biomod2环境因子预处理-筛选建模环境因子

BIOMOD2提供运行多达10余种物种分布模拟模型，模拟特定物种与其环境之间的关系，试图利用环境变量来模拟特定物种的生态位

最终生成的文件为individual_projections，该文件夹中包括.img、.xml两种数据格式，其中包括很多算法如，等多种模型 ，这类似于一个集成算法，集合多个模型，求取模型的平均值，以得出一个更好的模型。首先需要安装biomod2包：install.packages(“biomod2”)

最大熵模型（Maxent模型）利用物种的分布与环境数据，采用特定算法评估物种的生态位，并投射到景观中，可以直观的呈现物种出现的概率、生境适宜度或物种丰富度等，是目前应用最广泛、预测效果最好的物种分布模型。本教程将以实际案例详细讲解，在保护优先区甄选、自然保护区的结构调整与布局优化及其他相关项目中，（1）对区域生物多样性分布及生境进行评估，（2）甄选生物多样性热点分布区域，分析保护空缺，（3）最终得出项目区域的优先保护区规划体系与管理对策。专题八 基于Maxent模型生物多样性热点模拟和保护区格局优化技术。

最大熵模型（Maxent模型）利用物种的分布与环境数据，采用特定算法评估物种的生态位，并投射到景观中，可以直观的呈现物种出现的概率、生境适宜度或物种丰富度等，是目前应用最广泛、预测效果最好的物种分布模型。采用基于Maxent模型的生物多样性热点模拟与GAP分析，将为我国的自然保护区优化、自然保护地体系构建和保护地社区精准脱贫致富等提供重要的决策依据。

在这里主要是分享一个不错的代码，喜欢的可以慢慢研究。我看了一遍，觉得里面有很多有意思的东西，供大家学习和参考。

物种分布模型（species distribution model, SDM）又称环境生态位模型、生境适宜度模型、潜在生境分布模型，通过算法对物种分布信息和环境变量数据进行定量分析，从而估计物种生存所需的温度、降水、土壤、植被等环境条件, 模拟物种潜在的地理分布以及全球气候变化对物种分布的影响, 是生态学、生物地理学、进化生物学、保护生物学中常用的一种研究方法。

biomod2简介及Gulo gulo分布模型案例解读

写在前面本文章旨在给出一个简便易用的环境因子与主要物种丰度的相关性分析及结果展示方式，适用于环境因子和主要物种相对较少的情况。如果样本数目过多、微生物群落十分复杂，建议使用网络分析评估特定环境因子与不同物种之间的关系，网络分析涉及的内容较多，过一阵应该会专门开个专题来说一说。我在本文所进行的分析关注的只有物种与环境因子的关系，而对于物种与物种、环境因子和环境因子之间的关系并不关注，因此使...

SDMs物种分布模型简介及biomod2包的安装

上述代码中：我们载入了需要的R包，并读取了环境因子和物种数据。然后，我们使用psych包的corr.test函数执行了相关性分析，并将结果保存在r_result变量中。接下来，我们整理了相关性和p值的数据，并根据P值的不同范围，构建“***”并使用标记；在这段代码中，我们使用ggplot函数创建了一个基本的绘图对象，并使用geom_tile函数绘制了热图。大家好，今天我将介绍如何使用R语言进行环境因子和物种相关性分析，并使用ggplot2包绘制热图和气泡图，对相关性分析结果进行可视化展示。

maxent分布预测如何选择环境气候数据 在做分布预测时，选择气候数据的类型会直接影响到预测结果的合理性和准确性，不同物种要选择不同的气候数据。 例如，我们做植物的分布预测，我们要选择与植物生境分布息息相关的气候因子，其中，降雨，温度，海拔坡度，最重要的还有土壤类型，如上面截图中的土壤属性，我们都知道基本多数植物只有在合适的土壤类型中才会生长，所以土壤数据对植物的分布预测至关重要。 例如，我们做的是海洋动物，因为海洋动物基本不受降雨，土壤类型的影响，所以这类数据是不需要的，我们要根据相关的文献资料参考选择合