用Hifiasm组装基因组：（四）用Hifiasm软件组装基因组的操作

（约2800字）

1. Hifiasm基本用法

1.1. 安装Hifiasm

1. git安装

git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm
cd hifisam && make

2. conda安装

• conda install -c bioconda hifiasm

1.2. Hifiasm的基础命令

1. 命令

• nohup hifiasm -o sample_prefix -t 32 --h1 sample_HiC_1.fq.gz --h2 sample_HiC_2.fq.gz Hifi.fastq.gz 2>&1 > hifiasm.log &

2. 参数

• -o指定输出文件前缀；-t指定线程；--h1和--h2指定Hi-C数据；后接HiFi数据。
• 用 2>&1 >hifiasm.log保存日志和报错内容到hifiasm.log文件。这个log文件用于后续判断是否需要调整参数。

3. 运行时效

• 300Mb基因组，48线程，组装耗时3.5小时。