Ketcher项目：HELM核心单体库集成实践

Ketcher项目：HELM核心单体库集成实践

引言

在生物分子编辑领域，Ketcher作为一款专业的化学结构编辑器，其单体库的完整性直接影响着科研人员的工作效率。近期开发团队完成了HELM核心单体库中8个重要单体的集成工作，这标志着Ketcher在生物分子编辑能力上的又一次重要升级。

新增单体技术解析

本次集成包含了多种类型的生物分子单体，涵盖了氨基酸、糖类和碱基等关键结构单元：

1. Bmt_E和DBmtE氨基酸衍生物
   这两种立体异构体在环孢菌素等天然产物中具有重要作用。Bmt_E((2S,3R,4R,6E)-2-氨基-3-羟基-4-甲基辛-6-烯酸)及其对映体DBmtE的加入，使得Ketcher能够更准确地模拟这类特殊氨基酸结构。技术人员特别注意了羟基和氨基的定位，确保其氢键形成能力在结构预测中能被正确体现。

2. ENA桥接核酸
   2-(O,4-亚乙基)桥接核酸(ENA)是一种重要的核酸类似物，其特殊的桥接结构可增强核酸酶的稳定性。开发团队在实现时特别关注了其环状结构的准确表达，这对后续的分子动力学模拟至关重要。

3. 7-脱氮-7-碘腺嘌呤
   这种修饰碱基(io7c7A)在核酸研究中常用于光交联实验。其7位碘原子的准确表达使得研究人员可以在Ketcher中设计更精确的光反应探针。

4. S-亚砜BNA
   (S)-亚砜BNA(Sso2ln)代表了一类重要的核酸修饰技术。开发团队实现了其手性中心的准确表达，这对研究其对RNA二级结构的影响具有重要意义。

5. 阿拉伯糖和LNA
   阿拉伯糖(ar)和锁核酸(LNA)的加入丰富了糖类单体的多样性。特别是LNA(2,4-BNA)作为基因治疗中的重要元件，其实现考虑了甲基桥的特殊空间构型。

6. N3-甲基胸腺嘧啶
   这种表观遗传修饰碱基(m3T)的加入使得Ketcher能够更好地模拟DNA甲基化状态，为表观遗传学研究提供了便利。

技术实现要点

在实现过程中，开发团队面临并解决了若干技术挑战：

1. 立体化学表达
   对于Bmt_E等具有多个手性中心的分子，确保其立体构型在二维结构中能够被正确识别和表达是关键。团队采用了特殊的标记方法来保持立体信息。

2. 特殊键合处理
   ENA和LNA中的环状结构需要特殊的键合表达方式，团队开发了新的键合类型描述方法，确保这些结构在导出时能被其他软件正确识别。

3. 氢原子处理
   对于像阿拉伯糖这样的分子，其多个羟基的可旋转性需要特别处理，团队实现了智能氢原子隐藏/显示功能，既保证了结构准确性又不影响可视化效果。

应用价值

这次更新为多个研究领域带来了便利：

1. 肽类药物设计
   新增的Bmt_E等非天然氨基酸大大扩展了肽类药物的设计空间。

2. 核酸治疗研究
   ENA、LNA等核酸类似物的加入使得反义核酸和siRNA的设计更加便捷。

3. 表观遗传学研究
   N3-甲基胸腺嘧啶等修饰碱基的加入简化了DNA甲基化研究的分子建模过程。

未来展望

此次HELM核心单体库的集成是Ketcher功能扩展的重要一步。未来团队计划：

• 继续扩充特殊修饰单体库
• 优化单体间的连接规则
• 开发更智能的单体识别和推荐功能

这次更新体现了Ketcher项目对科研需求的快速响应能力，也展示了其在化学生物学工具领域的领先地位。通过持续的功能完善，Ketcher正成为连接化学信息学和生物医学研究的重要桥梁。