用k-mer分析进行基因组调查(genome survey)：（三）用KMC进行k-mer频数统计

（全文约1300字）

【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeScope2.0做多倍体物种的基因组调查。

1. k-mer进行基因组调查的软件概况

k-mer进行基因组调查分为k-mer频数统计和基因组特征评估两步。

• KMC可以实现第一步k-mer频数统计。
• KMC的结果sample.histo可以用在GenomeScope上，实现第二步基因组特征评估。

2. KMC 简介

• KMC是一个用来从FASTQ/FASTA文件中计算k-mers的基于KMC二进制数据库的程序。
• KMC是波兰的Silesian University of Technology的算法和软件学院的REFRESH Bioinformatics Group开发的工具。
• 2017年发布了第三个版本，KMC3。
• KMC是主要基于C语言的程序。

3. KMC 安装

1. 版本

   有两个版本的KMC，一般使用第一个版本，Smudgeplot评估物种倍性时用到了第二个版本。

• 一个是REFRESH Bioinformatics Group的refresh-bio/KMC。
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