单细胞转录组文章复现系列(一)——seurat

前言

期刊 ：Cancer
标题 ：Single-Cell T tanscriptomic Analysis of T umor-Derived Fibroblasts and Normal Tissue-Resident Fibroblasts Reveals Fibroblast Heterogeneity in Breast Cancer。

文章链接

摘要 ：主要对小鼠乳腺癌CAFs和正常小鼠成纤维细胞进行单细胞测序，并对CAFs的异质性进行了描述。并未涉及机制研究，算是一篇纯的不行的生信文章。适合入门。
废话不多说，开办。

数据下载

二、操作

1.看文章

当然是先看文章了，然后根据文章的方法设置参数，当然你也可以自己设置参数，用文章的参数是为了检验自己有没有别的地方做错了。

2.读入数据，过滤

这里文献提供的是counts矩阵。（部分文章提供的是稀疏矩阵，需要read10x读取）
代码如下：

rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)
library(R.utils)
library(textshape)
library(monocle)
##读取CSV文件，如果是三文件的10x数据可直接创建seurat对象
a <- read.table(file = '4T1_viable_raw_counts.txt',header = T,sep = '\t',fill = T)

2.Seurat流程

seurat标准流程包括：（复杂的还应该包括多个数据集的整合）
创建seurat对象，
过滤，
（在此我没有对线粒体基因进行过滤，但是整体效果与文章大致相同。没做线粒体基因过滤的原因呢，主要是基因名字里面没有找到’Mt-‘开头的基因，如果要过滤，可以网上搜索小鼠线粒体基因，本人较懒，所以，哈哈）
normalize，
findvariablefeatures，
scale，
runpca，
findneighbors，
findclusters
可视化
代码如下：

# 一、Seurat流程 -------------------------------------------------------------------
sc <- CreateSeuratObject(counts = a,project = 'mouse_viable'