21、基于局部排名距离（LRD）的生物信息学实验结果分析

基于局部排名距离（LRD）的生物信息学实验结果分析

在生物信息学领域，聚类技术、DNA 比较以及序列比对是非常重要的研究方向。本文将介绍基于局部排名距离（LRD）的相关实验及其结果，通过与其他方法的对比，展示 LRD 在这些方面的性能表现。

1. 聚类实验

在对 22 种哺乳动物数据集进行聚类时，对比了不同的聚类技术，结果如下表所示：
| 方法 | 错误聚类数 | 准确率（%） |
| — | — | — |
| Dinu 和 Sgarro（2006）提出的方法 | 3/22 | 86.36 |
| Dinu 和 Ionescu（2012a）提出的方法 | 3/22 | 86.36 |
| LRD + k - 元组之和 | 0/22 | 100.00 |

从表中可以看出，LRD + k - 元组之和的方法在聚类 22 种哺乳动物数据集时表现最佳，实现了 100% 的准确率。

在对 27 种哺乳动物线粒体 DNA（mtDNA）序列进行聚类时，基于 18 - 元组的 LRD 层次聚类得到的系统发育树显示，平均链接准则给出了最佳结果。不过，该方法唯一的错误是将猪与食肉目成员聚类在一起，而不是偶蹄目。在 27 种哺乳动物中，有 1 种被错误聚类，准确率为 96.29%。总体而言，基于 LRD 的聚类方法的准确率与类似研究中提出的最先进方法相当或更好。

2. DNA 比较实验

为了展示 LRD 可用于在一组 DNA 字符串中找到最接近的字符串（或最接近的子字符串），进行了 DNA 比较实验。实验使用了 Dinu 和 Ionescu（2012b）提出的遗传算法与 LRD 相结合的