[医学影像知识] 医学体数据.mha文件，如何存取元信息?

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1. 背景:

在上一篇文章中，已经介绍了.mha格式的体数据文件，在医学影像软件中的应用，即，它可以将一个序列内所有的dicom内的PixelData, 都集成到一个文件中．
这对于后续的读取是一个很大的帮助．因为计算机在读取一个整块的.mha大文件(几百MB)的速度，要远远高于读取很多很多小(一张512*512的CT dicom图像是500KB左右)的文件．

但是，.mha文件由于主要保存的像素信息，因此它包含的其他信息很少，比如DICOM文件中，一般会包含几百个不同的tag, 记录了这张dicom的各种参数，比如患者信息，检查描述，检查号，拍摄日期和时间，扫描协议，拍摄方位等等．

这些信息，对于后处理有很大的帮助．

因此，如果我们可以直接从.mha文件中来读取出这些tag信息，那么就极大地简化了一些处理逻辑．于是，我们这篇文章，主要就是要解决，如何与.mha文件进行交互，存储和读取其他tag信息．

2. 方法介绍:

2.1 .mha元信息

在之前的博文中，已经写过如果利用simpleITK, 来生成一个包含一个序列内全部像素信息的.mha文件。这里不再赘述。
假设我们已经有一个之前生成好的.mha文件。那么我们首先读取这个.mha文件，看看它除了体数据，还有哪些信息。

以下是一段, 基于SimpleITK读取一个已经存在.mha的文件，并且读取它已知的元信息的代码.

import SimpleITK as sitk
image = sitk.ReadImage("test.mha")
image.GetMetaDataKeys()

它的输出结果为:

('ITK_InputFilterName', 'ITK_original_direction', 'ITK_original_spacing')

然后读取这几个Key值时，输出的结果却是UNKNOWN_PRINT_CHARACTERISTICS.

image.GetMetaData("ITK_original_direction")

'[UNKNOWN_PRINT_CHARACTERISTICS]\n'

从这里可以看出，虽然.mha文件，虽然有默认的几个元信息的key. 但如果不提前赋值的话，也是读取不到结果的。

2.2 为.mha提前写入元信息

既然可以从.mha中，读出默认的一些key. 那么我们也可以在生成.mha之后，将一些未来需要使用的key值，提前写入到.mha文件中，比如PatientID, AccessionNumer等。

以下是一个测试代码:

import SimpleITK as sitk
image = sitk.ReadImage("test.mha")
image.SetMetaData("PatientID", "123456")

modify_mha_file = "modify.mha"
sitk.WriteImage(image, modify_mha_file)

image2 = sitk.ReadImage(modify_mha_file)
image2.GetMetaData("PatientID")

通过以上的测试，可以发现，虽然.mha体数据文件，主要是用来保存dicom文件中的像素信息的。
但是如果由于特定的需求，也需要在.mha中，包含一些文本信息。那么，基于SimpleITK的sitk.Image对象提供的SetMetaData(), GetMetaData()接口，通过设置key, value的方式，写入和读出包含在.mha文件中的元信息。