HPC应用&分子动力学软件GROMACS 详细安装使用教程

GROMACS是一款主流的分子动力学模拟软件，主要用于进行经典分子动力学模拟，在生物大分子领域的计算模拟中应用尤其广泛。GROMACS支持几乎所有当前流行的分子模拟软件的算法。主体代码由C和C++编写，并且通过CUDA和OpenCL支持GPU加速，CPU版本可利用AVX等向量化指令集进行加速，并且通过MPI、OpenMP可实现大规模并行计算，整体性能优异。

编译安装

安装HIP版GROMACS需要主机端的FFTW库以及3.9.6以上版本的CMake。

GROMACS官方目前没有HIP版本，HIP版源代码可以从以下仓库下载：

https://cancon.hpccube.com:65024/1/main/DTK-23.10_hpcapps-20231120/NFS3.2_CentOS7.6

下载完成后，进入gromacs顶层目录，请参考最新版README进行操作，下方操作仅供参考。

按照如下步骤进行安装：

mkdir build 
cd build
cmake -DGMX_HWLOC=off -DBUILD_SHARED_LIBS=ON -DGMX_BUILD_FOR_COVERAGE=on -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DGMX_CUDA_NB_SINGLE_COMPILATION_UNIT=on -DCMAKE_C_COMPILER=gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ -DGMX_MPI=on -DGMX_GPU=on -DGMX_OPENMP=on -DGMX_GPU_DETECTION_DONE=on  -DGMX_SIMD=auto -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$CPACK_INSTLL_PREFIX/gromacs-2020.1 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY=/lib64/libfftw3f.so.3 -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/usr/include -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF -DGMX_DEVELOPER_BUILD=on -Drocfft_DIR=/opt/rocm/rocfft/lib/cmake/rocfft -DGMX_BUILD_HELP=ON ..
make 
make install

相关目录需根据实际情况进行修改，make install完成后，CMAKE_INSTALL_PREFIX指定的目录将包含如下目录和文件：

bin  include  lib64  share

测试算例

实际进行一个分子动力学模拟通常需要手动制定所需研究体系的输入文件。可以参考http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/index.html从头开始制作一个典型的GROMACS算例：

GROMACS输入文件的后缀为.tpr。通常使用如下命令运行模拟计算：

mpirun  -np 4  gmx_mpi mdrun -nsteps 5000 -npme 1 -ntomp 7 -nb gpu -pme gpu -bonded cpu  -s 0384.tpr -o test.trr -c test.gro -e test.edr -g test.log

上述命令通过mpirun发起4个进程，gmx_mpi mdrun为GROMACS的MD计算命令，其余参数意义分别如下：

-nsteps: 指定计算时间步
-npme：指定使用一个进程计算PME，多进程运行且使用GPU计算PME时必须指定此选项为1
-ntomp：指定每个进程使用openm

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