scanpy 中的layer用法详解

在 Scanpy 中，layers 是 AnnData 对象的一个重要属性，用于存储与主数据矩阵 adata.X 具有相同维度的多个数据矩阵（例如不同的数据变换版本，如原始计数、归一化数据或对数化数据）。以下是对 layers 用法的详细讲解，结合官方文档和实际使用场景，涵盖其定义、创建、操作和常见用例。

1. 什么是 AnnData 和 layers？

AnnData（Annotated Data）是 Scanpy 的核心数据结构，用于存储单细胞数据。它包含以下主要部分：

• adata.X: 主数据矩阵，存储基因表达数据（通常是细胞×基因矩阵）。
• adata.obs: 观测值（细胞）的元数据，如细胞类型或批次信息。
• adata.var: 变量（基因）的元数据，如基因名称。
• adata.layers: 一个字典-like 对象，存储与 adata.X 维度相同的其他数据矩阵。每个矩阵可以表示数据的不同处理版本（例如原始计数、归一化数据、对数化数据等）。

layers 的灵感来源于 loompy 的 layers 设计，允许用户在同一个 AnnData 对象中保存多种数据变换结果，方便后续分析和比较。