本文介绍如何从TopHat生成的BAM文件中筛选出Unique Mapped Reads。使用samtools结合grep命令，通过匹配NH:i:1来精确提取Unique Reads，避免非Unique Reads对后续分析造成干扰。
从贴好的bam文件中读取unique mapped reads，来进行下一步的分析。
tophat贴的结果对于非unique的reads会反复出现在bam/sam中，因此不挑unique reads后续结果会不准确。
Tophat结果中Unique reads的Quality一栏为255，而BWA贴出的结果此栏会根据reads本身的Phred值变化，因此确定unique的唯一标准是optional fields中的NH:i:1。
直接
samtools view accepted.bam | grep "\bNH:i:1\b" > accepted_unique.sam
即可。其中”\bNH:i:1\b"如果忘记\b，会挑出NH:i:12之类的非unique reads。
tophat贴的结果对于非unique的reads会反复出现在bam/sam中，因此不挑unique reads后续结果会不准确。
Tophat结果中Unique reads的Quality一栏为255，而BWA贴出的结果此栏会根据reads本身的Phred值变化，因此确定unique的唯一标准是optional fields中的NH:i:1。
直接
samtools view accepted.bam | grep "\bNH:i:1\b" > accepted_unique.sam
即可。其中”\bNH:i:1\b"如果忘记\b，会挑出NH:i:12之类的非unique reads。
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