
• check_cuda_version.py: 用于检查安装的 CUDA 版本。
• ez_setup.py: 用于自动化安装过程的脚本。
• setup.py: Neurokernel 的安装脚本。
• tox.ini: 用于自动化测试的配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

Neurokernel 的启动通常是通过运行 setup.py 脚本在 Python 环境中安装 Neurokernel。以下是如何在 conda 环境中安装 Neurokernel 的步骤：

conda create -n nk python=3.7 c-compiler compilers cxx-compiler openmpi -c conda-forge -y
conda activate nk
python -m pip install neurokernel

确保在安装 OpenMPI 时启用了 CUDA 支持：

export OMPI_MCA_opal_cuda_support=true

安装完成后，你可以通过 Python 的交互式环境或脚本导入 Neurokernel 的模块并开始使用它。

3. 项目的配置文件介绍

Neurokernel 使用配置文件来设置运行时的参数。这些配置文件通常是 .ini 或 .yaml 格式的，它们定义了模型的参数、模拟环境以及 GPU 使用等设置。

配置文件的一个例子可能如下所示：

[neurokernel]
model_path = /path/to/model
 simulation_length = 1000
 dt = 0.1
 devices = [0, 1, 2]  # 列出使用的 GPU 设备号

[neurodriver]
parameter_file = /path/to/parameter/file

在这个配置文件中，[neurokernel] 部分设置了模拟的基本参数，例如模型路径、模拟长度和时间步长。[neurodriver] 部分指定了参数文件的路径，这个文件包含了模型的具体参数。

你需要根据你的具体需求和所使用的模型来编辑这些配置文件。在运行 Neurokernel 之前，确保所有必要的配置都已经正确设置。

neurokernel Neurokernel Project 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ne/neurokernel