sum_hills vs REWEIGHT_METAD

标准元动力学reweighting只能在达到绝热状态时进行(即偏置变化缓慢)。当模拟不平衡时,跳跃在轨迹的开始是很正常，c(t)估计仍然很粗糙。你应该抛弃这个初始瞬态，只使用轨迹的绝热部分来重加权。
一个关键的思想是，只有当模拟接近收敛且偏置只发生绝热变化时，你才能使用reweighting过程。不幸的是，在这种情况下并不总是容易理解。一般来说，BIASFACTOR越高，初始瞬态时间越长，对于non-tempered METAD，您可能永远不会达到这个状态(并且永远不会收敛)。这就是为什么你的模拟中的rct会趋于inf。(一般来说，我只会将non-temperedMETAD用作探索工具，或者用于快速测试新的CV，因为即使你运行很长时间，它也不会收敛。)
这里，您可以看到从您的CV文件中获得的紫色的reweighting的FES，丢弃模拟的前半部分，只使用后半部分。绿色的是sum_hills的估计值，它随着时间的推移而变化。它们在性质上是一致的，但你不能说得更多，离收敛还很远。

偏置、偏置变量所受的力和偏置变量的直方图(适当加权)是自由能的3个估计。它们并不是完全独立的——事实上，直方图采样到一个点会影响偏置，而偏置本身会影响直方图中使用的权重。也就是说，它们也不是完全相关的。例如，在无偏置模拟中(或者当偏置因子和hill高度趋于0时)，基于偏置的估计器会有轻微的错误，而直方图会更可靠。因此，sumhills(使用偏置)和reweighting(使用直方图和偏置)之间的一致性是一个必要的想法，但不是在模拟中确定任何时间点的收敛性的充分测试。它应该工作在non-tempered元动力学以及虽然profile将是不稳定的。我还没有仔细考虑multiple walker，偏置交换或并行偏置方案的适用性。