使用t检验和LASSO回归筛选特征数据并可视化

【代码】特征筛选第一步：T检验。

假设你要买5种菜做晚餐，但预算只有50元。你会在有限的预算下优先购买重要的食材，而放弃部分不必要的配料。：在建立模型时，它会自动筛选出重要特征（保留关键食材），同时舍弃冗余特征（剔除不重要的配料）。关键差异点：相比普通线性回归无脑使用所有特征，Lasso回归自带「特征筛选」buff，有效解决多重共线性问题！

当笔者使用SPSS，或者调用很多sk-learn函数包时，常常会用并不是最难的，**会选择包，会阅读结果，会得出统计学答案**才是最难的。

简 介对于Cox模型，响应最好是一个由生存包中的Surv()函数创建的Surv对象。对于右删减的数据，该对象的类型应该是“right”，对于(start, stop)数据，它的类型应该是“counting”。为了拟合分层Cox模型，在将响应传递给glmnet()之前，应通过stratifySurv()函数将地层添加到响应中。(为了向后兼容，右审查的数据也可以作为两列矩阵传递，列名为'tim...

""" Created on Tue Jun 8 10:31:17 2021 @author: Win7 """ import numpy as np import pandas as pd from pandas import datetime #pandas文档：http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/generated/pandas.DataFrame.html#pandas.DataFrame #作图库 import matplotlib.p..

基于Python的岭回归与LASSO回归模型介绍及实践 这是一篇学习的总结笔记 参考自《从零开始学数据分析与挖掘》 [中]刘顺祥 著 完整代码及实践所用数据集等资料放置于：Github 岭回归与LASSO回归模型是线性回归模型的延申，在多元线性回归模型中我们知道，回归模型的参数估计公式推导的结果是：β=(X′X)−1X′y\beta=(X'X)^{-1}X'yβ=(X′X)−1X′y，可...

数据可视化提供了将高维分子数据减少到二维（2D）或三维（3D）空间的实用手段。在低维化学空间中的数据的视觉检查使得能够更真实地筛选具有用户期望的性质的分子，用于化学库设计，高通量筛选，多样性分析和离群值检测。 本文介绍开源化学空间可视化工具ChemPlot从conda环境在本地安装及使用方法，避免化学信息数据上传，帮助化学工作者使用不同的降维方法可视化数据库。

可以使用R语言中的glmnet包，结合一些绘图工具，实现Lasso回归模型的可视化。计算Lasso回归路径并绘制轨迹图。在轨迹图中，横轴表示L1惩罚系数，纵轴表示模型系数的绝对值。

本文旨在介绍Lasso回归在精确特征选择中的应用。首先，我们将探讨特征选择的重要性，包括如何提高模型性能和降低计算成本。接着，我们将深入解析Lasso回归的原理和算法，并说明其在特征选择中的优势。为了支撑我们的观点，我们将引用相关文献提供的实证结果和案例分析。

左侧为筛选出来的变量，用这几个变量再次进行回归，lasso回归的过程其实可以看做是筛选变量的过程，筛选出那些存在多重共线性的变量，并将其剔除的过程。进行lasso回归前，先进行方差膨胀因子检验，如果出现了多重共线性的影响，可以进行lasso回归，和线性回归指令大部分差不多。cvlasso 单产 种子费 化肥费 农药费 机械费 灌溉费 , lopt seed(520)

# -*- coding: UTF-8 -*-import scipy.io as sioimport numpy as npfrom scipy import statsfrom sklearn.feature_selection import SelectKBestfrom sklearn.feature_selection import chi2from sklearn.feature_se...

把临床文本数据（删除imageName了，5个）和 pyradiomics提取到的图像特征（20%，9个）这张图展示了数据集的前几行样本及其特征，包括年龄、RMAX值、thicken值、体脂率和性别。临床数据和从图像中提取的放射学特征可以直接合并在一起是因为它们都描述了同一组样本的不同方面。：模型的准确率 (Accuracy) 为 68.12%。：模型的准确率 (Accuracy) 为 67.33%。pyradiomics提取图像特征建模：67.33%比临床数据预测的 68.12% 低一些。

导入数据 t 检验特征筛选 t 检验后数据处理 LASSO 特征筛选 4. 特征降维：主成分分析法 (PCA) 主成分分析，PCA = Principle component analysis 矩阵乘法 ◆ 一个 m 行 n 列的矩阵，与一个 n 行 r 列的矩阵相乘（前面的矩阵列数必须与后面的矩阵行数相等，否则不能相乘），将得到一个 m 行 r 列的矩阵： Dm×n × Tn×r = Pm×r ◆ 在影像组学中， 对应病例数， 对应原始提取出的特征数，主成分分析法就是 以一个合

LASSO正则化路径图（LASSO regularization path）：该图显示了在LASSO算法中，不同的正则化参数（λ）取值对应的模型拟合效果。通过观察这个图，可以了解到随着正则化参数的增加，哪些特征的系数趋向于稀疏化（变为零），从而实现特征筛选的目的。在放射组学中，使用LASSO算法进行特征筛选时，通常会出现两幅图，分别被称为"LASSO coefficient path"（LASSO系数路径图）和"LASSO regularization path"（LASSO正则化路径图）。

通过Yellowbrick包提供的AlphaSelection和PredictionError可视化工具，我们可以更好地理解Lasso模型的特征选择和性能评估。在选择了最佳的alpha值之后，我们可以使用PredictionError可视化工具来分析模型的误差。PredictionError可视化工具通过绘制模型的预测值与实际值之间的残差来帮助我们分析模型的性能。通过观察模型系数路径图和预测误差图，我们可以得到关于模型复杂度和性能的有价值的信息。该图显示了模型的预测值与实际值之间的残差分布情况。

我想创建一个散点图矩阵,它将由一些子图组成.我从.txt文件中提取了我的数据,并创建了一个形状数组(x,y,z,p1,p2,p3,p4).数组的前三列表示来自原始图像的这些数据来自的x,y,z坐标,以及最后四列(p1,p2,p3,p4)的一些其他参数.因此,在数组的每一行中,参数p1,p2,p3,p4具有相同的坐标(x,y,z).在散点图中,我想要将每个p_i(例如p1)参数可视化为对另一个p_i...