sed与正则表达式格式化小麦的fasta文件

sed 是一种流编辑器，它一次处理一行内容。 处理时，把当前处理的行存储在称为“模式空间”（pattern space）的临时缓冲区中，接着用 sed 命令处理缓冲区中的内容，处理完成后，把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行，这样不断重复，直到文件末尾。 生成联系文件 leadingsci@DELL5577:~/Test$ cat df.txt Filesystem Size Use...

sed  -e"/^$/d"  -e 's/[  \t]\+$//g' -e 's/\t/    /g'  A.java > B.java 删除A.java中所有的空行和每行结尾的空格, 并把tab替换为四个空格

eg1、在/etc下面，只要含有XYZ三个字符的任何一个字符的那一行就列出来，怎么处理？                grep '[XYZ]' /etc/*      eg2、将/etc/termcap内容取出来后，去除开头为#的行、去除空白行、取出开头为英文字母的那几行以及最终统计总行数该如何进行？             1、去除开头为#的行：more /etc/termcap |

一、简介       正则表达式简单来讲是一种文本模式，用来匹配某个规则的字符串，虽然规则比较繁琐，但是功能却很强大，应用在某些地方能够大大提高效率。正则表达式的应用也十分广泛，比如网站注册时Email格式校验、文件搜索的表达式、Nginx的路由规则等等。各种语言对正则表达式都有很好的支持，所以学习正则表达式绝对是超值的买卖，只不过需要记...

要处理一份10多个G序列数据的序列名，据说直接的linux命令是最快的，回头来复习一下这几个命令吧。 什么是选取命令？ 就是将一段数据经过分析后，取出我们想要的或者经由分析关键词，取出我们想要的那一行。通常选取信息是针对一行一行来分析的，并不是整篇分析。 ** 1 cut ** cut命令可以将一段信息的某一段给它切出来，也就是将一行里面的数据进行分解，它是以行为单位处理数据的。 常用的有两种： （1）对于有特定分隔字符的的文本，分隔后获取其第m‘区域’与n‘区域’的信息： cut -d '分隔的字符'.

从网上下载的DNA序列在做生物信息或者机器学习之前，需要对序列进行质控，观察是否有一些特殊字符如“-”，“>"等。sed 是一个字符处理命令，可以使用正则表达式，可以对序列替换，删除，查找等处理，速度非常块，本次使用sed处理序列 要处理的序列如下： test$less test.fa >BetaCov/Wuhan/IVDC-HB-01/2019|EPI_ISL_402119 ATTA...

一.正则表达式 1.1国际字符模式匹配或匹配模式的类名 [:alnum:] : 0-9,A-Z,a-z [:alpha:] : A-Z,a-z [:upper:] : A-Z [:lower:] : a-z [:digit:] : 0-9 [:space:] : 空格或tab键 1.2基础正则表达式 ^word：待查找的字符串在行首。 word$：待查找的字符串在行尾。

http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/52564957 geditor, sed, ed, awk, Emacs 文本处理工具 [Linux Shell 文本处理工具集锦] geditor 最常用的类似windows下的记事本 ubuntu16.04 gedit乱码问题解决 gsettings set org.gnome.ged...

今天学习了下文件格式处理一般常用的三个命令。 1.printf：格式化打印 printf和C语言里面的printf差不多。 格式： printf ‘打印格式’ 打印内容 参数： \f： 清楚屏幕 \n： 换行 \t： 水平的tab \v： 垂直的tab 例子1： 发现一对单引号里面是算一个字段，对应一个%s。 像这样就全部放在单引号里面，就直接...

Ensembl数据库下载参考基因组 下面以植物拟南芥为例： 1.进入网站：http://plants.ensembl.org/index.html 一些常用的物种列在首页 拟南芥，水稻，玉米等 如果想要得物种不在首页可以点击：View full list of all Ensembl Plants species ；可以得到所有物种的列表； 2. 点击进入拟南芥参考基因组介绍页面； 可以看到拟南芥基因组的介绍信息： 3.下载参考基因组：点击Download D

根据序列ID快速抽提fasta序列在进行完序列比对以及，在微生物多样性分析中经常要根据物种信息抽提特定ID的fasta格式的序列文件。传统方法大家肯定是一个个ID去查找，复制，粘贴。这种方法虽然很精确但是效率实在是太低了。如果能用几行命令解决不仅简单高效，而且还能一劳永逸，妈妈再也不用担心我花几天时间在查找序列上了。下面就正式教大家，怎么把两个文件名字不一样的文件中特定想要的序列文件一一匹配并提取...

FASTA格式又称Pearson的格式，该种序列格式要求序列的标题行以大于号">"开头，下一行起为具体的序列。一般建议每行的字符数不超过60个，以方便程序处理。多条核苷酸序列格式即将该格式连续列出即可. This format contains a single header line providing the sequence name, and optionally a d

写在前面perl-oneliner诅咒：即如果你相对熟练perl-oneliner的撰写之后，你就学不会awk和sed.-- CJ以下全文转载，点击阅读原文，可见Balloon_vine简书awk 命令使用记录awk 'BEGIN{Cnt=0}{if($0~/>/){Cnt=Cnt+1;tmp='>TriUnigene'Cnt; $0=tmp; print$0}else{print$0...

sed进行文件中的回车符号替换 sed读取一行时，会先把换行符去掉，处理完后再添加上，所以进行换行符替换时，必须使用sed中的特殊命令。 sed ':label;N;s/\n/:/;b label' filename sed ':label;N;s/\n/:/;t label' filename 命令解释： :label; 这是一个标签，用来实现跳转处理，名字可以随便取(label),后面的b label就是跳转指令 N; N是sed的一个处理命令，追加文本流中的下一行到模式空间进行合并处理，因此

python Fasta文件格式化-每行固定数目碱基输出