GEO数据挖掘从数据下载处理质控到差异分析全流程分析步骤指南

 0. 与该篇文章相关的前情回顾

0.1 OmicsTools的安装使用和R语言分析环境的配置教程

教程地址：OmicsTools的R语言分析环境配置教程效果示意图-CSDN博客文章浏览阅读2.1k次，点赞25次，收藏37次。我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作软图神器电脑软件OmicsTools，欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作图，该软件件能让大家在不需要任何编程和代码编写的基础上，分析次数没有限制，可以无限使用，让您在自己的电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科学研究。软件下载。_omicstoolshttps://blog.csdn.net/qq_40073899/article/details/139143993 

0.2 综合的教学视频介绍

GEO数据库挖掘分析作图全流程每晚11点在线教学直播录屏回放视频： https://www.bilibili.com/video/BV1rm42157CT/

GEO数据从下载到各种挖掘分析全流程详解： https://www.bilibili.com/video/BV1nm42157ii/

一篇今年近期发表的转录组生信分析论文复现全流程直播： https://www.bilibili.com/video/BV184421Q7pj/

1. GEO数据下载教程

1.1根据GEO的GSE数据集编号自动下载和处理GEO数据教程（必须要运行的模块，GEO数据下载要首先运行这个模块）

详细教程地址： https://zhuanlan.zhihu.com/p/708053447

下载GEO数据一定要先运行下这个模块，部分数据集不一定能下载提取出表达矩阵，但是一般能下载到非常完整的样本的注释信息等数据文件，这在对GEO数据集临床信息分析或分组差异分析是非常重要的。

当然如果少数GSE数据集遇到没有提取出GSEXXX_sample_info.csv的情况，也可以看看我b站的教学视频，根据GEO网页中的样本编号的分组情况，自建一个这样的分组文件，分组文件一般是长这个样子的，有两列，一列列名叫sample.id,是GSM编号信息，另一列是group.level,存放的是分组信息,当然sample.id这一列的样本名还是要以表达矩阵的样本名为准，这样才能让表达矩阵后面跟样本分组信息按照相同的列名整合在一起：

对于部分没有下载出表达矩阵的数据集，如果该数据集的GEO网页中有GSEXXX_RAW.tar格式的压缩包，可以运行下面的1.2这一步对RAW.tar的压缩包文件进行提取和处理。

1.2 转录组和基因芯片GSE数据集RAW.tar压缩包下载和多样本整合处理教程 （GEO网页中有RAW.tar压缩包可以用这一步下载处理）

教程地址

教程地址：转录组和基因芯片GSE数据集RAW.tar压缩包下载和多样本整合处理教程 - 邢博士谈科教的文章 : https://zhuanlan.zhihu.com/p/708244032

普通RNAseq转录组的GSEXXX_RAW.tar压缩包的多样本整合处理