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1.背景:
在之前的博客文章<[医学影像知识] 医学体数据.mha文件,如何存取元信息?>中,曾经提到, 如何在创建医学影像体数据的时候,在它原始的Meta信息中,再增加一些额外的Meta信息,来记录一些我们想要附带在体数据中的信息。
可以通过SetMetadata()的接口,来赋值。当时,并没有提到这个接口,有什么限制。
后来,在实际的应用中,发现了一些问题。就是当我们在基于这些修改后的体数据,进行后处理时,出现了一个奇怪的现象,就是无法被SimpleITK识别。
具体表现就是,这个体数据,本来是存放在硬盘的某个目录下面的,但是使用SimpleITK.ReadImage(), 将体数据的路径,传入函数时,却会报错。报错信息如下:
起初,遇到这个报错的时候,我们还怀疑是,这个.mha文件,没有生成。但是,这个文件,确实实实在在就存放在硬盘的指定路径,文件大小看起来也正常。但是用SimpleITK读取时,就是会报错。
将出错信息,咨询kimi后,给出的一些答复如下:
2. 解决方案:
在看到第3点和第4点时, 我若有所思.
因为就是在前面的博文中, 刚刚介绍了, 如何在保存mha文件时, 顺便往它的头信息中, 塞一些序列的其他信息, 比如PatientID, StudyInstanceUID, InstanceNumber等信息.
而且, 当时测试的时候, 是没有问题的.
存入这些信息, 并不会影响.mha文件的保存和读取.
但是为什么, 现在却无法读取.mha文件了呢?
然后, 再结合测试的反馈, 并不是所有的, 增加了额外头信息的.mha文件, 都无法读取. 而是, 只有极个别的.mha文件, 无法读取.
于是, 我就将这些无法读取的.mha的序列, 看了一下.
突然, 就发现了一个规律. 凡是无法正常读取.mha文件的, 它的序列张数都非常多, 一般都超过了600张. 虽然具体的数量不同, 但都非常大. 然后我把将要写入的字符串, 打印出来.
恍然大悟, 只有一个特别的key, 是根据文件的数量发生变化的. 那就是InstanceNumber-list.
因为, 我希望把这个.mha内部, 包含的影像的InstanceNumber都记录下来. 但就是因为这个list, 会根据影像的张数, 正比例变大.
问题定位后, 临时的解决方案, 就是先把这些额外增加的信息去掉. 仍然只保留SimpleITK在生成.mha文件时, 默认会创建的那些头信息, 或者是只把InstanceNumber-list, 从额外的头信息中剔除, 这个问题便解决了.