PDBfixer: PDB修补蛋白残基

修补蛋白残基

PDB文件中的问题

PDB文件包含多个分子，但大部分都是缺失的。 蛋白质数据银行（PDB或PDBx/mmCIF）文件在用于分子动力学模拟之前通常存在一些问题，具体取决于文件的生成方式。以下是一些最常见的问题：

• 如果结构是通过X射线晶体学生成的，通常会缺少大部分或全部的氢原子。
• 柔性区域中可能还会有缺失的重原子，无法从电子密度中清晰解析出来。这可能包括侧链末端的几个原子，甚至是整个环。
• 文件中还可能缺少链末端应该存在的终端原子。
• 文件中可能包含为晶体学目的而添加的非标准残基，但在您想要模拟的自然发生的分子中不存在。
• 文件中可能包含您不想模拟的其他分子，例如盐、配体或其他为实验目的而添加的分子。或者晶体学单元格中可能包含蛋白质的多个复制的链结构，但您只想模拟一条链的结构。
• 文件中可能包含多种离子。
• 某些原子可能在多个位置上列出。

对于蛋白质结构，如果您想在明确的溶剂中模拟结构，则需要添加一个包围它的水盒。对于膜蛋白，您可能还需要添加一个脂质膜。

PDBFixer可以完全自动地解决所有这些问题。您只需选择一个文件，告诉它需要修复哪些问题，然后它会完成所有其他工作。

PDBFixer可以以三种不同的方式使用： - 作为带有图形用户界面的桌面应用程序， - 作为命令行应用程序 - Python API

pdbfixer

官方教程：