R语言合并文件夹中的所有文件（dplyr)

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#r语言 #开发语言

于 2023-03-25 15:20:30 首次发布

该文使用R语言的dplyr库进行数据操作，首先设定工作目录，读取文件名列表，然后逐个读取CSV文件并合并。通过cbind函数添加文件名作为新列，并用rbind将数据帧按行连接。最后，将合并后的数据写入新的TXT文件。

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library(dplyr)
setwd('C:\\Users\\86187\\Desktop\\Microbiota\\gwas data\\metabolites')
a = list.files()#读取文件名列表
dir <- paste("./",a,sep="") #构建变量名

n <- length(dir)
merge.data <- read.csv(file = dir[1],header=T,sep="\t")
merge.data <- cbind(dir[1], merge.data )#左侧增加列/cbind( merge.data, dir[1])#右边增加列
colnames(merge.data)[1]='metabolites'#更改列名
for (i in 2:60){
new.data <- read.csv(file = dir[i], header=T, sep="\t")
new.data <- cbind(dir[i], new.data)
colnames(new.data)[1]='metabolites'
merge.data <- rbind(merge.data,new.data)
}
write.table(merge.data,file = 'fecal_metabolites.txt',row.names = F,sep = '\t',quote = F)