PCA主成分分析之R语言

### 主成分分析（PCA）在R语言中的实现 #### 数据准备 为了进行主成分分析，首先需要准备好用于分析的数据集。通常情况下，这些数据应该被整理成矩阵或数据框的形式，在此过程中可能还需要对缺失值进行处理。 ```r # 加载必要的库并读取数据 library(FactoMineR) data <- read.csv("path/to/your/datafile.csv", header = TRUE, sep = ",") ``` #### 数据预处理 由于变量的不同量纲可能会干扰PCA的结果，因此建议先对原始数据做标准化处理。这一步骤可以确保各个特征对于最终结果的影响仅取决于其自身的变异程度而非测量单位。 ```r # 对数据进行中心化和缩放(即Z-score变换) scaled_data <- scale(data[, c(-1)], center = TRUE, scale = TRUE) # 假设第一列为标签列不需要参与计算 ``` #### 执行PCA 使用`FactoMineR::PCA()`函数来执行实际的主成分分析操作。这里设置了参数`scale.unit=TRUE`以再次确认输入已经被适当转换；指定保留前五个主成分(`ncp=5`)；最后设置绘图选项为开启状态以便于后续查看图形输出[^2]。 ```r # 进行PCA分析 res.pca <- PCA(scaled_data, scale.unit = TRUE, ncp = 5, graph = FALSE) ``` #### 结果解释与可视化 完成上述步骤之后就可以开始解读所得出的信息了。可以通过多种方式展示PCA的结果，比如散点图、贡献率条形图等。下面给出了一些常用的命令用来生成这样的图表： ```r # 绘制个体因子映射图 plot(res.pca, choix="ind") # 显示各维度上的方差百分比及其累积比例 eigenvalues <- round(get_eig(res.pca), digits = 3)$value * 100 / sum(round(get_eig(res.pca), digits = 3)$value) cumulative_variance_explained <- cumsum(eigenvalues) print(paste("Variance explained by each dimension:", paste(sprintf("%.1f%%", eigenvalues), collapse=", "), "\n")) print(paste("Cumulative variance explained:", sprintf("%.1f%%", cumulative_variance_explained[length(cumulative_variance_explained)]))) # 可视化变量之间的关系 fviz_pca_var(res.pca, col.var = "cos2", gradient.cols = c("#00AFBB","#E7B800","#FC4E07"), repel = TRUE ) ``` 以上就是完整的基于R语言环境下的PCA工作流概述[^3]。