45、使用进化算法优化微生物菌株：理论与实践

使用进化算法优化微生物菌株：理论与实践

1. 引言

在系统生物学的研究中，一个关键目标是理解和预测生物系统在不同条件下的行为。为此，动态建模成为了一种强有力的工具，它能够模拟生物网络随时间的变化。特别是对于微生物菌株，动态模型可以用来优化其代谢产物的产量。本文将探讨如何使用进化算法结合动态模型来优化微生物菌株，特别是针对二羟基丙酮磷酸（DHAP）的生产进行优化。

2. 计算环境设计

为了实现菌株优化，我们设计了一个计算环境，该环境支持使用动态模型来进行模拟和优化任务。具体来说，该环境能够研究代谢模型上的两种不同类型修改的效果：

• 反应敲除 ：删除某些反应，以观察其对代谢产物浓度的影响。
• 改变反应动力学参数 ：通过调整反应的动力学参数（如最大速度 (v_{max})），以优化特定代谢产物的产量。

2.1 动态模型的选择

为了模拟大肠杆菌（Escherichia coli）的中央碳代谢，我们选择了基于常微分方程（ODE）的动态模型。ODE模型能够描述代谢网络中各物质随时间的变化，非常适合用于此类优化任务。

2.2 模拟与优化流程

以下是使用进化算法结合动态模型进行菌株优化的具体流程：

1. 初始化种群 ：生成一系列随机的反应敲除和动力学参数组合。
2. 模拟代谢网络 ：对于每个个体，使用ODE求解器模拟代谢网络的行为，计算目标产物