HESS使用记录

最新推荐文章于 2025-07-21 11:07:13 发布

onlooker_zsq

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文章标签： java 前端 html

本文链接：https://blog.csdn.net/onlookerq/article/details/126597565

这篇博客详细介绍了如何运用Python脚本执行遗传关联分析的三个步骤：首先，通过for循环处理不同染色体的数据；然后，分别估计两个性状的本地SNP遗传力；最后，结合结果进行可视化展示，并利用R脚本进行GWAS信号检测。此外，还提到了加速模块下载的方法。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >


step1

for chrom in $(seq 22)
do
    python hess.py \
        --local-rhog T2D_2018_HESS.txt AD_2019_HESS.txt \
        --chrom $chrom \
        --bfile ./1kg_eur_1pct/1kg_eur_1pct_chr$chrom \
        --partition ./EUR/fourier_ls-all.bed \
        --out ./out/step1
done

step2

# estimate local SNP-heritability for trait 1
python hess.py --prefix step1_trait1 --out step2_trait1

# estimate local SNP-heritability for trait 2
python hess.py --prefix step1_trait2 --out step2_trait2

step3

python hess.py \
    --prefix ./out/step1 \
    --local-hsqg-est step2_trait1.txt step2_trait2.txt \
    --num-shared 0 \
    --pheno-cor 0 \
    --out step3

可视化

python misc/local_rhog_manhattan.py \
    --local-rhog-est step3.txt \
    --local-hsqg-est step2_trait1.txt step2_trait2.txt \
    --out T2D_AD_local_rhog.pdf \
    --trait-names T2D AD

python misc/local_hsqg_manhattan.py \
    --local-hsqg-est step2_trait1.txt \
    --out trait1_local_hsqg.pdf \
    --trait-name TRAIT1




Rscript ./LOGODetect.R \
--sumstats ./sumstats/BIP.txt,./sumstats/SCZ.txt \
--n_gwas 51710,105318 \
--ref_dir ./LOGODetect_1kg_ref \
--pop EUR \
--ldsc_dir ./ldsc \
--block_partition ./block_partition.txt \
--out_dir ./results

pip install 模块名 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple#加快下载速度